everything便携版和安装版区别_开源版PyMOL安装

PyMOL官网(https://pymol.org/2/)提供了Commercial, Government, Academic/Non-profit, Student/Teacher四个版本，目前Commercial, Government, Academic/Non-profit版本大部分情况都需要付费，Student/Teacher版本是免费的，但需要申请。PyMOL虽然是一个商业产品，但同样免费提供其大部分源代码。这里介绍一下开源PyMOL在Windows系统中的安装方法。

PyMOL的运行依赖python环境。建议安装最新版本的python，目前为3.8.5版本，可以在python官网下载(https://www.python.org/downloads/)，文末提供了该版本64位的安装程序。PyMOL开源包可以到网站Unofficial Windows Binaries for Python Extension Packages(https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/)中下载合适的版本，需要注意32位和64位的区别，以及对应的python版本的不同。文末提供了PyMOL 2.4版64位对应python3.8的安装程序。

注：

PyMOL的运行还需要pmw, numpy和mkl模块，如果系统之前没有安装过的话，需要另外安装。

安装步骤：

1.  安装python

双击python安装包，进入安装界面，如图1。需要勾选Add Python to PATH，不然后续还需要自行设置环境变量，比较麻烦。常规安装即可。

图1

2.  安装PMW模块

回到桌面，按住shift键同时右击鼠标右键，点击在此处打开powershell窗口。在窗口中输入命令：python -m pip install pmw，按回车。

若出现图2中橙框所示的权限限制(Normal site-packages is not writeable)，可尝试输入命令：python -m pip install --user pmw。最终出现Successfully installed pmw，说明成功安装pmw。如图2红框。

图2

3.  安装numpy模块

下载好后将文件放到c盘根目录下，打开powershell窗口。

输入命令：python -m pip install c:\numpy-1.19.1-cp38-cp38-win_amd64.whl，按回车。最终出现Successfully installed numpy-1.19.1，说明成功安装numpy。如图3。

注：

a. 安装包也可以放在其他目录中，只要在命令行中改成相应路径即可。路径中不能有空格，如果路径中的文件夹名有空格，需要用英文格式的双引号将文件夹名括起来。

b. 命令中标蓝的部分需要与所安装数据包的名称一致，之后其他模块的安装同样如此。

c. 如果权限限制无法安装，则需要在命令行中加入 --user ，见PMW模块安装部分。

图3

4.  安装mkl模块

下载好后将文件放到c盘根目录下，方法同numpy模块的安装。打开powershell窗口，输入命令：python -m pip install c:\mkl-2019.0-py2.py3-none-win_amd64.whl，按回车。最终出现Successfully installed mkl-2019.0，说明成功安装mkl。

注：

a. 安装mkl模块过程中会自动下载并安装intel_openmp，若下载失败或者下载过慢，文末提供了安装包，可独立安装。方法同numpy模块的安装，命令行只修改安装包名称即可。

b. 网站Unofficial Windows Binaries for Python Extension Packages可以下载numpy+mkl的组合安装包。

5. 安装PyMOL

将PyMOL安装包拷贝到c盘根目录下，打开powershell，输入命令：python -m pip install c:\pymol-2.4.0-cp38-cp38-win_amd64.whl，按回车。最终出现Successfully installed pymol-2.4.0，说明成功安装PyMOL，如图4。

图4

6.  PyMOL启动程序的位置

PyMOL启动程序通常的位置在C:\Users\小骏马\AppData\Roaming\Python\Python38\Scripts，路径中红色部分是电脑的用户名，根据每台电脑的设置不同而不同。PyMOL启动程序名称为pymol.exe，如图5。如果PyMOL启动程序不在该文件夹中，可以在电脑硬盘中搜索pymol.exe，即可找到。如果Windows自带的搜索速度太慢，推荐免费搜索软件Everything，文末提供了安装程序。

图5

双击PyMOL启动程序，即可打开程序正常使用，如图6。

图6

链接:https://pan.baidu.com/s/1HFRYlyyV8NkpQaegFl8yIA  提取码: rx3m

内容：

1. python-3.8.5-amd64.exe

2. pymol-2.4.0-cp38-cp38-win_amd64.whl

3. numpy-1.19.1-cp38-cp38-win_amd64.whl

4. mkl-2019.0-py2.py3-none-win_amd64.whl

5. intel_openmp-2019.0-py2.py3-none-win_amd64.whl

6. Everything-1.4.1.969.x64-Setup.exe