anaconda matplotlib 输出动画_Matplotlib输出动画实现K-means聚类过程可视化

本文主要讨论使用matplotlib保存gif动画，K-Means聚类是一个很基础的聚类方法，基本过程如下：

1. 给定一组样本，确定k值，即类别数目
2. 随机初始化k个聚类的中心（下称中心）
3. 计算每个样本与每一个中心的相似的程度——距离
4. 考察每个样本，离哪一个中心更近，就将该样本分为哪一类
5. 所有样本划分完毕后，重新计算聚类的中心
6. 重复3、4、5，直到中心不变或者变化很小

上述过程的3、4、5步需要展开一下。首先是第3步，使用欧式距离：

其中，

表示第

个样本的第

个特征值

表示第

个中心的第

个“特征值”

表示第

个样本与第

个中心的距离

一个样本有

个特征值（

），可以看作是

维空间中的一个坐标点。同样，一个聚类的中心也是该空间中的一个点，所以上面也使用了特征值这个名称，但是需要区分的是：一个中心并不算一个样本

然后是第4步，这里举一个具体的栗子。例如有80个样本，每个样本含有2个特征值。现在令

，即将这些样本分为4类

将所有样本作为一个二维数组，其shape为

将4个中心作为一个二维数组，其shape为

完成第3步的计算以后得到一个结果，其shape应为

，然后对每一行求最小值的索引就可算出一个样本应分为哪一类

关于这两步，numpy没有现成的函数可以一步到位，所以使用自定义的ufunc函数

class 

在calc_distance中计算距离时没有开方，是因为不开方不会影响单调性，所以省了

最后是第5步，根据现有的中心将所有的样本分类

类之后，计算每一类的新的中心。计算方法很简单，例如第0类有15个样本，计算这15个样本每个特征上的均值即得到了新的中心。当然也有其他方法计算中心，例如使用中位数等

K-means简单讨论到这里，然后时使用matplotlib保存聚类过程为一个gif动画，首先把直接效果贴出来

圆点是样本，X是聚类的中心

为了增加视觉效果，动态调整了每个聚类的点的大小。现在进入正题，要保存gif动画需要用到matplotlib的一个类：

from 

该类的初始化如下

def 

上面的代码列举了FuncAnimation类初始化的几个关键参数，注释已经写的比较详细，只针对func和init_func展开讨论

init_func 是动画的初始化函数，也可以不设置，该函数的过程无非就是前面讨论的，将样本分类，根据分类的样本计算新的中心。然后用分好类的样本数据进行散点图的绘制，并且将散点图的对象放在一个元组中返回（必须是元组）

    def setup(self, colors=['r', 'g', 'b', 'k']):
        '''
        动画初始化函数
        '''
        cs = self.get_classified_sample()    # 得到分类后的样本
        
        tmp = []
        for i in np.arange(self.k):     # 绘制已分类的样本
            tmp.append(self.ax.scatter(cs[i][:,0], cs[i][:,1], c=colors[i], animated=True))

        for i in np.arange(self.k):     # 绘制中心
            tmp.append(self.ax.scatter(self.center[i,0], self.center[i,1], c=colors[i], s=150, marker='x', animated=True))

        self.sc = tuple(tmp)            # 必须转换为元组

        for i in np.arange(self.k):     # 更新每个簇的中心
            self.center[i,:] = cs[i].mean(axis=0)

        return self.sc      # 返回必须是元组

上面的代码中有的函数还没贴出来显得有点凌乱，我会在文章最后给出github的链接，包括完整代码，测试数据，以及生成的动画

另外func参数要传入一个函数，该函数会在绘制每一帧动画时调用，同样也是返回一个包含散点图对象的元组

def 

通过上面的两个参数的解释，想必应该清楚这个动画是怎么生成的了，其实就是在这两个函数中生成matplotlib的绘图对象，或者调整其属性，然后FuncAnimation对象就会根据你返回的对象绘制每一帧的图像，最后组成动画

最后是实现的链接：

完整实现​github.com