r语言echarts画箱线图_R语言学习 - 箱线图（小提琴图、抖动图、区域散点图）

箱线图

箱线图是能同时反映数据统计量和整体分布，又很漂亮的展示图。在2014年的Nature Method上有2篇Correspondence论述了使用箱线图的好处和一个在线绘制箱线图的工具。就这样都可以发两篇Nature method，没天理，但也说明了箱线图的重要意义。

下面这张图展示了Bar plot、Box plot、Volin plot和Bean plot对数据分布的反应。从Bar plot上只能看到数据标准差或标准误不同；Box plot可以看到数据分布的集中性不同；Violin plot和Bean plot展示的是数据真正的分布，尤其是对Biomodal数据的展示。

Box plot从下到上展示的是最小值，第一四分位数 (箱子的下边线)、中位数 (箱子中间的线)、第三四分位数 (箱子上边线)、最大值，具体解读看这里扩增子图表解读1箱线图：Alpha多样性。

一步步解析箱线图绘制

假设有这么一个基因表达矩阵，第一列为基因名字，后面几列为样品名字，想绘制下样品中基因表达的整体分布。

profile="Name;2cell_1;2cell_2;2cell_3;4cell_1;4cell_2;4cell_3;zygote_1;zygote_2;zygote_3

A;4;6;7;3.2;5.2;5.6;2;4;3

B;6;8;9;5.2;7.2;7.6;4;6;5

C;8;10;11;7.2;9.2;9.6;6;8;7

D;10;12;13;9.2;11.2;11.6;8;10;9

E;12;14;15;11.2;13.2;13.6;10;12;11

F;14;16;17;13.2;15.2;15.6;12;14;13

G;15;17;18;14.2;16.2;16.6;13;15;14

H;16;18;19;15.2;17.2;17.6;14;16;15

I;17;19;20;16.2;18.2;18.6;15;17;16

J;18;20;21;17.2;19.2;19.6;16;18;17

L;19;21;22;18.2;20.2;20.6;17;19;18

M;20;22;23;19.2;21.2;21.6;18;20;19

N;21;23;24;20.2;22.2;22.6;19;21;20

O;22;24;25;21.2;23.2;23.6;20;22;21"

读入数据并转换为ggplot2需要的长数据表格式

profile_text

# 在melt时保留位置信息

# melt格式是ggplot2画图最喜欢的格式

# 好好体会下这个格式，虽然多占用了不少空间，但是确实很方便

library(ggplot2)

library(reshape2)

data_m

head(data_m)

variable value

1 2cell_1 4

2 2cell_1 6

3 2cell_1 8

4 2cell_1 10

5 2cell_1 12

6 2cell_1 14

像往常一样，就可以直接画图了。

# variable和value为矩阵melt后的两列的名字，内部变量, variable代表了点线的属性，value代表对应