如何安装linux_linux如何安装软件

这是生信学习的第3天

先上今天的思维导图：

linux如何安装软件

1. 了解conda

简单的说——linux的应用商店，除此之外还有几个概念。

• bioconda

• miniconda

• conda

• anaconda
  以上四者区别，参考 [关于bioconda, miniconda, conda, anaconda的区别](https://www.jianshu.com/p/0534043b4471
  )

来源：生信星球

2. 安装miniconda

(1)进入网站
搜索“miniconda 清华”，进入。搜素得到链接为：https://mirror.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/

进入页面如上

(2)查看服务器 登录输入命令 uname -a

0-

(3)安装最新版
进入(1)中页面，https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
找到下载最新版，复制链接在linux中，Windows复制——鼠标左键点一下，粘贴——右键；Mac直接cmd + c 复制，cmd + v 粘贴

进入到biosoft目录，安装 cd biosoft 复制链接 wget 刚刚复制的链接

bio18@VM

根据提示完成安装

(4)激活conda

输入命令 source ~/.bashrc

for installing Miniconda3!

(5)添加镜像
直接复制粘贴到命令行，回车

# 使用清华镜像

• 查看conda当前环境 conda info --envs

base) bio18@VM

前面带*为默认

• 建立一个处理转录组的环境rna-seq,指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmmomatic  conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

create -n rna-seq python=

• 检查环境

base) bio18@VM

• 激活新环境 conda activate rna-seq

bio18@VM

(rna-seq)在用户名前，输入fastqc,有提示——成功

最后放一个写的很好的笔记： conda的安装与使用 https://www.jianshu.com/p/edaa744ea47d