anaconda 更改路径_实战 | 转录组 | 我的第一个转录组分析第二天更改conda镜像并搭建分析环境...

【写在前面】

在前一篇推文 (实战 | 转录组 | 我的第一个转录组分析-第一天-安装conda) 我们已经安装好了 miniconda ,接下来，我们就用conda来搭建一个分析的微环境。 前面说过，我们可以把 conda 想象成我们手机中的软件商城，在上面可以一键下载我们需要的分析软件，其实 conda 能做的事情还不止这些，我们还可以通过conda 创建一个分析的微环境，这样我们接下来的所有分析都将在这个微环境中进行。当我们分析完成，不需要这个微环境时可以删除这个环境，特别是对于我这种小白来练习的，这样的微环境就显得特别有用。 再怎么骚操作也是在这个微环境中，出错了也只是在这个小的环境，大不了就把这个微环境删除再创建一个。 在使用conda创建微环境前，我们还有一个工作需要做，那就是更改conda的源。conda 默认的源是国外的，所以访问起来特别慢，通过conda 来安装软件也经常断线，所以，我们需要将conda的源改为清华镜像源(关于这个源可以想像成我们需要通过conda安装的软件的存放地址，这个地址原来在国外，所以我们下载这些软件传输过来特别慢，清华镜像站就像提供了一面镜子，把这些软件的存放点都映射回来，这样我们通过国内的网络就可以高速下载了，以上都是个人理解，欢迎交流 )。

【环境搭建】

1.配置conda镜像源

清华镜像源要使用最新的，之前在网上搜了好多清华镜像，好多都已经崩了，设置了一遍又一遍，浪费了好多时间，让我一度怀疑人生。

后来在一篇博客(忘记哪一篇了sorry`)中发现了清华镜像的官方网站：

https://mirrors-i.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/ 

使用这里的镜像源添加congda镜像仓库，这个网页也有相关说明，文字不多，最好认真阅读一下。

添加方法 —> 使用vim .condarc 将镜像仓库添加到 .condarc文件中。(在用户目录下)在Linux终端输入：

vim .condarc

关于vim编辑器的使用可以看 (Linux | 笔记 | vim 编辑器常用命令汇总) 运行 conda clean -i  清除索引缓存

conda clean -i

2.创建分析环境

接下来可以使用conda创建一个自己数据分析的微环境了，使用命令

 conda create -n HHHH numpy

返回

Proceed ([y]/n)? y

输入y,按enter，返回

 To activate this environment, use##     $ conda activate HHHH## To deactivate an active environment, use##     $ conda deactivate

创建了一个名叫 HHHH 的微环境，名字可以随意，自己喜欢就好。

3.激活创建的微环境

source activate HHHH

会发现命令行最开头由原来的(base)变成了(HHHH),说明此时已经切换到该微环境中。

4.将该微环境的bin目录添加到环境变量中，

可能每个人的目录会有些不同，最好的办法是去到该bin目录，使用 pwd 命令查看当前路径，复制该路径。

(HHHH) 用户名@DESKTOP-8R4TDBA:~/miniconda3/envs/HHHH/bin$ pwd
/home/用户名/miniconda3/envs/HHHH/bin

(这里的路径是：home/用户名/miniconda3/envs/HHHH/bin)

将复制的路径添加到环境变量中，方法如下

vim .bashrc

将复制的路径添加到最后一行

export PATH=/home/用户名/miniconda3/envs/HHHH/bin:$PATH

(按该格式替换复制的路径) 接下来的工作都会在这个微环境中进行，使用前还是使用

source activate HHHH

激活环境，以后安装的软件都会在这个环境中。END