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CentOS7配置Rosetta安装教程
本文在超算平台下的CentOS7(release 7.6.1810)版本下成功测试安装
关于Rosetta软件介绍请关注Rosetta研习社
安装包下载和超算平台准备
- 在文末会附上作者下载的2020.11预编译好的Linux安装包
- 作者是申请的超算试算平台,大家可以自行查询申请
Rosetta安装
- 在home下建Rosetta文件夹,将安装包上传至平台,该步非常耗时,安装包18G,耐心等待;
- 安装Anaconda3,进入终端(Terminal)
wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-5.1.0-Linux-x86_64.sh #等待下载完成
bash Anaconda3-5.1.0-Linux-x86_64.sh #会有文字提示,已知Enter读完说明
yes #有提示
yes #如果有提示写入.bashrc,输入yes
source ~/.bashrc
vi .bashrc #如果没有提醒,添加环境变量
export PATH="/public1/home/usernumber/anaconda3/bin:$PATH" #在最后一行添加,然后保存退出
sourece ~/.bashrc #可通过conda --version 或者python测试是否安装成功
3.解压安装rosetta(预编译版本)
cd Rosetta #进入Rosetta文件夹,安装包放在此处
tar -xvzf rosetta_bin_linux_2020.08.61146_bundle.tgz #耐心等待,此步骤也非常耗时
vi ~/.bashrc #添加Rosetta环境变量
export ROSETTA=/public1/home/usernumber/Rosetta/rosetta_bin_linux_2020.08.61146_bundle
export ROSETTA3_DB=$ROSETTA/main/database
export ROSETTA_BIN=$ROSETTA/main/source/bin
export PATH=$PATH:$ROSETTA_BIN
export LD_LIBRARY_PATH=$ROSETTA/main/source/bin:$LD_LIBRARY_PATH
#请根据自己的文件目录和安装包进行适当的修改,然后退出vi
source ~/.bashrc
4.查看该版本下所有app
cd $ROSETTA/main/source/bin
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测试运行Relax app
参考老师的教程,测试Relax app。
cd $ROSETTA/demos/tutorials/Relax_Tutorial/ #进入Relax文件夹
![09fef652008a423918f39616bbfc44e6.png](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/df65fbb700520861bcdc0dc6f8659da0.png)
relax.static.linuxgccrelease -s 1ubq.pdb @general_relax_flags #使用默认配置运行
![c2037effdee8625c3549a5ea4cbc293b.png](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/76c5985b76ae39a3c24b73e2fc86f6b2.png)
等待运行完成,在tutorial_output下新生成两个pdb文件,可拖拽到本地电脑,用Pymol或者VMD观察其结构
至此,运行测试结束。
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最后
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