箱线图
箱线图是能同时反映数据统计量和整体分布,又很漂亮的展示图。在2014年的Nature Method上有2篇Correspondence论述了使用箱线图的好处和一个在线绘制箱线图的工具。就这样都可以发两篇Nature method,没天理,但也说明了箱线图的重要意义。
下面这张图展示了Bar plot、Box plot、Volin plot和Bean plot对数据分布的反应。从Bar plot上只能看到数据标准差或标准误不同;Box plot可以看到数据分布的集中性不同;Violin plot和Bean plot展示的是数据真正的分布,尤其是对Biomodal数据的展示。
Box plot从下到上展示的是最小值,第一四分位数 (箱子的下边线)、中位数 (箱子中间的线)、第三四分位数 (箱子上边线)、最大值,具体解读看这里扩增子图表解读1箱线图:Alpha多样性。
一步步解析箱线图绘制
假设有这么一个基因表达矩阵,第一列为基因名字,后面几列为样品名字,想绘制下样品中基因表达的整体分布。
profile="Name;2cell_1;2cell_2;2cell_3;4cell_1;4cell_2;4cell_3;zygote_1;zygote_2;zygote_3
A;4;6;7;3.2;5.2;5.6;2;4;3
B;6;8;9;5.2;7.2;7.6;4;6;5
C;8;10;11;7.2;9.2;9.6;6;8;7
D;10;12;13;9.2;11.2;11.6;8;10;9
E;12;14;15;11.2;13.2;13.6;10;12;11
F;14;16;17;13.2;15.2;15.6;12;14;13
G;15;17;18;14.2;16.2;16.6;13;15;14
H;16;18;19;15.2;17.2;17.6;14;16;15
I;17;19;20;16.2;18.2;18.6;15;17;16
J;18;20;21;17.2;19.2;19.6;16;18;17
L;19;21;22;18.2;20.2;20.6;17;19;18
M;20;22;23;19.2;21.2;21.6;18;20;19
N;21;23;24;20.2;22.2;22.6;19;21;20
O;22;24;25;21.2;23.2;23.6;20;22;21"
读入数据并转换为ggplot2需要的长数据表格式
profile_text
# 在melt时保留位置信息
# melt格式是ggplot2画图最喜欢的格式
# 好好体会下这个格式,虽然多占用了不少空间,但是确实很方便
library(ggplot2)
library(reshape2)
data_m
head(data_m)
variable value
1 2cell_1 4
2 2cell_1 6
3 2cell_1 8
4 2cell_1 10
5 2cell_1 12
6 2cell_1 14
像往常一样,就可以直接画图了。
# variable和value为矩阵melt后的两列的名字,内部变量, variable代表了点线的属性,value代表对应