今天是生信星球陪你的第612天
大神一句话,菜鸟跑半年。我不是大神,但我可以缩短你走弯路的半年~
就像歌儿唱的那样,如果你不知道该往哪儿走,就留在这学点生信好不好~
这里有豆豆和花花的学习历程,从新手到进阶,生信路上有你有我!
花花写于2020-5-1,去年今天签了劳动合同,正式工作一周年啦~纪念一下。感谢曾老板!火山图有误,阅读原文看修改版
前情提要
前面两个步骤已经完成了数据下载、探针过滤、数据质控、样本过滤。
rm(list=ls())
load("./Rdata/step2_filtered_pd_myNorm.Rdata")
dim(myNorm)
#> [1] 412481 52
dim(pd)
#> [1] 52 4
此处需要补充两个知识点:
beta值的生物学意义
beta>=0.6 完全甲基化
beta<=0.2 完全未甲基化
0.2
差异分析的三个等级
DMP 位点 差异甲基化位点分析-limma
DMR差异甲基化区域分析(连续的差异片段)
DMB 更大的区域 /区域分类(某个基因附近的全部甲基化探针