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您可以查看和复制此页面的源代码。==安装python程序包mahotas==
如果是windows下使用pythonxy,可以在[https://code.google.com/p/pythonxy/wiki/Downloads?tm=2 这里]下载mahotas作为插件。如果是linux或者ios，可以直接easy install。
==对生物细胞图像的分析==
原文连接见[http://pythonvision.org/basic-tutorial 这里]
===热身===
先调用一些常用包
import numpy as np
import scipy
import matplotlib.pyplot as plt
import mahotas
from scipy import ndimage
读入一张图。如下所示（实验代码时可以从本网页下载并保存这张图）。
[[File:dna_raw.jpeg|300px]]
dna = mahotas.imread('E:/wulingfei/image_processing/dna_raw.jpeg')
#dna.shape
plt.gray()
plt.imshow(dna)
#dna.max()
#dna.min()
dna_raw.jpeg被读进来后，变成一个1024行，1344列的numpy array。所以用plt.imshow()可以直接画出来。plt.imshow有两种上色机制，plt.gray()和plt.jet（），后者是默认机制。因为我们这里设定plt.gray()所以画出来是黑白的。如果没有设定的话，画出来就是彩色的(通过plt.axis('off')移除坐标轴)：
plt.jet()
plt.imshow(dna)
plt.axis('off')
plt.savefig('E:/wulingfei/image_processing/dna_1.jpeg', bbox_inches=None)
[[File:dna_1.jpeg|400px]]
===计算细胞的数量===
为了计算细胞的数量，我们要先对图像进行一些处理。首先，我们要设定一个阈值后，把图像变成黑白的。
plt.gray()
T = mahotas.thresholding.otsu(dna)
plt.imshow(dna > T)
plt.savefig('E:/wulingfei/image_processing/dna_2.jpeg', bbox_inches=None)
[[File:dna_2.jpeg|400px]]
转换成黑白图像后，我们就可以通过计算连接在一起的components的个数来得到细胞的数量。不过现在的图像太粗糙，会大大影响我们对联系在一起的component的计算，所以我们先加上高斯过滤让它的边缘变得光滑
dnaf = ndimage.gaussian_filter(dna, 8)
T = mahotas.thresholding.otsu(dnaf)
plt.imshow(dnaf > T)
plt.savefig('E:/wulingfei/image_processing/dna_3.jpeg', bbox_inches=None)
[[File:dna_3.jpeg|400px]]
现在，我们可以在矩阵中划分团块并且给出不同团块的数量了。一共有18个团块，我们给它打上标签并且以不同的颜色表示。
labeled,nr_objects = ndimage.label(dnaf > T)
nr_objects
plt.imshow(labeled)
plt.jet()
plt.savefig('E:/wulingfei/image_processing/dna_4.jpeg', bbox_inches=None)
[[File:dna_4.jpeg|400px]]
任务完成！
===更精确地计算细胞的数量===
但是且慢，有一些细胞在照片上重叠了，被我们算作一个细胞了。显然是这不科学的，因此我们需要更精确的计算方法。接下来我们要讨论的方法寻找团块的中心点并计算中心点的个数。这里我们假设在灰度图上，团块比较中心的地方比较亮，最亮的地方就是最中心的地方。这个东西叫regional maxima，相当于一片山脉中的最高峰。我们找到这个点之后，进行标亮，并且与原来的灰度图重叠在一起。
dnaf = ndimage.gaussian_filter(dna, 16)
rmax = mahotas.regmax(dnaf)
plt.gray()
plt.imshow(dna)
plt.imshow(rmax,alpha=0.6)
seeds,nr_nuclei = ndimage.label(rmax)
plt.savefig('E:/wulingfei/image_processing/dna_5.jpeg', bbox_inches=None)
[[File:dna_5.jpeg|400px]]
正如nr_nuclei所告诉我们的那样，一共有22个细胞。
===划分细胞的活动区域===
T = mahotas.thresholding.otsu(dnaf)
dist = ndimage.distance_transform_edt(dnaf > T)
plt.jet()
plt.imshow(dist)
对于矩阵中不为0的任意一个点i，ndimage.distance_transform_edt会计算与之最接近的背景点j（矩阵中等于0的点）与i的欧式距离。这意味着，越大的团块的中心点数值越大，表达成热图的话，颜色越浓：
[[File:dna_9.jpeg|400px]]
当然，我们也可以把颜色反转（使用矩阵最大值减去矩阵内所有元素，使得矩阵元素的数值原来大的变小，小的变大），得到这个图：
dist = dist.max() - dist
dist -= dist.min()
dist = dist/float(dist.ptp()) * 255
dist = dist.astype(np.uint8)
plt.jet()
plt.imshow(dist)
[[File:dna_8.jpeg|400px]]
现在，根据矩阵的元素的大小，以之前得到的一堆最高峰（seeds）为核心位置，观察每个核心与邻居核心之间的边界（元素数值的局域极大值），把这个边界标记出来。就得到了核心的区域划分图。
nuclei = mahotas.cwatershed(dist, seeds)
plt.jet()
plt.imshow(nuclei)
plt.savefig('E:/wulingfei/image_processing/dna_6.jpeg', bbox_inches=None)
[[File:dna_6.jpeg|400px]]
我们当然也可以把区域划分图与之前的原始图像重叠在一起：
plt.imshow(dna,alpha=0.6)
plt.savefig('E:/wulingfei/image_processing/dna_7.jpeg', bbox_inches=None)
[[File:dna_7.jpeg|400px]]
==对人物图像的处理==
===原始数据及预处理===
[[File:Lenna_raw.jpg|300px]]
先调用一些常用包
import mahotas as mh
from matplotlib import pyplot as plt
读入图后转变为灰度图
#---to gray scale--------
figure(num=None, figsize=(8, 4), dpi=80, facecolor='w', edgecolor='k')
plt.subplot(1,2,1)
image = mh.imread('E:/wulingfei/image_processing/Lenna_raw.jpg')
plt.imshow(image,origin='lower')
plt.subplot(1,2,2)
imgray = mh.colors.rgb2gray(image, dtype=np.uint8)
plt.gray()
plt.imshow(imgray,origin='lower')
plt.tight_layout(pad=0.4, w_pad=0, h_pad=1.0)
plt.savefig('E:/wulingfei/image_processing/lenna_1.jpeg', bbox_inches=None)
[[File:lenna_1.jpeg|500px]]
===使用阈值处理的方法区分图片不同区域===
选定阈值，使用阈值做判定，将像素矩阵转变为01矩阵。
figure(num=None, figsize=(8, 8), dpi=80, facecolor='w', edgecolor='k')
plt.subplot(2,2,1)
T = mh.thresholding.otsu(imgray)
bimage = (imgray > T)
plt.gray()
plt.imshow(bimage,origin='lower')
plt.title("Otsu threshold")
plt.subplot(2,2,2)
T2 = mh.thresholding.rc(imgray)
bimage = (imgray > T)
plt.gray()
plt.imshow(bimage,origin='lower')
plt.title(" Ridley-Calvard threshold")
plt.subplot(2,2,3)
otsubin = (imgray <= T)
otsubin = mh.close(otsubin, np.ones((5,5)))
plt.imshow(otsubin,origin='lower' )
plt.title("clear noise: close")
plt.subplot(2,2,4)
otsubin = (imgray > T)
otsubin = mh.open(otsubin, np.ones((5,5)))
plt.title("clear noise: open")
plt.imshow(otsubin,origin='lower' )
plt.tight_layout(pad=0.4, w_pad=0, h_pad=1.0)
plt.savefig('E:/wulingfei/image_processing/lenna_2.jpeg', bbox_inches=None)
[[File:lenna_2.jpeg|500px]]
===高斯过滤极其阈值效果===
使用高斯矩阵与像素矩阵做卷积。
figure(num=None, figsize=(8, 8), dpi=80, facecolor='w', edgecolor='k')
plt.subplot(2,2,1)
im8 = mh.gaussian_filter(imgray,8)
plt.imshow(im8,origin='lower' )
plt.title("Gaussian filtering: S.D.=8")
plt.subplot(2,2,2)
im16 = mh.gaussian_filter(imgray,16)
plt.imshow(im16,origin='lower' )
plt.title("Gaussian filtering: S.D.=16")
plt.subplot(2,2,3)
im32 = mh.gaussian_filter(imgray,32)
plt.imshow(im32,origin='lower' )
plt.title("Gaussian filtering: S.D.=32")
plt.subplot(2,2,4)
T = mh.thresholding.otsu(im32)
bimage = (imgray > T)
plt.gray()
plt.imshow(bimage,origin='lower')
plt.title("Otsu threshold on S.D.=32")
plt.tight_layout(pad=0.4, w_pad=0, h_pad=1.0)
plt.savefig('E:/wulingfei/image_processing/lenna_3.jpeg', bbox_inches=None)
[[File:lenna_3.jpeg|500px]]
===怀旧风格===
制造白色和黑色的随机噪声，覆盖在灰度图上。
#------Adding salt and pepper noise-------
figure(num=None, figsize=(8, 8), dpi=80, facecolor='w', edgecolor='k')
plt.subplot(2,2,1)
plt.imshow(imgray,origin='lower')
plt.title("raw")
plt.subplot(2,2,2)
salt = np.random.random(imgray.shape) > .975
pepper = np.random.random(imgray.shape) > .975
plt.imshow(salt)
plt.title("salt/pepper distribution")
plt.subplot(2,2,3)
imsalt=np.maximum(salt*200, imgray)
plt.imshow(imsalt,origin='lower')
plt.title("adding salt")
plt.subplot(2,2,4)
impeper=np.minimum(pepper*30 + imsalt*(~pepper), imsalt)
plt.imshow(impeper,origin='lower')
plt.title("adding pepper")
plt.tight_layout(pad=0.4, w_pad=0, h_pad=1.0)
plt.savefig('E:/wulingfei/image_processing/lenna_4.jpeg', bbox_inches=None)
[[File:lenna_4.jpeg|500px]]
===bokeh(背景虚化)技巧===
先像素矩阵分割成红蓝绿三个通道，各自进行高斯过滤，再组合在一起。构建清晰度权重，矩阵中间最高，边缘最低，使用该权重对组合得到的图像进行加权。
#------Putting the center in focus-------
figure(num=None, figsize=(12, 8), dpi=80, facecolor='w', edgecolor='k')
# This breaks up the image into RGB channels
r, g, b = image.transpose(2, 0, 1)
h, w = r.shape
# smooth the image per channel:
r12 = mh.gaussian_filter(r, 12.)
g12 = mh.gaussian_filter(g, 12.)
b12 = mh.gaussian_filter(b, 12.)
# build back the RGB image
im12 = mh.as_rgb(r12, g12, b12)
plt.subplot(2,3,1)
plt.imshow(im12,origin='lower')
X, Y = np.mgrid[:h, :w]
X = X - h / 2.
Y = Y - w / 2.
X /= X.max()
Y /= Y.max()
plt.gray()
plt.subplot(2,3,2)
plt.imshow(X)
plt.subplot(2,3,3)
plt.imshow(Y)
# Array C will have the highest values in the center, fading out to the edges:
C = np.exp(-2. * (X ** 2 + Y ** 2))
plt.subplot(2,3,4)
plt.imshow(C)
C -= C.min()
C /= C.ptp()
C = C[:, :, None]
plt.subplot(2,3,5)
newdata=image * C + (1 - C) * im12
plt.imshow(newdata,origin='lower')
# The final result is sharp in the centre and smooths out to the borders:
plt.subplot(2,3,6)
ring = mh.stretch(newdata)
plt.imshow(ring,origin='lower')
plt.tight_layout(pad=0.4, w_pad=0, h_pad=1.0)
plt.savefig('E:/wulingfei/image_processing/lenna_5.jpeg', bbox_inches=None)
[[File:lenna_5.jpeg|600px]]
===波普艺术===
在矩阵上加一些随机噪声
figure(num=None, figsize=(12, 4), dpi=80, facecolor='w', edgecolor='k')
plt.subplot(1,3,1)
plt.axis('off')
plt.imshow(image+0.23,origin='lower')
plt.subplot(1,3,2)
plt.axis('off')
plt.imshow(image+0.53,origin='lower')
plt.subplot(1,3,3)
plt.axis('off')
plt.imshow(image+0.73,origin='lower')
plt.tight_layout(pad=0.4, w_pad=0, h_pad=1.0)
plt.savefig('E:/wulingfei/image_processing/lenna_6.jpeg', bbox_inches=None)
[[File:lenna_6.jpeg|600px]]
[[category:python]]
[[category:旧词条迁移]]
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