transactional 插入的时候不报错 提交的时候报错_CALYPSO常见报错解析

程序的报错信息尤为关键，是程序在临别之际留给我们的关键锦囊。 学会掌握捕捉程序有效的报错信息，正确打开了这个锦囊，就能够找到对应的解决办法，离问题解决就不远了。 笔者根据近年来CALYPSO官方群里的众多用户提出的各种报错，整理解决办法如下：1 如何编写提交calypso的脚本。 先找到提交VASP的脚本，例如vasp.pbs，内容解析如下(#PBS开头的是调用资源行)：

改完后的caly.pbs和submit.sh，用qsub caly.pbs提交任务。 对比一下就清楚了。

2 calypso如何并行运算。

从问题一的脚本我们可以看出来calypso不用不必要也不能并行运算，任何写mpirun -np 8 calypso.x的写法都是错误的。因为一方面代码本身就是串行了，另一方面结构的产生和调用局域优化软件时间本身就短，无需并行。那么所谓并行部分是指调用局域优化软件时候，例如vasp，就必须在submit.sh用mpirun -np 8 vasp_std实现并行了(局域优化最耗时)

结构搜索一代产生30个结构，一个一个算太慢，有没有什么方法能够同时优化这30个结构呢？实际上是有的，可以采取split模式，或者使用使用脚本caly_auto_split.py(需要在主节点交作业，慎用)

3 用top看服务器进程里突然出现了一万条vasp_std进程怎么办？

submit.sh中加killall -9 vasp_std

4 struct.dat读出来的能量全部为612610609改怎么办？或者cak.py处理结果为

INCAR_*中加PSTRESS参数(常压可设置为0.001)5 报错信息如下：

不要贴出来，上帝都不知道(也可能是输入文件input.dat书写错误，程序要读3×2的矩阵，你给它一个3×1的，就会报错)6 搜索过程中py文件，或者cake.py总是奇怪地报错怎么办？

检查python版本是否低于3.0，需要3.0版本以上才能运行，建议安装anaconda2

7 报错信息如下

不建议对这个报错发起提问，明显是POTCAR的问题8 报错信息如下：

如果是pickup时候的报错，建议pickstep减去1再交。 如果不是，程序本身bug，无解，建议联系开发组。9 真空层优化没了怎么办？

改vasp源码不优化z轴或加大真空层厚度

10 报错信息如下：

缩减搜索体系或增加允许最大运算时间。 (思考一下calypso为什么要设置一个局域优化软件最大运行时间)11 报错信息如下：

NaN在程序里是代表无穷大或者无穷小的数，当前精度下无法正确显示该数。 请检查输入文件的值是否合理，输出结构是否发散。12 报错信息如下：

error while loading shared libraries: libmkl_intel_lp64.so: cannot open shared object file: No such file or directory

是由于找不到mkl库的原因，在caly.pbs中增加intel的mkl环境变量：

source /public1/software/intel2015/composer_xe_2015.1.133/mkl/bin/mklvars.sh intel64

即可，ldd calypso.x能够显示动态关联库，一个库都少了都不能运行：

13 报错信息如下：

既然显示过期，那么去下载最新版的calypso.x，重新放进去提交任务就好使了。14 哪里关于calypso的资料最全最丰富？

calypso官方群文件(群号：96259578)

15 calypso是否开源免费？

学术免费

(获取地址http://www.calypso.cn/getting-calypso/)，4.0版本以后不开源。

16 报错信息为-bash: ./calypso.x: Permission denied

检查calypso.x是否有可执行权限，确认自己是否有执行它的权限。(勿在windows下解压后再上传，会丢失可执行文件权限)

结构搜索被广泛应用于零维，二维，三维材料的结构设计，其对探索材料的微观结构有重要意义。结构搜索基本思路是选定搜索对象，按照特定组分比例进行结构搜索，挖掘其中性能良好的材料结构，评估这些结构的稳定性及合成的可能性，从而达到验证实现现象，预测新材料结构的目的。为了帮助大家了解掌握二维材料结构搜索方法，如何对二维材料体系选题，材料人于8月3日举办该主题研讨会，涵盖100页ppt内容以及6小时左右的在线讲解，并赠送相关文字学习资料。

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