python将输出结果写入csv_将输出写入csv文件[格式正确]

本文档介绍了一个Python脚本,用于读取CSV文件并将空格替换为0,尤其适用于处理基因距离矩阵。作者遇到的问题是虽然在Bash中可以正确输出,但在尝试使用csv.writer直接写入输出文件时,格式不正确,导致在Excel或iNumbers中打开时显示异常。文章探讨了如何修改代码以实现自动化过程,避免手动在Bash中运行。
摘要由CSDN通过智能技术生成

我知道这个问题已经被问了一百万次了,而且有很多相关的文档。但是,我无法以正确的格式输出结果。在# Save below script as RepEmptyCells.py

# Add #!/usr/bin/python to script

# Make executable by chmod +x prior to running the script on desired .csv file

# Below code will look through your .csv file and replace empty spaces with 0s

# This can be particularly useful for genetic distance matrices

import csv

import sys

reader = csv.reader(open(sys.argv[1], "rb"))

for row in reader:

for i, x in enumerate(row):

if len(x)< 1:

x = row[i] = 0

print(','.join(int(x) for x in row))

目前,要获得正确的输出.csv文件[即格式正确],可以在bash中运行以下命令:

^{pr2}$

我尝试过使用csv.writer函数来生成格式正确的output.csv文件(类似于./RepEmptyCells.py input.csv > output.csv),但没有多少运气。在

我想学习如何将最后一部分添加到代码中,以使过程自动化,而不必在bash中执行。在

我所做的:f = open(output2.csv, 'w&

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