在高通量测序相关文章发表时,杂志社通常会要求将原始测序数据上传到公共数据平台,以便于其他科研工作者的参考和后续分析。
国际最知名的高通量数据存储网站莫过于NCBI旗下的SRA和GEO数据库,本文就介绍一下截止到2020年12月份,SRA数据库数据上传的方法和注意事项。
1.上传到哪里,SRA还是GEO?
哪些数据适合上传到GEO,哪些数据适合SRA?大多数情况下我们其实并不太清楚,上面这张图源于NCBI网站上的一段指示说明(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/seq.html),根据这个表格,大家可以大概判断出自己的数据需要上传到GEO还是SRA数据库。如果看完后还是不清楚,可以直接写邮件,咨询GEO官方团队(邮件地址:geo@ncbi.nlm.nih.gov)
2.注册NCBI账户
先注册一个NCBI账户,提供相应的信息,并用过邮件验证。