我对python相当陌生,而且我的python脚本(split_fasta.py)有问题。这里是我的问题的一个例子:在python中使用变量作为新文件的名称的一部分
list = ["1.fasta", "2.fasta", "3.fasta"]
for file in list:
contents = open(file, "r")
for line in contents:
if line[0] == ">":
new_file = open(file + "_chromosome.fasta", "w")
new_file.write(line)
我已经离开了程序的底部部分,因为它不需要。我的问题是,当我在同一个direcoty我的fasta123文件运行这个程序,它的伟大工程:
蟒蛇split_fasta.py * .fasta
但是,如果我在不同的目录我希望程序输出新文件(例如1.fasta_chromsome.fasta)到我当前的目录中......它不会:
python /home/bin/split_fasta.py/home/data /*.fasta
这仍会在与fasta文件相同的目录中创建新文件。在这里,我敢肯定,问题是这一行:
new_file = open(file + "_chromosome.fasta", "w")
因为如果我把它改成这样:
new_file = open("seq" + "_chromosome.fasta", "w")
它创造了我的当前目录下的输出文件。
我希望这对你们中的一些人有意义,我可以得到一些建议。
2016-09-15
Ryan
+0
您应该结账BioPython –