python读取txt数据变成二维图-将三维切片转换为二维图像

有没有一种方法使用vtk从一个剖切面(可以是倾斜的)的3D坐标和相关数据中获得2D图像吗?在

以下是我读取结构化网格并设置剖切面的代码片段:self._reader = vtk.vtkXMLStructuredGridReader()

self._reader.SetFileName(filename)

self._reader.Update()

self._reader.GetOutput().GetPointData().SetActiveScalars("Intensity")

plane = vtk.vtkPlane()

plane.SetOrigin(self._reader.GetOutput().GetCenter())

plane.SetNormal(0, 0, 1)

planeCut = vtk.vtkCutter()

planeCut.SetInput(self._reader.GetOutput())

planeCut.SetCutFunction(plane)

# THIS GIVES THE 3D COORDINATES OF THE POINTS OF THE CUT PLANE

print planeCut.GetOutput().GetPoints()

# THIS GIVES THE DATA ASSOCIATED WITH EACH OF THE POINTS

planeCut.GetOutput().GetPointData().GetAttribute(0)

cutMapper = vtk.vtkPolyDataMapper()

cutMapper.SetInputConnection(planeCut.GetOutputPort())

cutMapper.SetLookupTable(table)

cutMapper.SetScalarRange(0,100)

cutActor = vtk.vtkActor()

cutActor.SetMapper(cutMapper)

self._renderer.AddActor(cutActor)

self._iren.Render()

非常感谢你的帮助

埃里克

TomoPy是一个Python库,用于在计算机中重建和分析三维图像。它提供了一系列用于处理和重建投影数据的函数和类。ASTRA toolbox是一个开源的CT重建工具箱,可用于计算机断层扫描(CT)重建和投影图像重建。 TomoPy与ASTRA toolbox的结合可以将一系列二维投影图像转换三维重建图像。TomoPy可以通过定义投影数据和重建参数来生成投影几何学,然后将其传递给ASTRA toolbox进行重建。ASTRA toolbox提供了多种重建算法,如滤波反投影(FBP)算法、迭代重建算法等。 使用TomoPy和ASTRA toolbox进行重建需要以下步骤: 1.导入TomoPy和ASTRA toolbox库 2.定义投影数据和重建参数 3.生成投影几何学 4.使用ASTRA toolbox进行重建 5.可视化三维重建结果 下面是一个简单的例子,演示了如何使用TomoPy和ASTRA toolbox进行重建: ```python import tomopy import astra import numpy as np # load projection data proj_data = tomopy.read_tiff_stack('proj_*.tif', axis=0) # define reconstruction parameters num_slices = proj_data.shape[0] num_pixels = proj_data.shape[1] angles = np.linspace(0, np.pi, proj_data.shape[2]) center = num_pixels/2 # generate projection geometry proj_geom = astra.create_proj_geom('parallel', 1.0, num_pixels, angles) # generate volume geometry vol_geom = astra.create_vol_geom(num_pixels, num_pixels, num_slices) # create projection matrix proj_id = astra.create_projector('linear', proj_geom, vol_geom) # create sinogram sinogram_id, sinogram = astra.create_sino(proj_data, proj_id) # create reconstruction algorithm recon_id = astra.create_reconstruction('FBP', proj_id, sinogram_id) # run reconstruction astra.algorithm.run(recon_id) # get reconstruction result recon = astra.data2d.get(recon_id) # visualize reconstruction tomopy.imshow(recon) ``` 在上述代码中,首先使用TomoPy库读取投影数据。然后,定义了重建参数,包括切片数量、像素数量和投影角度。接下来,使用ASTRA toolbox库生成投影几何学和体几何学。然后,使用ASTRA toolbox库创建投影矩阵、正弦图像和重建算法。最后,运行重建算法并可视化重建结果。 需要注意的是,上述代码仅演示了使用TomoPy和ASTRA toolbox进行重建的基本步骤。实际应用中,可能需要根据具体问题进行更细致的参数设置和算法选择。
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