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在我们平常的绘图中，颜色不仅影响图形得美感，也可以作为一个变量，从而使图形反应更多维度得信息。

我们可以用颜色来表示分组，比如，不同组的散点用不同颜色，多条曲线用不同颜色；可以用颜色表示数值，用颜色深浅表示绝对值大小；可以用颜色来突出某些要强调的图形元素

将变量值映射为颜色，可以分为如下四种情况 1 无序的分类变量；2 有序的分类变量，仅有大小次序，没有正反；3 有序的分类变量，有正有反；4 连续数值变量。

在R语言中，我们可以使用RColorBrewer::display.brewer.all()来查看调色板，在ggplot2 中用 scale_color_brewer(palette) 和 scale_fill_brewer(palette)选择 RColorBrewer 中的调色盘。

RColorBrewer::display.brewer.all()

hue 通过改变色相（hue）饱和度（chroma）亮度（luminosity）来调整颜色

brewer 使用ColorBrewer的颜色

grey 使用不同程度的灰色

color 和 fill 可更改的颜色参数，一般柱状图，fill是柱子的填充颜色，这时就使用scale_fill系列函数来更改颜色。点图使用color分组，则使用scale_color_系列函数来更改颜色。

library(ggplot2)
b <- ggplot(mpg, aes(fl))+ geom_bar(aes(fill = fl))
b

scale_fill_brewer函数调用调色板中的配色方案

b + scale_fill_brewer(palette = "Set1")

也可以使用scale_fill_manual函数自定义颜色

b + scale_fill_manual(values=c(c = "red", d = "blue", e = "green" , p = "orange", r = "yellow"))

单一颜色

b+ scale_fill_brewer(palette = "Blues")

也可以用scale_fill_grey()函数使用灰度，通过start end 两个参数指定，0为黑，1为白，都在0-1范围内

b + scale_fill_grey()

b + scale_fill_grey(start=1, end=0)

gradient 创建渐变色

distiller 使用ColorBrewer的颜色

identity 使用color变量对应的颜色，对离散型和连续型都有效

scale_color_gradient 双色渐变（低-高）

scale_color_gradient2 发散颜色渐变（低-中-高）

scale_color_gradientn 创建n色渐变

双色渐变

aaa=mpg
aaa$cty<- aaa$cty-20
f <- ggplot(aaa, aes(cty, hwy))+ geom_point(aes(color=cty))
f + scale_colour_gradient(low = "green", high = "red")

低-中-高三色渐变

f + scale_color_gradient2(low = "green", mid = "black", high =  "red")

n色渐变

f + scale_color_gradientn(colours =rainbow(10))

scale_color_distiller函数可以将ColorBrewer的颜色运用在连续变量上

f + scale_color_distiller(palette = "Set1")

单基因泛癌分析链接

TCGA单基因免疫相关泛癌分析（应要求，对出图添加更细致的描述）mp.weixin.qq.com

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