宏转录组方法_Cell：基因表达的改变和群落的更替塑造了全球海洋宏转录组

编译：jiee，编辑：小菌菌、江舜尧。

导读

海洋微生物群落极大地影响着地球的生物地球化学循环、食物网和气候。尽管最近在理解海洋微生物的物种和基因组组成方面取得了进展，但对其转录组在全球范围内的变化知之甚少。在此研究中，作者呈现了来自全球126个采样站的187个宏转录组和370个宏基因组的综合数据集，并构建了一个包含4700万个基因的参考基因集，来研究全球海洋不同深度层的微生物群落的转录组。作者研究了塑造海洋微生物转录组的基因表达变化和群落更替随着环境变化的潜在机制，并展示了它们在多个生物地球化学相关过程中的个体贡献的不同。此外，作者还发现在极地水域中，基因表达变化的相对贡献明显低于非极地水域，并提出假设：极地地区微生物活动的变化会响应海洋变暖，且生物组成的变化对微生物活动的变化的驱动作用比基因调控机制的驱动作用更强。

论文ID

原名：Gene Expression Changes and Community Turnover Differentially Shape the Global Ocean Metatranscriptome

译名：基因表达的改变和群落的更替塑造了全球海洋宏转录组

期刊：Cell

IF：36.216

发表时间：2019.11

通讯作者：Shinichi Sunagawa

作者单位：苏黎世联邦理工学院微生物研究所和瑞士生物信息学研究所

实验设计

利用TARA ocean项目在全球126个采样点上采集了187个宏转录组和370个宏基因组样本，进行深度宏基因组测序。综合宏基因组和宏转录组数据得到了最全面的海洋微生物参考基因集(OM-RGC.v2)。然后利用宏基因组和宏转录组分别得到了分类组成、宏基因组组成以及宏转录组组成数据。对得到的宏基因组和宏转录组组成进行归一化和转化，并进行基因表达谱的计算。然后比较了微生物地球化学循环标记基因在深度和纬度上的差异表达和丰度变化。对潜在的固氮微生物进行了宏基因组组装基因组(MAGs)水平上的挖掘。画图数据和代码共享于github：https://github.com/SushiLab/omrgc_v2_scripts。

结果

1.全球海洋微生物研究的新多组学资源

本研究的数据集包括从全球126个采样点上采集的187个宏转录组和370个宏基因组样本，跨越142°的纬度范围(图1；https://doi.org/10.5281/zenodo.3473199)。样本来源于透光层,表层海水(SRF),叶绿素浓度最大值(DCM),混合水层,及中深海的黑暗水层(MES),深度从5米到1000米(SRF, DCM, MES层的平均深度分别为5米,50米和550米)。在对低RNA样本进行方案优化(见STAR方法)后，得到了187个原核生物富集的宏转录组文库，每个样本的平均测序深度为28 G(https://doi.org/10.5281/zenodo.3473199)。这些数据与一组包含131个病毒富集的、59个巨型病毒富集的和180个原核生物富集的宏基因组数据集一起分析(https://doi.org/10.5281/zenodo.3473199),这组数据集中包括以前测序的Tara Oceans数据、44个极地和42个非极地区的病毒富集的宏基因组(见STAR方法)，以及41个从北冰洋获取的原核生物富集的宏基因组(本研究中新获得)。

图1 本研究分析的宏组学数据的地理分布情况。Tara Oceans采样站的地理分布(2009 - 2013)。每个站点从不同深度层收集了不同大小的样本，共557个样本(370个宏基因组和187个宏转录组)。编号为155及以上的监测站代表了2013年6月至10月期间开展的TaraOceans极地圈采样站点。颜色表示在每个工作站收集的原核生物富集部分样本的类型:18个工作站只有宏基因组(橙色);40个工作站仅有宏转录组(蓝色);68个工作站至少一个深度层同时有宏基因组和宏转录组。

作者的目标是获得整个微生物群落层面的群落更替和基因表达变化，并将这些数据放在全球范围的地理和环境梯度的背景下。值得注意的是，这种方法的适用与否很大程度上取决于环境中存在的生物体与基因组序列数据库中代表性生物体之间的进化距离。理想情况下，组成相关群落的所有生物体的基因组序列都已被测序，从而促进基因丰度和基因表达数据的整合，以评估整个群落的组成。这样的分析似乎可以用于人类肠