python读取用空格分隔的文字_如何从Python中的空格分隔文件中提取特定的列？

我正在尝试处理由空格（而不是\ t）分隔的蛋白质数据库中的文件。我有一个.txt文件，我想提取特定的行，并从那些行中，我只想提取几列。如何从Python中的空格分隔文件中提取特定的列？

我需要在Python中完成它。我首先尝试使用命令行，并使用awk命令，没有任何问题，但我不知道如何在Python中执行相同的操作。

这里是我的文件的摘录：

[...]

SEQRES 6 B 80 ALA LEU SER ILE LYS LYS ALA GLN THR PRO GLN GLN TRP

SEQRES 7 B 80 LYS PRO

HELIX 1 1 THR A 68 SER A 81 1 14

HELIX 2 2 CYS A 97 LEU A 110 1 14

HELIX 3 3 ASN A 122 SER A 133 1 12

[...]

例如，我想只拿“HELIX”行，然后第4，第6，第7和第9列。我开始用for循环逐行读取文件，然后提取以'HELIX'开头的那些行......就这些了。

编辑：这是我现在所拥有的代码，但打印工作不正常，只打印每个块的第一行（HELIX表和DBREF）

#!/usr/bin/python

import sys

for line in open(sys.argv[1]):

if 'HELIX' in line:

helix = line.split()

elif 'SHEET'in line:

sheet = line.split()

elif 'DBREF' in line:

dbref = line.split()

print (helix), (sheet), (dbref)

2014-09-10

Alia_MW

+0

你能后目前你有什么样的代码？ –

2014-09-10 14:41:07

+0

请发布您的代码。你的问题具体是什么？ –

2014-09-10 14:41:54

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我的代码中有一团糟，这就是为什么我没有发布它......我甚至不知道我现在在做什么。我的具体问题是我需要查找以'HELIX'开头的行，具体列。对于以'SHEET'开头的行，还有其他特定的列等等。所以，我在阅读了一些评论之后做了这些： for line in open（sys.argv [1]）： \t如果'HELIX'符合： \t \t COLS = line.split（） \t \t打印（COLS [0]，COLS [3]，COLS [5]，COLS [6]，COLS [8]） 事情是：我想不必对'SHEET'开始的那些行进行相同的操作（只更改我想要提取的列的位置）。 –

2014-09-10 15:10:54