python获取id标签对应数据_#Python#提取基因对应的蛋白质名

提取基因对应的蛋白质官方名

最开始，是需要将基因跟其编码的蛋白质对应起来，找遍了各种数据库都没发现有相关的注释文件，Uniprot作为处理蛋白质的大佬，结果里都有，肯定有办法能够满足需求。

搜索TP53得到的结果页面，明显有各种p53的蛋白质名称

所幸的是，我完全没想用爬虫直接爬人家，而是戳了一下FAQ

发现人家有官方API，可以供我们胡作非为

Uniprot官方提供了各种API来满足各种稀奇古怪的需求

各种功能的API介绍

Uniprot API的使用

ID信息转换

满足我需求的最重要的部分就是各种ID信息的转换和提取

各种能够转换的ID，上边还有四种常用语言的示例

ID转换相关的页面里包含了所有的能够互相转换的各种ID

相应的，人家提供了多种不同代码的示例，以python为例：

python的示例基于python2

# 导入urllib和urllib2两个模块，用来处理各种网络请求

import urllib,urllib2

# uniprot的api端口

url = 'http://www.uniprot.org/uploadlists/'

# 提交的参数

params = {

# 将什么ID转化成什么ID， from to

# 目前没发现能够转换成多种不同的ID，只能一一转化

'from':'ACC',

'to':'P_REFSEQ_AC',

# 返回结果的格式

'format':'tab',

# 要转换的ID

'query':'P13368 P20806 Q9UM73 P97793 Q17192'

}

# 因为http传输的是bytes等，因此需要将参数转码

data = urllib.urlencode(params)

# 通过Request指定获取哪台服务器的什么信息

request = urllib2.Request(url, data)

# 你自己的邮箱，如果有问题，人家好联系(比如API使用的频率太高，人家服务器受不了)

contact = "" # Please set your email address here to help us debug in case of problems.

# 添加相应的标准提取头，不是这个信息，应该就提取不到任何信息了

request.add_header('User-Agent', 'Python %s' % contact)

# 打开url，获取服务器返回的信息

response = urllib2.urlopen(request)

# 就只读取前多少个字符

page = response.read(200000)

由于我是python3的使用者，所以，没法拿来主义，经过简单修改就正常使用了

经过对众多ID的测试之后发现，其他ID转化成ACC的时候，包含的信息量格外的多，其中就有我急需的蛋白质名称，因此，通过将一个基因名转化成ACC来测试一下看看，能不能提取到该基因编码蛋白的所有名称

#!/usr/bin/python3

# python3将urllib2拆分了，因此，从urllib里分别导入

from urllib.parse import urlencode

from urllib.request import urlopen, Request

def test(query=['TP53']):

# 依然是这个接口

url = 'http://www.uniprot.org/uploadlists/'

params = {

# 针对我最初的需求，from暂时改成gene name

'from': 'GENENAME',

# 是的，我在ACC里发现，protein name了，虽然只有推荐名，其他的名字统统没有

'to': 'ACC',

'format': 'tab',

# 以list的形式传递基因名啥的，通过join就修成需要的字符串了

'query': ' '.join(query)

}

# urlencode只是将字典形式的参数转换成字符串而已，并不能转成bytes，因此，需要多一层encode

data = urlencode(params).encode()

# 同上

request = Request(url, data)

# Please set your email address here to help us debug in case of problems.

contact = "xxxxx@gmail.com"

request.add_header('User-Agent', 'Python %s' % contact)

response = urlopen(request)

page = response.read(200000)

#　获取到的信息是bytes编码的，需要以utf-8等解码才正常读取

print(page.decode('utf-8'))

但是，解码出来的是一个以\n \t分隔的完整字符串，为了能够正常提取所需信息，需要对其进行分割

print出来当然就是一个文本文件的样子

# 将API返回的结果，调用函数进行有效分割，我的用法如下

split_(page.decode('utf-8')) # 上边最后的那一行print()，就改成这么用就好了

def split_(data):

# 按行分割，如同打开一个文件按行读取

data = data.split('\n')

resutls = set()

for line in data:

# 我只要人体的

if 'Homo sapiens' in line:

# 将每一行，按照\t来分割，原因很明显，按空白符分割就分割的太碎，不利于各种信息的提取

# 数一数，就会发现，蛋白名称是每行的倒数第四列

protein_name = line.split('\t')[-4]

# 每个蛋白编码名称后边都会有一个括号的注释，比较烦，就通过分割去掉

protein_name = protein_name.split(' (')[0]

# 然后加到set里边，去除重复

results.add(protein_name)

return results

# 嫌上边的写法麻烦就改成一行实现上边的功能

def split_(data):

reutrn set(line.split('\t')[-4].split(' (')[0] for line in data if 'Homo sapiens' in line)

分割的成果

最终，我们就能获取到TP53基因对应的蛋白质名称了

TP53编码蛋白的所有名称

然后通过反复的爬取，将结果储存为json，或者直接存到数据库中，方便以后的取用都方便的很

如果要用模糊匹配来验证某些东西，推荐使用fuzzyfinder和fuzzywuzzy这两个python模块

其次，还有一个mygene的模块用来提取各种基因的信息也是极妙的，配合上这个API可以做很多幺蛾子。

特别需要注意的一点就是，如果要短时间内大批量的调用这个API，随机设一个sleep延迟吧，如果给对方造成太大的服务器压力，给人家惹麻烦，如果人家觉着需要维护，或者难以维持，直接暂停提供服务，，，