python r语言作图_科学网—生物信息绘图之python绘图

生物信息的绘图在我认为是十分重要的。我读到的几乎每一篇好文章，都有一两幅图具有代表性的简洁——精炼、易懂。而且，绘图也是数据分析中不可缺少的环节。说这么多，就是说绘图很重要啦！

绘图的软件特别多，尤其是以R语言出名，数据统计分析与图形紧密结合起来，是一个非常棒的工具。推荐大家使用。不过呢，我没学好R,只能另辟蹊径，改成使用python绘图了。经过几年的摸索，终于摸索出来一些东西，分享给大家。我的相册之python绘图中有一些图片非常漂亮，都不是我画的，是我从人家文章中截图出来，仅供参考。

接下来，就说点儿具体的。我主要采用的是python绘图包matplotlib，加上数值计算的numpy，和一些比较常见的，如re sys sympy等。python做出来的图支持非常多的格式，如矢量图的png，pdf等。绘图全部是程序作图，从数据读入，到数据处理，再到输出图片，全部是python程序。这个方法对于懂python程序的人会很简单，学起来也非常快(因为基本就没什么东西)。这个方法需要一些积淀，因为完成一种类型的文章，重复使用率非常高。所以，如果你用这个方法做过几种图片，那么，对你以后绘图速率会非常的高。基本就是粘贴复制代码，改改读入文件参数的事情了。

最后是绘图思路。这个就更简单了。就跟自己在纸上绘图是一样的。首先定义一块画布，然后，你想画一条直线，就直接plot一条直线。想画一个圆，就自己写一个圆函数。举全基因组共线性区域连线的例子：先按照染色体长度在画布上画染色体，然后，染色体就有每个gene的位置了。只要确定了gene的位置，剩下的就是将gene pair连接起来了。当然，这里边对于如何确定gene在染色体的位置，就需要一些编程技巧了。gene pair连接后，就剩下一些修饰了(吐槽一句，老板最喜欢干的事就是这里要改，这里能不能改成那样)。这种方法做出来的图，对于这些要求，都是小意思。缺什么补什么。在图上标记染色体号，简单，在染色体居中的位置，添加text语句就可以了。连线改成曲线，ok，使用bezir曲线连接。物种名字标记一下。没问题，在染色体旁边依旧是一个text语句。

结束语，你会了这种方法，什么都不怕。绘图，无非就是点、线、面。只有你想不到，绝对没有python做不到的。支持python的握爪点赞。

彩蛋，你们想要的代码，还是没有。啦啦啦

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