little^raccoon
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个人简介：来挖坑咯~~~

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新星杯·14天创作挑战营·第9期

这是一个以写作博客为目的的创作活动，旨在鼓励大学生博主们挖掘自己的创作潜能，展现自己的写作才华。如果你是一位热爱写作的、想要展现自己创作才华的小伙伴，那么，快来参加吧！我们一起发掘写作的魅力，书写出属于我们的故事。我们诚挚邀请你们参加为期14天的创作挑战赛！ 注： 1、参赛者可以进入活动群进行交流、分享创作心得，互相鼓励与支持（开卷），答疑及活动群请见 https://bbs.csdn.net/topics/619626357 2、文章质量分查询：https://www.csdn.net/qc

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为不同的conda环境中配置特定的PERL5LIB

为了避免PERL5LIB存在冲突。
原创
发布博客 2024.04.16 ·
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基于基因组序列开展蛋白编码基因的预测 augustus

本示例中的基因组文件存放在/data/wild_tomato.fa，因此需要挂载/data目录，容器目录命名为docker_data。输出文件为augustus.out，输出err文件为augustus.err。augustus.out文件去掉 #注释的内容，实质上是gff文件。运行后会输出许多已经构建好模型的物种，其中植物有9种。，挂载宿主机的一个目录，使用方法为。，本示例选择tomato。
原创
发布博客 2023.07.21 ·
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阿里云服务器扩容云盘

阿里云服务器扩容云盘
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发布博客 2023.05.11 ·
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毕业，新征程

毕业，新征程
原创
发布博客 2022.05.27 ·
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从植物sRNA-seq数据中de novo预测miRNA的工具--miRDeep-P2

使用miRDeep-P2从sRNA-seq数据中de novo预测miRNA
原创
发布博客 2022.04.21 ·
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Navicat链接mysql时报错 Lost connection to MySQL server at ‘reading initial communication packet’, system

问题描述Navicat链接mysql时报错Lost connection to MySQL server at ‘reading initial communication packet’, system error: 0解决方案：方案一：因为我前不久还登陆过，在这段时间中有人改动的概率很小，所以第一想法就是restart。同时Navicat也需要关闭重启，结果就不报错了。/etc/init.d/mysqld restart方案二：我在网上还查到可以通过修改 /etc/my.cnf 文
原创
发布博客 2022.04.15 ·
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杂交育种

文章目录杂交亲本的选配杂交亲本的选配双亲都具有较多的优点，没有突出的缺点，在主要性状上优缺点互补。一般杂种后代的表现与双亲平均值有密切关系，双亲平均值越高，后代平均表现也教好。双亲之一不能有缺点太严重的性状，特别是在重要性状上亲本之一最好是能适应当地条件，综合性状较好的推广品种亲本间的遗传差异，选用生态类型差异较大，亲缘关系较远的亲本材料相互杂交遗传差异较大的亲本杂交，易于选出性状超越亲本和适应性比较强的新品种若过于追求双亲的亲缘关系很远，遗传差异大的，定会造成杂交后代性状的分
原创
发布博客 2021.04.13 ·
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Linux系统对find找到的文件或文件夹进行操作

部分转载自陈连福的生信博客当我运行得到结果文件后，需要删除当前目录下许多的中间文件夹：find ./ -maxdepth 1 -type d -regex "./\w.*" -exec rm -rf {} +各参数意义如下：,./ 是被搜索的文件夹-maxdepth 1 表示仅搜索第一层目录-type d 表示仅搜索文件夹类型数据，该参数要放-maxdepth参数后面，否则程序会有警告信息。-regex “./\w.*” 使用正则表达式方式搜索数据，该正则表达式不会搜索当前目录下名称.
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发布博客 2021.02.23 ·
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Phytozome通过端口批量下载文件

Phytozome官网提供了四种数据下载方式，前三种为网页操作模式，在此不多介绍，在此主要介绍第四种官方manualDownload with CartDownload with web UIDownload with Globus serviceDownload with APIDownload with API1. 登陆账号curl 'https://signon.jgi.doe.gov/signon/create' --data-urlencode 'login=USER_NA.
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发布博客 2021.02.22 ·
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perl模块相关的命令

perldoc perllocal #查看已安装的模块
原创
发布博客 2021.01.25 ·
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方便快捷简单的测序数据下载 — SRA Explorer

最近发现一个简单方便的下载测序数据的地方SRA Explorer用法很简单，试一下就会了，有几个小技巧：如果不翻墙，搜索速度会很慢搜索多个SRR库，可以用多种分隔符（逗号空格都行），点击搜索后会自动在关键词中间加 “AND”，但其实我们需要的是"OR"，复制下来替换一下，再去搜索就可以了...
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发布博客 2020.12.12 ·
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拟南芥基因注释

Athaliana_447_Araport11.annotation_info.txt文件下载链接 https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html#!bulk?org=Org_Athaliana_er#!/usr/bin/perlmy $infile=shift;my $gene_num=shift;my $outfile=$infile.".annotation.txt";$gene_num-=1;my %anno_hash;$usage="
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发布博客 2020.12.01 ·
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perl实现根据序列ID从提取fasta文件序列

usage: perl thisScript.pl query.fa gene.lst outfile--------------------------------------------------------------------query.fa 基因组或其他需要从中提取的fasta格式文件gene.lst 需要提取的基因或染色体名字，有无>均可outfile 输出文件#!/bin/perl#unless(@ARGV==3){# die "usage: $0 <inpu.
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发布博客 2020.11.12 ·
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bed和gff文件按染色体号排序

注释文件通常按照染色体序号升序排列，而有时需要我们对获取的注释文件进行排序。对于chr01这种直接sort就可以，但是对于chr1, chr2… chr11这种，直接sort的结果是chr11排在chr2前面。解决这种情况的方法很简单，提取染色体中的数字，然后使用sort的-n参数就可以。而写成脚本复用起来也比较方便。有些物种染色体命名可能特殊，所以line 24的正则匹配要针对不同情况修改。现在的脚本匹配染色体命名为Chr chr CHR。#!/usr/bin/perl# 2020-11-12.
原创
发布博客 2020.11.12 ·
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Bio.Entrez下载PubMed中的文献

有些东西不常用，所以要多做记录#导入模块from Bio import Entrez, Medlineimport re#邮箱不是强制性，但NCBI要求出现问题时可以联系到用户。也可以在Entrez.esearch()的参数列表里设置email="aaa@163.com"Entrez.email = "aaa@163.com"#搜索关键词，就像在线搜索一样，可以用“AND”和“OR”。以及关键词类别，如[Year], [Organism], [Gene]等。keyword = 'miR15.
原创
发布博客 2020.11.06 ·
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GetOrganelle软件从ngs数据中组装线粒体、叶绿体基因组；GeSeq网站注释细胞系基因组

GetOrganelle安装conda install -c bioconda getorganelleor download from github unzip GetOrganelle-master.zip; cd GetOrganelle-master python setup.py install get_organelle_config.py --add embplant_pt,embplant_mt #v1.7.0版本后，默认的database需要手动下载，我在这里这下载了植物p
原创
发布博客 2020.08.29 ·
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使用Aspera上传数据到SRA

Install下载地址（网上有好多下载地址是错误的）：https://downloads.asperasoft.com/en/downloads/8?listtar -zxvf ibm-aspera-connect-3.9.9.177872-linux-g2.12-64.tar./ibm-aspera-connect-3.9.9.177872-linux-g2.12-64找到安装路径，将bin文件夹添加到$PATHupload fastq.gz to SRAascp -i <path
原创
发布博客 2020.05.16 ·
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html5入门笔记

<!DOCTYPE html><html lang="en"><head> <meta charset="UTF-8"> <title>First</title></head><body><!--超链接--><a href="https://www.baid...
原创
发布博客 2020.02.22 ·
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argparse模块解析命令行参数

#!/usr/bin/python# -*- coding: utf-8 -*-import argparse # 导入模块parser = argparse.ArgumentParser() # 创建解析解释器对象ArgumentParserparser.discription='This script is writen by python3.6'parser.add_argum...
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发布博客 2019.12.30 ·
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RStudio安装DESeq2

第一次用R…R version 3.6.2install.packages("BiocManager")BiocManager::install(version = "3.10")BiocManager::install("DESeq2")library("DESeq2")上路
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发布博客 2019.12.27 ·
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