gsea富集分析结果怎么看_TCGA单基因泛癌分析：富集分析结果答疑

最新推荐文章于 2024-05-31 09:30:00 发布
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文章标签： gsea富集分析结果怎么看 list对oracle结果集排序了
本文解答了TCGA单基因泛癌分析中GSEA富集分析的常见问题，包括条形图、气泡图、山峦图的排序依据及山峦图中未知的山高度含义。条形图按p.adjust排序，气泡图综合排序，山峦图按p.adjust和NES值排序。山峦图的横坐标表示基因相关系数分布，其高度和基因数可能有关，但具体关系未明。GSEA-GO图包含BP、CC、MF三个方面，P值会因结果不同而有相同或不同范围。
摘要由CSDN通过智能技术生成

前段时间我们推出了TCGA单基因泛癌分析，其中GO，KEGG和GSEA富集分析我们是使用clusterprofiler包做的出的图有气泡图，条形图，山峦图(波浪图)和circle图

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下面总结一下常见的问题

1 条形图和气泡图顺序不一样是怎么回事？

条形图通过颜色和长度反应了两个指标，分别是p.adjust和count。count的意思是我们输入了300个基因，其中有n个基因富集到该通路中，n就是count值。显然条形图是按照p

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amt630a芯片中文资料_甲基化芯片学习记录
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GSEA富集分析结果详解
qq_36608036的博客
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富集分数：S 反应基因集（比如某个通路内的基因集）成员 s 在排序基因集 L（比如根据 logFC 排序的差异基因集，默认降序，所以上调基因在顶端）的两端富集的程度。正值ES表示基因集 S 在基因集 L 的顶部富集，负值ES表示基因集 S 在基因集 L 的底部富集。第三部分是排序后所有基因 rank 值的分布，热图红色部分对应的基因在 A 组高表达，蓝色部分对应的基因在 B 组高表达，每个基因对应的信噪比（Signal2noise，前面选择的排序值计算方式）以灰色面积图展示。NES：标准化后的富集分数。
gsea富集分析结果怎么看_开始使用GSEA
weixin_39594103的博客
11-21 1306
上面的理论也学得差不多了，需要实际演练一下子了。于是从GEO里面下载了一个数据集https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE7803，不过其实是点击的下面这个地方，所以下载的是：这两个地方都是可以点击的，下面那个椭圆形的应该是已经经过了进一步注释的，点击下面那个呈现如图：点击上面那个矩形，呈现的图形如下：下载完了文件以后，则基于已经下...
gsea富集分析结果怎么看_这么炫酷的图，竟然是富集分析结果？
weixin_39944515的博客
11-30 9367
富集分析的意义转录组测序是高通量测序中应用最广泛的技术。在转录组的文章中，一般的分析套路如图1所示。第一步：通过转录组测序，我们可以获得样本间各个基因的表达量信息，从中可以筛选出关注的目标基因。这些基因可以是经过差异分析获得的差异基因，也可以是通过趋势分析获得的基因集。只要是你想关注的基因组成的集合都是可以的。第二步：获得目标基因后，需要将基因和生物学功能联系起来，这时候就需要富集分析将...
单基因gsea_GSEA：基因集富集分析和ssGSEA:单样本基因集富集分析
weixin_39907289的博客
11-21 8122
传统富集分析(基于超几何分布或者Fisher精确检验)：关注一列差异基因是否是随机分布在某一感兴趣的基因集中(某通路的基因)得到通路富集的结果时：(1)、一条通路中既有上调基因又有下调基因，无法确定这条通路总体的表现形式(是抑制还是激活)将上调和下调的差异基因分开进行分析。(1)这样分析会对结果产生偏倚，因为Fisher精确检验就是想要证明整个差异基因列表不是抽样得到的，如果将上下调基因...
gsea结果分析图怎么看_利用GSEA对基因表达数据做富集分析
weixin_30905655的博客
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imageGene Set Enrichment Analysis (GSEA) is a computational method that determines whether an a priori defined set of genes shows statistically significant, concordant differences between two biologic...
gsea:用于基因组富集分析的R包
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基因组富集分析（GSEA）是一种广泛应用的生物信息学方法，它可以帮助研究者理解基因表达数据中的生物学意义。在R编程环境中，`gsea`包提供了强大的工具来执行这种分析。本文将深入探讨`gsea`包的核心功能、安装与...
一文掌握单基因GSEA富集分析
BioinfoDu
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关于GSEA分析，我们在前期的教程单基因GSEA富集分析 | 20220404有出过类似的分享。今天，我们也结合相关的资源整理出一篇关于GSEA的教程及出图教程。每个方法的教程很多，我们大家结合自己的需求进行分析即可。以及，对于目前知识分享博主很多，只要你自己动手搜索，基本可以找到你的需求。更新！对于GSEA的教程原计划是在2月2日发表，但是由于有预约被占用了，因此这个教程也就是往后推迟。我在2月1日将我们的教程发在社群中，**也有同学提出疑问：**单基因也可以做GSEA分析，以及给出自己的疑问？
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GSEApy：Python中的基因集富集分析。 有关使用GSEApy的示例，请单击此处： 发行说明： : 常见问题解答： GSEApy是GSEA和包装器Enrichr Python实现。 GSEApy可用于RNA序列，ChIP序列，微阵列数据。 它可用于...
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医学和生信笔记的博客
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上一次推文已经给大家介绍了常见的富集分析类型以及如何使用全能的R包相必大家也知道的富集结果可以画出很多漂亮的图，其中enrichplot是专门用于对接的富集结果的可视化R包。但是大家有没有这样的困惑呢？ehrichplot今天就先给大家详细介绍enrichplot包。当然了，富集分析的可视化还有许多其他R包，我们会在后续的推文中继续介绍。
TCGA 数据分析实战 —— GSVA、ssGSEA 和单基因富集分析
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富集分析应该算是最常用的分析方法之一了，但许多同学对它也只是一知半解，脑子里还有许多疑问，比如前景基因是什么？背景基因用什么？结果用什么图形表示？显著富集气泡图里的Rich factor和显著富集柱状图里的Gene Percent分别代表什么等等。今天基迪奥就来为你一一解答，一定要跟上哦。(橙字为太长不看版)富集分析原理是什么？基因功能富集分析，是指借助各类数据库和分析工具进行统计分析，...
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gsea富集分析结果怎么看_使用GSEA软件进行基因集富集分析
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对于差异表达基因，除了使用GO和KEGG进行富集分析外，还可以进行GSEA富集分析。在之前课程中：GSEA分析，有讲如何使用GSEA桌面化软件进行分析，操作十分简答，虽然偶尔会出现内存溢出或者数据格式不正确等异常报错。这里介绍一下一个更简单的GSEA分析方法，在我们公众号的网站上：GSEA工作界面进行GSEA分析01上传数据数据格式为csv文档，打开的csv文件应如下所示：第一列为gen...
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