Discovery Studio™ (简称DS)是专业的生命科学分子模拟软件,DS目前的主要功能包括:蛋白质的表征(包括蛋白-蛋白相互作用)、同源建模、分子力学计算和分子动力学模拟、基于结构药物设计工具(包括配体-蛋白质相互作用、全新药物设计和分子对接)、基于小分子的药物设计工具(包括定量构效关系、药效团、数据库筛选、ADMET)和组合库的设计与分析等。

本章节中,利刃君将使用Discovery Studio 2016来进行分子对接后的配体分子构象分析。通过简单的实例学习小分子与受体之间不同相互作用力的分析,并对非键相互作用信息生成热图,以便后期的虚拟筛选。
一、分子对接结果分析
本次教程中,以上期教程中的6PL1与其原配体柔性对接的结果为例,对对接后配体构象进行分析。
- 分子之间的非键相互作用是生命体系中分子识别的基础,全面而细致的分析配体小分子与受体蛋白之间的相互作用是后期药物设计与开发的关键内容。
在任务栏Job中,双击计算完成的任务,点击View Results查看对接结果,此时显示窗口会显示受体-配体的构象。
在工具栏中点击Receptor-Ligand Interactions>View Interations>Analyze Ligand