上周生信大神谢老师在基迪奥生信交流群展示了一张用R语言绘制的组合图，令群内无数粉丝疯狂不已。这张图是这样子的：
对于我来说，绘制这张图的难点是如何将3张图组合到一起，而且“右图”的绘制方向与“上图”相反才能和主图(散点图)的坐标轴一致。此外还有直方图和累计频率点线图的组合、Offset axis、全画布辅助线的添加、图例的添加等，如果不精通R的绘图函数，寸步难行！
那么，除了R语言，常规的作图软件比如Prism可以做到吗？
于是，找谢老师要了范例数据准备验证一下。顺便讲一下，如果大家对全基因组关联分析(GWAS)感兴趣可以点击阅读原文前往Omicshare课堂观看谢老师的系列视频教程。
我的作图思路是：分别绘制“主”、“上”、“右”三个图表，然后把三个工程文件merge成1个，使用Prism的layout功能将三个图表组合在一起，最后手动添加辅助线、图例即可。下面就一起看下如何绘制吧！
“主图”绘制
数据准备的准备很简单，只需π_poolA/π_poolB和Fst这两列数据即可，然后筛选出π_poolA/π_poolB≥1.174且Fst≥0.069的数据，以及其余数据。为了方便快速演示，我这里仅选取了3万个位点数据。如果不会筛选作图数据，可参考《如何使用Excel对数据进行筛选？》一文的方法。
然后，将数据复制粘贴到Prism的XY表格中，绘制XY分组散点图即可，数据表格的样式如下：
如果不会画分组散点图，可以参考《Graphpad Prism能不能画火山图？》或《Graphpad Prism能不能画九象限图？》的作图方法。如果不想看图文教程，也可以点击阅读原文前往Omicshare课堂观看视频教程。最终绘制的主图如下：
“上图”绘制
接着新建一个工程文件，新建Column型的表格，将π_poolA/π_poolB这列数据复制粘贴到表格中，然后点Analyze按钮，做2次频率分布分析。
参数设置如下，注意将两次分析的Bin width(可理解为组距)都设置为0.01，至于为什么是0.01，可根据数据的分布范围估计，保证Bin的数量约200个左右，这样画出的“密度”曲线比较光滑。
然后新建1个XY表格，将两次分析的结果合并到一个表中，并依据π_poolA/π_poolB≥1.174将频率直方图的数据分成两组，用以实现直方图的分组着色效果，方法类似分组散点图，数据准备如下。
然后，在Graph选项下，图表类型选XY的Spikes，如下，你可能会问：为什么不是柱状图呢？因为柱状图的X轴的范围无法自定义。
接下来需要对图表进行个性化设置，比如将直方图和点线图的数据映射到两个Y轴上，设置X轴的长度、范围与主图的X轴一致等(如下)，具体操作看之前系列的教程，这里不再赘述。
为了之后方便拼图，这里暂时不隐藏X轴，删掉图例，“上”图的绘制效果如下：
“右图”绘制
方法与上图绘制一样，新建Column型的表格，将Fst这列数据复制粘贴到表格中，然后点Analyze按钮，Bin width设置为0.01，做2次频率分布分析。然后，合并分析数据作图如下：
很明显，如果放置在主图的右侧，顺时针旋转90°，图表的原点在图表的左上角，无法和主图一一对应。那么如何让原点处于图表右下角呢？Prism虽有原点位置设置功能，试了下，让人吐血。只能手动改变横坐标顺序了，“你不动，我动！” 唉，期待Prism 9 XY型数据也能横向绘制图表吧！
按照主图Y轴的范围，裁剪掉多余的数据(非常重要！)，然后将X轴的数据，复制到Excel中降序排列后再粘贴回Prism即可快速完成顺序颠倒，手动修改刻度标签后效果如下：
至于为什么用Excel，那是因为Prism无法只对一列排序而其他列不动！
图表组合
终于到了最后一步，先通过file/Merge，将3个工程文件合并成一个，当然在合并之前你也可以复制一份，并将之前一些中间分析结果、图表删掉。合并文件后，在Layouts选项下，新建空白的布局，如下：
从左侧导航栏把依次将3个图表拖到Layout1画布中，并右键“右图”，顺时针旋转90°，排列好之后使用Draw选项下的直线工具绘制虚线，如下。
回到单个图表中隐藏掉X轴，以及主图的辅助线，即可完成图表的组合，如下，满意后导出图片即可。
如果使用全部(10万多个)位点的数据，虽然没有Origin那样的Fast模式，Prism也能抗的住，绘制效果如下图，不过你可能需要一些耐心！
最终的绘制效果如下：
最后，如果你还是没学会，那么你可能需要点击阅读原文，观看前天刚上线的Graphpad Prism科研作图系列视频教程，好啦，今天的内容就到这里啦！
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视频观看方式
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《如何使用Excel对数据进行筛选？》
《Graphpad Prism能不能画火山图？》
《Graphpad Prism能不能画九象限图？》
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