weixin_40594350的博客

SCENIC实操示例

前两周我们聊到用RNA velocity进行细胞的轨迹（trajectory）分析，scVelo是现今使用最为广泛的、基于RNA velocity进行细胞轨迹（trajectory）的工具之一，它基于python。而seurat则是如今使用最广泛的对scRNA-seq数据进行预处理以及分群的工具，它基于R。因此在实践过程中，我们经常会遇见的一个问题，即如何在seurat上进行预处理和分群后，在scVelo上进行细胞轨迹（trajectory）分析。...

SCENIC的算法概述

一、bed文件介绍bed文件是一种记录基因组不同（功能）区域在基因组上的位置以及其它注释信息的文本文件。它包含了由空格或者tab分隔的不同列，以记录不同的信息，每一行对应一个区域。它最早出现于人类基因组计划中，后被广泛应用。因为它不直接在基因组上进行标记和修改，在使用上更具效率。bed文件最开始并没有一个标准的格式，因此 UCSC Genome Browser 对它的描述逐渐成为了大家的参考标准。它最少为3列，最多可为12列。bed文件辅助 UCSC Genome Browser 对不同片段进行可视

今天，小L想聊一聊对scRNA-seq数据进行细胞轨迹（trajectory）分析的一个重要工具Monocle，及其进阶版Monocle2、Monocle3。scRNA-seq在研究胚胎、器官等的发育以及癌症的发生中都有着重要的作用。在对这些进行研究时，一个非常重要的分析就是细胞轨迹（trajectory）分析，即了解不同细胞类型之间的分化关系。但是scRNA-seq有破坏性的，在测序过程中，我们需要让细胞裂解，释放出细胞内的mRNA，将其逆转录成相应的cDNA进行测序。这就导致我们一旦对单细胞进行

在上一篇文章里我们聊到为什么要进行doublet检测以及DoubletFinder的基本原理。在这篇文章里，我们就来聊聊另一个doublet检测工具——scrublet的基本算法、它和DoubletFinder的使用比较，以及使用这两个工具的代码范例。上图是上篇文章聊到的DoubletFinder的算法示例图，scrublet的核心思想和DoubletFinder非常相近。它们的主要的区别在于第五步，即对于每一个细胞邻近细胞中人工模拟的doublet细胞分布的描述上。scrublet的作者认为当

现今最常用的单细胞RNA测序技术是通过形成一个个液滴，让一个液滴内包含一个细胞，对细胞进行裂解，释放mRNA，添加barcode再逆转录成cDNA最后进行批量测序的一个过程。在这一过程中，我们会给同一个液滴内的所有mRNA一个相同的barcode。因为我们假定一个液滴内仅包含一个细胞，因而拥有相同barcode、来自同一个液滴的mRNA，我们在分析中也会当成同一个细胞的数据。但在实际情况中，有一些液滴会包含超过两个或两个以上细胞，被称之为doublet或multiplet。因为同一个液滴内的mRNA会拥