cad2008加载 et拓展工具_生物信息工具 | 如何为网络图添加漂亮的图例？

|撰文：莫北

在之前一文中《如何用Gephi绘制漂亮的网络图》一文中，为大家介绍过如何绘制下图这样好看的网络图。

基迪奥生物：生物信息工具 | 如何用Gephi绘制漂亮的网络图？​zhuanlan.zhihu.com

不过有好学的小伙伴就问啦，Gephi软件中并没有找到图例相关的功能设置，那么下面的网络图的图例是如何添加的呢？

（Isme Journal, 2012）

其实，方法和《如何“偷走”大牛文章漂亮的配色？》介绍的如何提取配色相似，用Ai(Adobe illustrator) 就可以轻松完成。

下面就该文的网络图为例，一起看下如何操作吧。

1.截取分组信息

首先，打开Gephi软件的颜色映射设置窗口，在Partition选项下查看不同颜色对应taxonomy列物种分类数据，比如这里的第一个蓝色表示Proteobacteria（变形菌门）、第二个绿色表示Acidobacteria（酸杆菌门，第三个橙红色表示Chloroflexi（绿弯菌门）等。

然后只需把下图所示的虚线区域截图即可。

接着，把网络图导出成PDF或SVG格式的矢量图，为了方便查看，我这里导出PDF格式。

2.提取分组配色

使用Ai打开上一步导出的矢量图文件，比如我这里的PDF文件。

然后通过 文件/置入 导入截图，方法如下。

适当调整下截图的大小，可以看清物种名称即可，效果如下。

然后使用吸管工具，吸取截图中的正方形的颜色，并新建色板，方法如下，更详细的方法可参考《如何“偷走”大牛文章漂亮的配色？》一文，这里不再赘述。

3.绘制分组图例

将不同的分组颜色都保存成色板之后就可以绘制图例了。

这里的网络图的形状只有圆形，所以使用椭圆工具加文字工具就可以轻松完成图例绘制。按下Shift键不放，使用椭圆工具绘制正圆，先后松开鼠标和Shift键完成绘制，单击一下第一个色板（粉紫色）为原形填充颜色。

然后使用文字工具在圆形右侧单击一下，添加对应的物种名称，比如这里的“Proteobacteria”，调整字体的大小和样式，接着“Ctrl+G”将圆形和文字组合起来。按住Alt键，使用“小黑工具”（选择工具）向右拖动组合图形，再复制出3份如下图。

框选4个组合图形，对这4组图形进行顶对齐和水平均匀分布，如下图。

然后，按住Alt键使用“小黑工具”（选择工具）向下拖动组合图形，再复制出1份，得到8个组合图形。

使用小黑工具多次双击（进入图层隔离模式，双击空白区域退出）组合图形中的圆形，单击色板可更改填充颜色；同样，也可以使用文字工具修改文字，最后使用圆角矩形工具添加外框，这样图例就添加好啦！

最终，通过 文件/存储 保存PDF文件即可，当然也可以导出成其他格式的图片。

当然，如果你还是不懂，可以在os云平台上免费观看详细课教程~

链接： http:// 192.168.123.224:82/clas s/Home/Index/series?id=60

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参考文献
Barberán, Albert, Bates S T , Casamayor E O , et al. Using network analysis to explore co-occurrence patterns in soil microbial communities[J]. Isme Journal, 2012, 6(2):343-351.