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RNA数据分析
文章平均质量分 93
桓峰基因
这个作者很懒,什么都没留下…
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RNA 27 SCI文章中转录因子结合motif富集到调控网络 (RcisTarget)
转录因子结合motif富集到调控网络 (RcisTarget)原创 2022-09-29 11:39:53 · 2488 阅读 · 0 评论 -
RNA 26. SCI文章中基于转录组数据的基因调控网络推断 (GENIE3)
基于bulk 和单细胞 转录组数据的基因调控网络推断 (GENIE3)原创 2022-09-23 12:18:40 · 1036 阅读 · 0 评论 -
SCS【13】单细胞转录组之识别细胞对“基因集”的响应 (AUCell)
单细胞转录组数据中识别细胞对“基因集”的响应 (AUCell)原创 2022-09-21 09:39:13 · 1696 阅读 · 0 评论 -
SCS【12】单细胞转录组之评估不同单细胞亚群的分化潜能 (Cytotrace)
单细胞转录组之评估不同单细胞亚群的分化潜能 (Cytotrace)原创 2022-09-19 10:35:14 · 1659 阅读 · 0 评论 -
SCS【10】单细胞转录组之差异表达分析 (Monocle 3)
单细胞转录组之差异表达分析 (Monocle 3)原创 2022-09-15 15:34:50 · 2863 阅读 · 0 评论 -
SCS【9】单细胞转录组之构建细胞轨迹 (Monocle 3)
单细胞转录组之拟时性分析(Monocle 3)原创 2022-09-14 11:37:32 · 2755 阅读 · 1 评论 -
SCS【7】单细胞转录组之轨迹分析 (Monocle 3) 聚类、分类和计数细胞
单细胞转录组之轨迹分析 (Monocle 3) 聚类、分类和计数细胞原创 2022-09-09 12:08:00 · 3454 阅读 · 0 评论 -
RNA 25. SCI文章中估计组织浸润免疫细胞和基质细胞群的群体丰度(MCP-counter)
基因表达估计组织浸润免疫细胞和基质细胞群的群体丰度的软件包——MCP-counter原创 2022-08-11 22:18:27 · 2263 阅读 · 0 评论 -
RNA 25. SCI文章中只有生信没有实验该怎么办?
SCI文章中只有生信没有实验该怎么办?原创 2022-07-22 22:03:11 · 1042 阅读 · 0 评论 -
RNA 24. SCI文章中基于TCGA的免疫浸润细胞分析的在线小工具——TIMER
基于TCGA的免疫浸润细胞分析在线小工具——TIMER原创 2022-07-19 17:18:47 · 1543 阅读 · 0 评论 -
RNA 23. SCI文章中表达基因Cox模型的风险因子关联图(ggrisk)
SCI文章中表达基因Cox模型的风险因子关联图(ggrisk)原创 2022-07-10 20:52:21 · 1334 阅读 · 0 评论 -
FigDraw 14. SCI 文章绘图之和弦图及文章复现(Chord Diagram)
SCI 文章绘图之和弦图及文章复现(Chord Diagram)原创 2022-07-07 10:59:54 · 3698 阅读 · 0 评论 -
RNA 22. SCI 文章中基于表达估计恶性肿瘤组织的基质细胞和免疫细胞(ESTIMATE)
基于表达估计恶性肿瘤组织的基质细胞和免疫细胞(ESTIMATE)原创 2022-05-04 12:38:30 · 1320 阅读 · 0 评论 -
RNA 21. SCI 文章中单基因富集分析
最近好多文章都是以单个基因为中心,干湿结合发一篇分值蛮高的 SCI 论文,这个同样也是目前的一个趋势,单个基因在 pan-cancer中的分布情况,比如功能,临床预测预后等,都是一个方向,精细分析一个基因将是个性化诊疗的一个方向。我们看到发在frotiers上的一篇文章,就是单基因生信分析的这个思路。原创 2022-05-02 21:34:20 · 3583 阅读 · 1 评论 -
RNA 20. SCI 文章中单样本免疫浸润分析 (ssGSEA)
RNA 20. SCI 文章中单样本免疫浸润分析 (ssGSEA)近一年发文量最高的方法之单样本免疫浸润分析 (ssGSEA)原创 2022-04-28 12:27:20 · 2398 阅读 · 0 评论 -
RNA 19. SCI 文章中无监督聚类法 (ConsensusClusterPlus)
SCI 文章中无监督聚类法 (ConsensusClusterPlus)原创 2022-04-26 15:41:23 · 3010 阅读 · 0 评论 -
RNA 18. SCI 文章中基因集变异分析 GSVA
GSVA 也是 SCI 文章中常见的分析方法,在我们获得多个pathway的时候,可以比较pathway在样本分组中的差异,这样可以更好的确定每个通络的活性。前言GSVA全名Gene set variation analysis(基因集变异分析),是一种非参数,无监督的算法。与GSEA不同,GSVA不需要预先对样本进行分组,可以计算每个样本中特定基因集的富集分数。换而言之,GSVA转化了基因表达数据,从单个基因作为特征的表达矩阵,转化为特定基因集作为特征的表达矩阵。GSVA对基因富集结果进行了量化,可以更方原创 2022-04-05 12:37:25 · 8144 阅读 · 3 评论 -
RNA 17. SCI 文章中的筛选 Hub 基因 (Hub genes)
全网最全面的解读Hub 基因分析流程原创 2022-04-03 17:46:09 · 8491 阅读 · 0 评论 -
Topic 15. 临床预测模型之决策曲线 (DCA)
全网最全决策曲线绘制方法 DCA原创 2022-03-24 22:25:28 · 15613 阅读 · 9 评论 -
Topic 14. 临床预测模型之校准曲线 (Calibration curve)
全网总结最全的校准曲线 Calibration curve原创 2022-03-23 13:17:02 · 27863 阅读 · 6 评论 -
Topic 13. 临床预测模型之一致性指数 (C-index)
全网最全 C-index 汇总原创 2022-03-22 14:58:12 · 19140 阅读 · 4 评论 -
Topic 12 临床预测模型之列线表 (Nomogram)
临床上列线表已经占据大样本临床研究的半壁江山,非常流行!原创 2022-03-21 19:09:56 · 12375 阅读 · 0 评论 -
RNA 16. SCI 文章中的融合基因之可视化
基于 RNA-seq 检测融合基因的可视化原创 2022-03-20 21:38:19 · 2157 阅读 · 0 评论 -
RNA 15. SCI 文章中的融合基因之 FusionGDB2
基于 RNA 数据分析1-13期基本介绍完成,而基因融合同样也是转录组测序中能够获得的对于临床上非常有意义的数据,这期就看看融合基因该怎么分析,增添文章的内容。原创 2022-03-17 14:03:37 · 1367 阅读 · 0 评论 -
RNA 14. SCI 文章中差异表达基因之 蛋白互作网络 (PPI)
蛋白互作网络分析同样也是 SCI 文章中出现频率最高的分析方法,下面就给大家梳理一下流程!原创 2022-03-15 16:15:44 · 8415 阅读 · 0 评论 -
RNA 13. SCI 文章中加权基因共表达网络分析之 WGCNA
全网最完成的WGCNA 分析流程原创 2022-03-14 09:26:29 · 4540 阅读 · 0 评论 -
RNA 12. SCI 文章中肿瘤免疫浸润计算方法之 CIBERSORT
免疫浸润也是近几年肿瘤研究的一个重要方向。通过表达数据即可推算出这个整体样本中究竟有哪些免疫细胞。下面我们就基于数据库数据来看下整个流程分析!原创 2022-03-06 22:10:07 · 6711 阅读 · 2 评论 -
RNA 11. SCI 文章中基因表达富集之 GSEA
全网最全 GSEA 分析流程!原创 2022-03-03 21:58:51 · 3707 阅读 · 0 评论 -
RNA 10. SCI 文章中基因表达富集之 KEGG 注释
全网最全 KEGG 注释结果绘图,直击 SCI 绘图标注,关注我,您最好的选择!前言1. KEGG 原理KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)数据库是系统地分析基因功能、链接基因组信息和功能信息的数据库,包括代谢通路(pathway)数据库、分层分类数据库、基因数据库、基因组数据库等。KEGG的pathway数据库是应用最广泛的代谢通路公共数据库。富集的含义:这里pathway富集的含义与GO富集的含义相同,也是表示差异基因中注释到某个代谢通路的基因数目在原创 2022-03-02 22:58:48 · 4489 阅读 · 0 评论 -
RNA 9. SCI 文章中基因表达之 GO 注释
全网最全 GO 注释结果绘图,直击 SCI 绘图标注,关注我,您最好的选择!原创 2022-03-01 12:42:01 · 4474 阅读 · 0 评论 -
RNA 8. SCI文章中差异基因表达--热图 (heatmap)
大多我们在做完差异表达之后都会看下我们的差异基因筛选的是否能将分组结果展现出来,都会选择热图,主要是热图技能聚类,又可以展现表达量的大小,非常直观,所以这期我们就说下热图的绘制方法。原创 2022-02-28 12:31:39 · 11960 阅读 · 2 评论