qt 文件分批上传_2020年12月 SRA数据上传指南

本文介绍了2020年12月如何将高通量测序数据上传到NCBI的SRA数据库,包括上传位置的选择、注册NCBI账户、SRA数据上传流程,以及常见问题和解决方法。SRA数据库的提交过程涉及填写metadata、测序文件上传和提交等步骤,需注意文件命名和生物学重复样本的处理。
摘要由CSDN通过智能技术生成

在高通量测序相关文章发表时,杂志社通常会要求将原始测序数据上传到公共数据平台,以便于其他科研工作者的参考和后续分析。

国际最知名的高通量数据存储网站莫过于NCBI旗下的SRA和GEO数据库,本文就介绍一下截止到2020年12月份,SRA数据库数据上传的方法和注意事项。

1.上传到哪里,SRA还是GEO?

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哪些数据适合上传到GEO,哪些数据适合SRA?大多数情况下我们其实并不太清楚,上面这张图源于NCBI网站上的一段指示说明(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/seq.html),根据这个表格,大家可以大概判断出自己的数据需要上传到GEO还是SRA数据库。如果看完后还是不清楚,可以直接写邮件,咨询GEO官方团队(邮件地址:geo@ncbi.nlm.nih.gov)

2.注册NCBI账户

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先注册一个NCBI账户,提供相应的信息,并用过邮件验证。

3.开始上传

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