Q21
Q21：在使用 MS 进行计算的时候，中间的 xcd 文件无法及时更新，而其他文件则能正常显示，为什么？
A21：如果遇到这种情况，那么请检查初始的 xsd 文件中是不是中间有小数点(.)，如果有小数点的话，那么可以正常进行计算，但是表格文件无法正常更新，并且只能出现小数点前的文件名称。
Q22
Q22：怎么样在 MesoDyn 中加入各种不同的限制？
A22：在 MesoDyn 的隐含文件 mask.MesoDyn_ascii 中，能看到一个三维矩阵，该矩阵定义了mask 的形状和大小，只需要修改此文件即可保证出现各种 mask 结构，该文件的格式为：
X1 {Y Z}
X2 {Y Z}
…………
Q23
Q23：MS 给出的 DOS 和能带图不是很清楚，我能不能自己来做图？
A23：可以，首先使用 MS 做出 Band Structure 和 DOS 图，并在图上单击右键选择 Copy，打开Excel 就可以将数据粘贴到单元格。DOS 可以直接使用 Origin 做图，而能带结构则需要认真处理(按照 K 点采样来处理的)。
Q24
Q24：怎么样能让 CASTEP 在并行计算时更有效？
A24：CASTEP 是按照两种方式来并行计算的，分别为 G Vectors 和 K Points 并行。G-Vectors表示 FFT 格点，K Points 表示布里渊区采样数目。在 MS 中，CASTEP 程序是使用 GK 也就是综合考虑两者的比例来确定并行数的，所以，在分配 CPU 前一定要认真考虑。
(G Vectors 似乎是呈现 1/2 次幂的方式来增长的，增长速度并不很明显)
Q25
Q25：在使用 DMol 计算过渡态结构时，经常会发现出现不止一个虚频，怎么回事？
A25：在 DMol 计算过程中，如果始态与终态结构优化不完全，或者反应路径设计不合理的话，很可能在过渡态中带来多个虚频。这时候就要注意振动的模式了，如果只是某些键的扭转，或者一些不大的平动，那么基本上就可以忽略过去了。在计算过渡态的时候，最重要的是虚频最大的振动，一定要在始态和终态之间振荡，这样才能保证过渡态基本合理，此判据也用到某些原子必须固定的优化计算中，例如沸石分子筛的催化反应等。
Q26
Q26：怎么在 Altix350 上安装 MS 的 Castep 和 DMol 的补丁加速运算速度？
A26：首先，正常安装 MS3.2，这时候，一定要确保 CASTEP 和 DMol 可以正常进行并行计算。
注意：此时，CASTEP 和 DMol 可能在进行超过 8CPUs 并行计算时出错，不用管它，只要能够在 2CPUs 以上并行正常就可以打补丁了，打完补丁后，遇到的问题就可以解决了。如果不打补丁，那么请修改~msi/ms/share/bin/ms_setup.sh 文件，将 globmemory 8000000 改大即可。
正常安装 MS 后，请按照以下流程打补丁：
1．root 登录，运行 rpm –qa glibc，察看 glibc 版本，并选择相对应的 CASTEP 和 DMol 补丁，如 glibc2.3.2 的选择 DMol2.3.2 的补丁；
2．使用补丁包中的 castepexe_mpi_altix.exe 文件替换~msi/ms/CASTEP/bin/ castepexe_mpi.exe 文件；同样的使用 dmol3_mpi_altix.exe 文件替换~msi/ms/DMol3/bin/dmol3_mpi.exe 文件；
3．msi 登录，运行 which mpirun，并记录相关目录。进入~msi/ms/share/bin 下，修改 ms_setup.sh文件，找到
mpiroot="/opt/hpmpi"
mpicommand="/opt/hpmpi/bin/mpirun -np ，并改为
mpiroot="/usr/bin/"
mpicommand="/usr/bin/mpirun -np "
重新启动 gateway，并在 Windows 的 server console 中对 mpi 路径作相关修改，修改完成后即可顺利运行。
注意，对于 DMol 程序还需要注意 MKL 的版本，如果是 7.2 以前版本，将无法正常运行 DMol，需要重新安装 MKL 的补丁。方法如下：将 libmkl_i2p.so.gz 文件拷贝到~msi/ms/share/lib 下，解压缩替换 libmkl_i2p.so，修改该文件权限为 755，完成后即可。
Q27
Q27：为什么我在 Linux 下安装 license 的时候，总是报错呢？
A27：License 文件的格式如下：
SERVER Altix 08006911E33A 1715
DAEMON msi /usr/msi/REL/PLATFORM/exe/special/msid 其中，Server 表示 License Server 的主机名称与网卡的 MAC 地址，其中主机名称可以自行修改，而 MAC 地址是万万动不了的，否则会报错。MAC 地址可以通过 ifconfig –a (windows 下使用 ipconfig/all)来查找，如果发现 License 文件出错，则可使用~msi/License_Pack/ Linux_2_Intel_32/exe 下使用mshostid 来查看 MAC 地址，如果不符合，那么可能需要重新申请。
DAEMON 表示后台程序的位置，主要指定的是 msid 这个后台程序的位置，对于 32 位和 64 位Linux 机器，位置一般为/home/msi/License_Pack/Linux_2_Intel_32/exe/msid。
如果还是不行，那么还可以在安装 License 文件后使用以下命令来检查 license 文件的合法性，为(License Pack.6.5 及以前版本)：
> source ~msi/License_Pack/msi_lic_cshrc
> lmstat (查看当前 license 文件是否能够正常运行)
> license_verifier (查看当前 License 文件的合法性，如果有问题，会有提示)
注意上述两个命令使用后所出现的结果，并详细检查 License 文件格式。
在 License Pack7.0 中，以上的命令改为：
# 进入/bin/下，运行 lp_admin –console 读取帮助信息，也可以直接执行以下命
令：
> source ~msi/LicensePack/etc/lp_cshrc
> lp_install (安装 license 文件)
> lp_server -c port@hostname (配置 license server)
> lp_server –s (启动 license server)
> lp_server -x (关闭 license server)
> lp_tester (检测 license 是否合法)
Q28
Q28：在使用 SGI Altix350，打补丁后运行 RunCASTEP.sh –np n seedname 的时候，出现错误：MPI：asgetnetinfo_array('(null)') failed : array services not available，怎么解决？
A28：这是由于 array 服务没有开启所造成的，解决方案如下：
以 root 登录，进入/etc/init.d/，运行：
> ./array start (开启 array 服务)
> chkconfig array on (将 array 加入到启动列表中)
Q29
Q29：MS 的 GFA 是怎么对参数进行杂交的？参数多少与内存有无关系？
A29：QSAR 模块中的 GFA 计算是需要一定的内存的。如果使用 10 个参数做一个简单的计算就可以发现：
参数
数目 操作 公式
none 10 无操作 n
Binary
Interaction 55 A, B, C, A*B, B*C, and A*C n+ 2 Cn
Simple Quadratic 20 A, B, C, A^2, B^2, and C^2 2n
Full Quadratic 65 A, B, C, A^2, B^2, C^2, A*B, B*C, and
A*C 2n+ 2 Cn
Simple Cubic 20 A, B, C, A^3, B^3, and C^3 2n
Full Cubic 285
A, B, C, A^2, B^2, C^2, A*B, B*C, A*C,
A^3, B^3, C^3, A^2*B, A^2*C, B^2*A,
B^2*C, C^2*A, C^2*B, and A*B*C
3n+3 2 Cn + 3 Cn
随着复杂性的增加，参数数目的增长呈级数增长，这就导致了随着参数增大的时候，所需要的内存数目迅速增加。实际测试发现，当参数的数目增加到 160 个的时候，所需要的内存达到了 900M左右，此时，CPU 的使用率保持在 99%以上。此时，应该已经达到了 GFA 在 1G 内存机器上处理体系的上限值。
提示：在实际进行 QSAR 研究时，160 个参数已经是非常多的体系了，建议在进行处理之前，先使用相关性矩阵将所有的参数进行排序，剔除出那些相关性非常高的参数，这样，在进行 GFA分析时会大大降低参数的数目，同时，也会帮助我们对得到的回归方程进行分析。
Q30
Q30：DFT 方法对计算量和内存的要求是什么样的？
A30：使用 DFT 理论计算时，使用的 Ψ 与电子密度成正比，也就是说，在求解薛定谔方程时，计算量和电子数目的立方成正比。如果是同一体系，简单来讲计算量和原子数目的立方成正比。体系所需要的内存和硬盘与体系的电子密度的平方倍成正比，如果是同一体系，简单来讲计算量和原子数目的平方成正比。例如，对于 ZnO 体系而言，当截取(100)表面，且真空层统一定为 10A 时，使用 CASTEP 程序进行计算，在考虑自旋极化的情况下。所需要的内存、硬盘以及 CPU 计算时间如下表所示：
相应的计算时间、内存、硬盘与原子数目关系如下图所示：
注意：由于 DFT 理论方法受计算资源的限制非常明显，在计算大作业之前，最好能够初步判断一下所需要的内存和 CPU 时间，并尽可能调整计算参数和模型。这样，才能比较好的利用计算资源。
备注：对于 CASTEP 程序而言，除了和原子的数量有关外，还和空体积数有关。其关系为线形增长，即计算时间与体积成线形增长，内存也与体积成线形。
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