tcga数据下载_使用R下载TCGA数据

除了之前提到的，使用GDC 官方提供的gdc-client.exe对TCGA数据进行下载外(TCGA数据分析(1))，还可以使用R包对TCGA数据进行下载，这个神奇的R包叫做TCGAbiolinks。

注: 它下载数据成功率非常低，官方API中也未推荐，所以这也是我没用它的原因，但是做出的分析结果相当丰富

01 TCGAbiolinks 安装与加载

运行如下命令即可

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))    install.packages("BiocManager")BiocManager::install("TCGAbiolinks")library(TCGAbiolinks)

02 TCGA数据下载

以下载TCGA-GBM数据为例，完全不需要gdc-client.exe的命令行操作，数据下载如下

proj "TCGA-GBM"query   project = proj,data.category = "Transcriptome Profiling", data.type = "Gene Expression Quantification",  workflow.type = "HTSeq - Counts")GDCdownload(query)data