gsea富集分析结果怎么看_TCGA单基因泛癌分析：富集分析结果答疑

最新推荐文章于 2024-07-03 10:47:26 发布
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文章标签： gsea富集分析结果怎么看 list对oracle结果集排序了
本文解答了TCGA单基因泛癌分析中GSEA富集分析的常见问题，包括条形图、气泡图、山峦图的排序依据及山峦图中未知的山高度含义。条形图按p.adjust排序，气泡图综合排序，山峦图按p.adjust和NES值排序。山峦图的横坐标表示基因相关系数分布，其高度和基因数可能有关，但具体关系未明。GSEA-GO图包含BP、CC、MF三个方面，P值会因结果不同而有相同或不同范围。
摘要由CSDN通过智能技术生成

前段时间我们推出了TCGA单基因泛癌分析，其中GO，KEGG和GSEA富集分析我们是使用clusterprofiler包做的出的图有气泡图，条形图，山峦图(波浪图)和circle图

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下面总结一下常见的问题

1 条形图和气泡图顺序不一样是怎么回事？

条形图通过颜色和长度反应了两个指标，分别是p.adjust和count。count的意思是我们输入了300个基因，其中有n个基因富集到该通路中，n就是count值。显然条形图是按照p

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weixin_39969568
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weixin_39594103的博客
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上面的理论也学得差不多了，需要实际演练一下子了。于是从GEO里面下载了一个数据集https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE7803，不过其实是点击的下面这个地方，所以下载的是：这两个地方都是可以点击的，下面那个椭圆形的应该是已经经过了进一步注释的，点击下面那个呈现如图：点击上面那个矩形，呈现的图形如下：下载完了文件以后，则基于已经下...
gsea富集分析结果怎么看_这么炫酷的图，竟然是富集分析结果？
weixin_39944515的博客
11-30 9210
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gsea结果分析图怎么看_利用GSEA对基因表达数据做富集分析
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gsea:用于基因组富集分析的R包
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gsea结果分析图怎么看_如何使用 GSEA 进行数据分析？
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qq_36608036的博客
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gsea富集分析结果怎么看_基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis, GSEA）
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下面这篇文章中简单介绍了基因矩阵转置文件（gmt）基因矩阵转置文件格式（* .gmt）​mp.weixin.qq.com而下面这篇文章展示了如何使用R来读取gmt格式的文件R读取gmt文件​mp.weixin.qq.com今天我们来看看如何做GSEA（Gene Set Enrichment Analysis，基因集富集分析）以及GSEA的结果如何解读。 首先我们需要了解一下GSEA跟传统的...
gsea富集分析结果怎么看_使用GSEA软件进行基因集富集分析
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本文希望帮助大家快速使用GSEA软件进行基因集富集分析，如果希望了解GSEA分析原理话，可以看之前的文章使用clusterProfiler包进行富集分析。GSEA软件的使用可以分为以下四个步骤：数据的准备表达矩阵表型文件导入数据运行GSEA查看结果下面以GEO芯片数据集(GSE7476)为例，一步步演示GSEA软件的使用。该数据集来自GPL570芯片平台，共有12个样本，包括9个肿瘤膀胱...
gsea富集分析结果怎么看_简单的GSEA分析
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对于差异表达基因，除了使用GO和KEGG进行富集分析外，还可以进行GSEA富集分析。在之前课程中：GSEA分析，有讲如何使用GSEA桌面化软件进行分析，操作十分简答，虽然偶尔会出现内存溢出或者数据格式不正确等异常报错。这里介绍一下一个更简单的GSEA分析方法，在我们公众号的网站上：GSEA工作界面进行GSEA分析01上传数据数据格式为csv文档，打开的csv文件应如下所示：第一列为gen...
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超几何分布超几何分布算法，在基因富集里面的解释：假设，你call 出来的所有样本的SNPs共有20000个，2万个基因在所有信号通路有个分布情况，你感兴趣的样本1的样本1call 出来的SNP1000个，你想要看这1000个基因主要分布在哪些信号通路上。这个时候用超几何分布。===============GSEA是另一种被开发用来描述基因富集的算法。算法文章:http://software.bro...
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GSEA软件使用教程深入讲解了基因富集分析（Gene Set Enrichment Analysis，GSEA）这一生物信息学工具，它在比较两种或多种生物学状态（如对照组和处理组，或者时间序列）时，能够评估预定义的功能基因集在表达水平上...
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