gsea富集分析结果怎么看_这么炫酷的图，竟然是富集分析结果？

富集分析的意义

转录组测序是高通量测序中应用最广泛的技术。在转录组的文章中，一般的分析套路如图1所示。 第一步：通过转录组测序，我们可以获得样本间各个基因的表达量信息，从中可以筛选出关注的目标基因。这些基因可以是经过差异分析获得的差异基因，也可以是通过趋势分析获得的基因集。只要是你想关注的基因组成的集合都是可以的。 第二步：获得目标基因后，需要将基因和生物学功能联系起来，这时候就需要富集分析将我们筛选出的目标基因进行归类，看这些目标基因富集在哪些相关的生物学通路上。之后我们可以根据实验内容挑选出相关的通路，也可以关注一些显著富集的通路。 第三步：筛选出目标通路之后，利用后续的实验方法锁定目标基因。

图1：转录组文章分析思路   富集分析除了可以作为基因和生物学功能的“桥梁”之外，还有一个重要的功能就是将表格信息图形化。也就是将显著富集的结果用图形展示出来，使文章更加具有吸引力或者更容易将信息展示出来，有利于下一步的讨论分析。

富集分析常见图形

传统富集分析的图形有很多，比如气泡图、条形图、二级分类图等等。这些图都有它们独特的含义，但是都比较常见，算是初级的富集分析图形。

图2：富集分析气泡图

图3：富集分析柱形图 如果富集分析只是包含这些“老套的”图形，是不是已经不够新颖也略显单调了。所以为了满足广大客户的需求，基迪奥开发出了新的图形，一起来看看吧。

富集分析进阶版图形

进阶版气泡图

图4：高级气泡图 这个气泡图展示了基因数目前100的pathway结果。气泡大小代表该pathway富集的基因数目的多少，气泡越靠上代表P值越小，通路越显著。超过阈值线的气泡为p<0.05的pathway。气泡图旁边的注释展示了显著富集分析前20的通路信息。 独一无二圈图

图5：富集分析圈图

圈图就是利用几层圈圈就可以展示丰富的数据信息，我们新设计的这款圈图，最外层的颜色就代表了不同的KEGG A class；第二层包含了差异基因的数目和显著富集的程度信息；第三层展示了上下调基因的情况；第四层为每个pathway的富集因子。样式简洁且包含的信息更加的丰富。   有了这样颜值与内在兼备的气泡图和圈图，是不是觉得自己的富集分析更加高大上了呢？想拥有这些图形么，基迪奥已经把这些图形都更新到转录组分析的报告中了，分分钟获得这些高颜值的图形。   并且转录组的报告已经全面更新，包括以下内容： 1.  GSEA富集分析添加DO和Reactome数据库； 2.  富集分析GO、KEGG、DO和Reactome数据库均添加高级气泡图和圈图； 3.  农学转录组中部分物种添加了Reactome数据库进行富集分析。

有了这样的转录组报告你还不心动么？lncRNA的报告同样进行了更新哟~如有需要，可以与当地销售联系。

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