默认文献工具_PubMed 携手小工具，简单几步搞定文献分析

相信很多小伙伴，包括笔者自己，在最初接触 PubMed 时，就是简单地输入关键词进行搜索。然而，检索出来的文献往往数量特别多，多到笔者感觉一年都读不完。这时候就要对检索出来的文献进行分析，因为检索文献并不是目的，我们最终目的是参考别人的研究、试验方法、结果等，从而分析研究的局限性，来确定自己的选题。 用 PubMed 分析文献 如何进行文献分析确实是一件令人头疼的事情。其实 PubMed 自身就可以用来分析文献。 举个栗子我们以时下的热点——「COVID-19 treatment」为关键词，在 PubMed 上检索，结果如下。 图片来源：PubMed可以看到结果共有 1121 篇，如此多的文献，一篇一篇浏览有点不太现实，需要将结果进行分析。点击右上角的「Send to」，选择「File」，在下面的框里「Format」那一栏选择「CSV」，其他默认即可，点击「Create File」。 图片来源：PubMed此时，我们会得到一个 Excel 文件，打开看一看。 图片来源：笔者的电脑仔细分析一下这个表格，我们会发现 除了「Title」、「URL」、「Identifiers 」这几列 (参考价值并不大) ，其他的标题并不明确，也就是我们无法立刻 get 表格里某一列的内容。再仔细分析一下发现，这个表格里的内容似乎并不是我们最需要的，用这个结果进行文献分析，怕是也分析不出啥结果。Ok，接下来笔者要介绍一个小工具，结合 PubMed 使用，效果杠杠滴！ PubMed2XL大家可能都听说过 Python，当然这里笔者并不是跟大家推荐 Python，这玩意学起来忒费劲，要使用 Python 进行分析，怕不是等学会了也毕业了……今天推荐的工具——PubMed2XL，是一位叫 Arora 的外国友人使用 Python 搞出来的一个开源程序。它可以将在 PubMed 上下载的 XML 格式的文件转换成 Excel (.xls)或 Open Office (.ods)格式的文件，再使用 PubMed2XL 打开文件。其实，关于文献分析的工具还有很多，例如 GoPubMed、PubReMiner 等，不过前者去年貌似就关闭服务器了，毕竟免费了那么久…….后者也非常好用，在前几期笔者有做过介绍，不了解的小伙伴可以看一下哈(PubMed 的好基友，或许能帮你搞定选题…) 下  载这里笔者贴上下载地址：blog.humaneguitarist.org/projects/pubmed2xlPubMed2XL 是国外牛人开发出来的，下载网站就是一个个人 blog。 图片来源：PubMed2XL 官网 找到「Download」，点击「Click here」后面的链接即可下载，根据指示正常安装就 ok 了。安装好后，大家可以发现 PubMed2XL 非常小，双击图标打开后是这个界面，超迷你。 图片来源：软件截图 使用教程点击「Tools」，在弹出的界面选择「visit PubMed.gov」，直接链接到 PubMed 官网。还是使用「COVID-19 treatment」为关键词在 PubMed 上进行检索，结果跟前文一样。 图片来源：PubMed仍然点击右上角的「Send to」，选择「File」，在下面的框里 Format 那一栏选择「XML」，注意一定是「XML」哦，其他默认即可，点击「Create File」。 图片来源：PubMed此时，我们会得到一个 XML 格式的文件，因为检索结果较多，所以下载时间会久一些，可以喝杯奶茶，耐心等待一会就好啦～ 图片来源：笔者的电脑这个就是我们下载下来的文件，大家千万要记住保存位置，笔者属鱼的，忘性太大，所以通通保存到桌面。然后打开 PubMed2XL，点击「Tools」，选择「PubMed XML to spreadsheet」，在弹出的界面找到我们上面下载的文件，选中它。加载完会弹出下面的对话框，点击「Yes」即可。 图片来源：软件截图然后，软件会打开一个 Excel 文件，ok，这个就是我们最终需要的啦！ 图片来源：笔者的电脑在这个表格中，我们可以看到关于「COVID-19 treatment」文献的信息，每一列的小标题都非常清楚，看一眼就知道这一列给出的是什么信息。表格内容包含了标题、摘要、期刊名称/简称、PMID、期刊号、一作、通讯等等所有信息，而且注意了哦，表格还提供超链接！ 图片来源：笔者的电脑 图片来源：笔者的电脑 超链接 图片来源：笔者的电脑以下是海外热心人士的注释。 图片来源：ResearchGateOk 了，有了这些元数据，我们就可以进行文献分析了，例如发表「COVID-19 treatment」文献最多的杂志等等。此外，PubMed2XL 还允许用户创建自己的样式表，例如让表格里显示 MeSH、ISSN 号等等。不过笔者是个菜鸡，只会使用 PubMed2XL 自带的样式表。 总   结面对海量文献数据，我们可能要花费大量的时间精力来寻找自己需要的文献资料。假如文献检索结果数量庞大，简单利用检索条件进行筛选可能会遗漏重要内容。 当我们缺乏经验时，仅通过引用频次或下载数量判断可能结果不准确。So， 我们要学会对文献进行分析，科学研究的基础是文献分析，同时文献分析也是选题的重要依据。对不同观点和方法进行分析比较，有利于我们找到研究的矛盾和局限之处。发现已有研究的矛盾是文献分析的一个重要方面，这对我们可能是一次非常好的机会，这样我们往往也能够另辟蹊径，从而写出更好的文章。另外，发现研究的局限之处，可以使我们的研究从一开始就有一个高起点，发现这些局限性一般需要研究者从新的角度进行分析，而解决这些问题往往需要研究者有新的知识结构或新的研究手段。因此，文献分析是非常重要滴。而 PubMed2XL 可以在 PubMed 的基础上进行有效分析，再结合一些可视化工具，可以使元数据变得更加形象，我们的选题方向也会更加明确。 责任编辑：科研哥 封面来源：站酷海洛 Plus 如需转载文章，可在本号消息框内回复「转载」，即可查看转载须知。