大家应该很熟悉多序列比对的工具,比如Clustal X系列,MEGA等。今天给大家介绍一个在R语言实现多序列比对可视化的R包ggmsa。首先我们看下所需要的包:
BiocManager::install("treeio")BiocManager::install("Biostrings")BiocManager::install("ggtree")install.packages("ggmsa")install.packages("seqmagick")install.packages("cowplot")
接下来我们看下其核心函数ggmsa:
其中的参数,我们不做赘述,其实都很明显了我们直接进入实战:
sequences "extdata", ggmsa(sequences, 320, 360, color ="Clustal")