这是MS建模教程第二期,里面会大部分内容讲
如何直接从其他途径获取cif文件。和量化计算不同,周期性计算自己手搭模型真的是下策,一来麻烦,二来麻烦,三来容易出错。 提前做个声明:cif文件可以保存孤立分子信息,但是本文讲的全都是周期性结构。
1
CIF是啥 CIF文件是晶体学信息文件,CIF是Crystallographic InformationFile的首字母。它包含了每个晶体的详细信息,如名称、文献、数据库编号、化学组成、晶胞参数、密度、空间群、原子坐标等。更多关于CIF文件格式的信息,参考各种百科或者看看https://www.iucr.org/resources/cif假设打开cif总是报错而你又找不到原因,可以用记事本打开cif文件,用里面提供的信息手动建模。
2
CIF的获取途径
我按照获取难易程度兼顾资源丰富程度来主观排个序。
直接搜索数据库,你可能会找到一堆的结构信息,如何分辨是不是自己需要的结构信息,需要你提前对自己的做的材料做一个表征,比如XRD。Jade中对照标准谱,然后读取晶胞参数,然后用晶胞参数对照你在数据库中看到的各种结果。
2.1
Materials Studio自带数据库
具体用法:在project名字上面右击然后import,定位到安装路径下\share\Structures
导入后另存为就好。
2.2
Materials Project https://materialsproject.org/
这是个基于第一性原理计算结果的数据库。结构搜索神器,第一性原理计算材料的天堂(刘锦程语)。里面不但有实验结构参数,还有理论计算参数。总之用用你就会收藏的。登陆需要Google账号或者github账号,大家注册一个方便使用。