python多线程处理文件_python – 多处理和多线程

之前我问了一个类似的问题,但没有得到有用的答复,所以我会努力让事情变得更清楚.

我正在寻找的是对某个linux命令运行多线程或最好是多处理方法.如果有人熟悉Picard,我想在bam文件上运行早期版本,同时在同一个bam文件上运行更新版本.我们的想法是测试新版本的速度有多快,以及它是否给出了相同的结果.

我的主要问题是我不知道如何在Popen命令上实现多处理.例如.

cmd1 = ['nice','time','java','-Xmx6G','-jar','/comparison/old_picard/MarkDuplicates.jar','I=/comparison/old.bam','O=/comparison/old_picard/markdups/old.dupsFlagged.bam','M=/comparison/old_picard/markdups/old.metrics.txt','TMP_DIR=/comparison','VALIDATION_STRINGENCY=LENIENT','ASSUME_SORTED=true']

cmd2 = ['nice','/comparison/new_picard/MarkDuplicates.jar','I=/comparison/new.bam','O=/comparison/new_picard/markdups/new.dupsFlagged.bam','M=/comparison/new_picard/markdups/new.metrics.txt','ASSUME_SORTED=true']

c1 = subprocess.Popen(cmd1,stdout=subprocess.PIPE)

c2 = subprocess.Popen(cmd2,stdout=subprocess.PIPE)

然后我有一个计时器功能：

def timeit(c):

past = time.time()

results = [c.communicate()]

present = time.time()

total = present - past

results.append(total)

return results

我想要做的是：

p = Process(target=timeit,args=(c1,c2))

p.start()

p.join()

但是我得到“Popen object is iterable”错误.有没有人比我现在拥有更好的主意？我不想在一个完全不同的方向走,只能撞到另一面墙.总之我想在一个cpu上运行c1而在另一个c2上同时运行c2,请帮忙！