神经科学寻求:
解释神智活动的生物学机制;
在发育过程中装配起来的神经回路是如何感受周围世界、如何实施行为;
人们情绪生活的生物学基础,及当情绪、思想及动作的调节发生扭曲时为什么会有抑郁、狂躁、精神分裂症和阿尔茨海默症等病症。
神经科学包括:脑科学、神经生物学、神经病理学、行为遗传学等领域,神经科学领域最早开展系统理论、计算机科学研究,比如神经控制论、人工智能等,21世纪系统生物学在细胞分子层次重新兴起后,又形成系统神经科学和计算神经科学。
计算神经科学是使用数学分析和计算机模拟的方法在不同水平上对神经系统进行模拟和研究。
下面给大家介绍一系列用于计算神经科学数据和神经图像领域的分析工具和软件,都是由The Source for NeuroInformatics Tools and Resources (NITRC) 负责维护。
https://www.nitrc.org/
FSL
FSL 是用于 FMRI、MRI 和 DTI 脑成像数据的综合分析工具库。它可在 Apple 和 PC 上运行,并且非常容易安装。大多数工具都可以从命令行和作为GUIS运行。
http://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/
SPM
在空间扩展统计过程中构建和评估假设的功能成像数据。SPM 软件包设计用于分析脑成像数据序列。序列可以是来自不同队列的一系列图像,也可以是来自同一主题的时间序列。可处理和分析EEG、fMRI、MEG、PET和SPECT 大脑图像数据序列。
http://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/
BrainVoyagerQX
BrainVoyager QX 是一个高度优化且用户友好的软件包,用于分析和可视化功能和结构磁共振成像数据集。该程序在所有主要计算机平台上运行,包括 Windows 、Linux和 Mac OS X。交互式图形用户界面是使用屡获殊荣的跨平台 Qt C++构建的。在结合最佳跨平台技术时,BrainVoyager QX 在所有受支持的平台上提供本机和响应式用户界面。
该软件可处理MRI、EEG和MEG数据,做统计分析,处理图像。需要HASP许可。
http://www.brainvoyager.com/products/brainvoyagerqx.html
Turbo-BrainVoyager
是一款高度优化、易于使用的软件包,用于功能磁共振成像数据集的实时分析和动态可视化。该程序还执行实时预处理,包括 3D 运动校正、空间高斯平滑和时间滤波。数据可以在 AC-PC 和 Talairach 空间的 3D 数据集以及皮质板的渲染网格上可视化。除了标准的实时任务(如质量保证)外,Proram 强大的计算能力和可视化功能还可实现神经反馈和神经外科手术的监测。
http://www.brainvoyager.com/products/turbobrainvoyager.html
MRIcron
这是一个基于GUI的可视化和分析工具,用于(功能性)磁共振成像。它有助于绘制解剖区域(ROI),或病变映射,以及功能时间序列的基本分析(例如,创建近位体信号变化图)。
除了"mricron"之外,此包还提供"dcm2nii",支持将 DICOM 和 PAR/REC 图像转换为 NIfTI 格式,以及用于非参数数据分析的"npm"。
http://neuro.debian.net/pkgs/mricron.html
itk-SNAP
ITK-SNAP 是一种软件应用程序,用于分割 3D 医学图像中的结构。
ITK-SNAP 通过使用主动轮廓方法提供半自动分段,以及手动描绘和图像导航。
主要处理MRI和CT扫描数据。
http://www.itksnap.org/pmwiki/pmwiki.php
EEGLAB
EEGLAB 是一个交互式 Matlab 工具箱,用于处理连续和事件相关的 EEG、MEG 和其他电生理数据,其中包含独立的分量分析 (ICA)、时间/频率分析、工件抑制、事件相关统计信息以及几种有用的平均和单次试验数据可视化模式。EEGLAB 可在 Linux、Unix、Windows 和 Mac OS X 下运行。
http://sccn.ucsd.edu/eeglab/
FreeSurfer
FreeSurfer 是一个软件包,用于分析和可视化来自横截面或纵向研究的结构和功能神经成像数据。
http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/DownloadAndInstall
Chronux
Chronux 是一个开源软件包,用于分析神经数据。Chronux 可用于点过程和连续数据的分析,包括预处理、探索和确认分析。
可预处理和分析神经的数据。
http://chronux.org/
BrainNet Viewer
这是个大脑网络的可视化工具,利用处理过的数据构建结构性和功能性的网络。
https://www.nitrc.org/projects/bnv/
eConnectome
一个开源性MATLAB软件包,用于处理EEG、MEG、ECoG数据。
它为 EEG/ECoG/MEG 预处理、源估计、连接分析和可视化提供交互式图形界面。EEG/ECoG/MEG 的连接可以通过传感器和源域进行映射。
该软件包的设计用于神经科学、心理学、认知科学、临床神经生理学、神经学和其他学科的研究人员。
http://econnectome.umn.edu/
MNE
这个软件必须要在Linux系统上运行,可处理MEG和EEG数据。
http://www.nmr.mgh.harvard.edu/martinos/userInfo/data/MNE_register/
CONN
CONN 是基于 Matlab 的跨平台软件,用于计算、显示和分析 fMRI 中的功能连接。
https://www.nitrc.org/projects/conn/
The Virtual Brain
该平台是一个把计算神经科学和临床神经病学结合起来的一个计算建模平台,可以将目前脑科学中大数据和个性化医疗结合起来。它的核心是根据每个大脑结构连接数据来模拟功能性数据。这种模拟生成的功能性数据来自于局部(区域之内)和全局(区域和区域之间)的大脑动态活动。
https://www.thevirtualbrain.org/tvb/zwei/brainsimulator-software
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