python查找算法_Python / SciPy的峰值查找算法

Python / SciPy的峰值查找算法

我可以通过查找一阶导数或其他东西的零交叉来自己编写一些东西,但它似乎是一个通用的函数,可以包含在标准库中。 谁知道一个?

我的特定应用是2D阵列,但通常它将用于在FFT等中查找峰值。

具体来说,在这些类型的问题中,有多个强峰,然后是许多较小的峰#34; 这只是应该被忽略的噪音引起的。 这只是例子; 不是我的实际数据:

一维峰值:

二维峰值:

峰值寻找算法将找到这些峰值的位置(不仅仅是它们的值),理想情况下会找到真正的样本间峰值,而不仅仅是具有最大值的索引,可能使用二次插值等。

通常,您只关心几个强峰,因此它们要么被选中,要么是因为它们高于某个阈值,要么是因为它们是按幅度排序的有序列表的前n个峰。

正如我所说,我知道如何自己写这样的东西。 我只是想知道是否有一个已知的功能或包可以很好地运作。

更新:

我翻译了一个MATLAB脚本,它适用于1-D案例,但可能更好。

更新更新:

sixtenbe为1-D案例创造了更好的版本。

8个解决方案

43 votes

我正在研究类似的问题,并且我发现一些最好的参考资料来自化学(来自质谱数据中的峰值)。 有关峰值查找算法的详细审查,请阅读此内容。 这是我发现的最佳峰值发现技术最清晰的评论之一。 (小波最适合在噪声数据中找到此类峰值。)

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寻峰算法是一种在数据中寻找峰值的方法,常用于信号处理、色谱分析等领域。而现代谱估计方法是一种可以从信号中估计出频率信息的方法,其中Yule-Walker方程法是其中的一种。 在MATLAB中,可以使用如下代码实现Yule-Walker方程法: ```matlab % 读取数据 data = load('data.txt'); % 计算自相关函数 r = xcorr(data, 'biased'); r = r(length(data):end); % 计算Yule-Walker方程系数 p = 10; [a, e] = aryule(data, p); % 计算频率信息 f = angle(roots(a))/(2*pi); % 绘制功率谱密度图 [h, w] = freqz(sqrt(e), a); plot(w/(2*pi), pow2db(abs(h).^2)); ``` 在Python中,可以使用如下代码实现Yule-Walker方程法: ```python import numpy as np from scipy.signal import lfilter, lfilter_zi # 读取数据 data = np.loadtxt('data.txt') # 计算自相关函数 r = np.correlate(data, data, mode='full') r = r[len(data)-1:] # 计算Yule-Walker方程系数 p = 10 a, e, _ = lfilter([1], np.concatenate(([1], -aryule(data, p)[0][1:]))), aryule(data, p)[1:], lfilter_zi([1], np.concatenate(([1], -aryule(data, p)[0][1:]))) # 计算频率信息 f = np.angle(np.roots(a))/(2*np.pi) # 绘制功率谱密度图 w, h = signal.freqz(np.sqrt(e), a) plt.plot(w/(2*np.pi), 10*np.log10(abs(h)**2)) ``` 以上代码中,`data.txt`为需要处理的数据文件,`p`为Yule-Walker方程的阶数,`a`为Yule-Walker方程的系数,`e`为误差方差,`f`为频率信息,`w`和`h`为功率谱密度图的频率和幅度信息。
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