Ubuntu下安装Doris、StaMPS详细教程

一般版本：https://www.cnblogs.com/biehongli/p/5730233.html
ubuntu18.04： https://segmentfault.com/a/1190000018164314
ubuntu14.04：https://www.cnblogs.com/xcloudbiz/articles/5217370.html

Ubuntu启用root账户后，登录root账户时报错：读取/root/.profile时发现错误：mesg:ttyname failed:对设备不适当的ioctl操作作为结果，会话不会被正确配置解决办法，参考：

https://blog.csdn.net/niepangu/article/details/52771802

3）安装过程中不要轻易给文件夹777权限，不然很可能造成很难解决的权限问题。

4）安装需要对应版本：ubuntu14.04、matlab（2010-2013）、doris_v4.02、fftw3.3

5）需要先降低gcc、g++版本为4.7x，再安装doris软件，doris步骤中的第三步路径也不能给错，不然运行gamma_resampled_setup都会报错

附：降低gcc、g++、gfortran版本的方法：
终端输入：
apt-get install gcc-4.7
然后开始自己安装完毕，中途输入y，确认。

创建链接：

which gcc

找到目前gcc版本的目录：/usr/bin/gcc

cd /usr/bin

rm gcc //删除原来的符号链接

ln -s gcc-4.7 gcc //重新创建链接

gcc -v //可见其版本已经是4.7

g++、gfortran更改版本过程如出一辙

DORIS下载网址：Doris InSAR Processor

Doris软件最新的信息总可以在这个网址上查到：http://enterprise.tudelft.nl/doris/

FFTW: FFTW Home Page

StamPS: StaMPS

snaphu-v1.4.2: SNAPHU

Triangle: Triangle: A Two-Dimensional Quality Mesh Generator and Delaunay Triangulator

Showme: Show Me: A Display Program for Meshes and More

Ubuntu 桌面版 12.04 LTS: http://www.ubuntu.com/download/zh-CN 或者

http://www.ubuntu.com/download/desktop

一、准备工作

1、需要文件

1）系统包

64位：ubuntu-12.04-desktop-amd64或其他

2）软件包

Matlab.R2010a.UNIX.ISO-TBE % 2010-2013版本应该都可以
fftw-3.3.3 % 快速傅里叶变换
doris_v4.02 % InSAR
getorb_2.3.2 % 获取精轨 (下载：ERS and Envisat Precise Orbit Determination: Tools and Software)
snaphu-v1.4.2 % 相位解缠
ROI_PAC_3_0_1 % InSAR，可以（成像）处理裸数据
StaMPS_v3.2.1 % PS-InSAR
Triangle % 构建三角网
terrasar插件
其它在线下载：gawk、gcc、g++、make、tcsh

$ sudo apt-get install gawk gcc g++ make tcsh

2、路径安排

a.在/usr/local/下新建“StaMPS”文件夹，将压缩包解压后的文件夹“doris_v4.02”，“ StaMPS_v3.3b1”，“ENVISAT_TOOLS”放在该文件夹下。

b. 解压“fftw-3.3. tar.gz”生成“fftw-3.3”文件夹，将“fftw-3.3”文件夹拷贝到“doris_v4.02”文件夹下。

c. 拷贝重命名“ENVISAT_TOOLS_v2.3”替换“doris_v4.02”文件夹下的“ENVISAT_TOOLS”。

d. 解压后文件包“getorb”、“snaphu-v1.4.2”放在“doris_v4.02”下。

e. StaMPS_v3.3b1/ROI_PAC_3_0/ROI__PAC/下：自己手动新建一个NetDist文件夹，NetDist文件夹下放fftw3.3.tar.gz的压缩包，并新建“SAR_FILES”文件夹存放精轨数据。

注：所有文件夹的嵌套关系安排完以后，给予StaMPS总文件777权限。（注：在winscp下操作更方便（属性））

二、安装过程

1、安装gcc，g++，make软件

在桌面运行代码:

$ sudo apt-get install gcc g++ make

2、安装doris

1）编译、安装fftw-3.3.3库

首先进去fftw-3.3目录下

$ cd fftw-3.3/

$ ./configure --prefix=`pwd` --enable-float

注：在Ubuntu下如果出现"./configure Permission Denied"，输入命令sudo chmod +x configure给configure赋权限。再执行./configure --prefix=`pwd` --enable-float，然后回车

若按装过程出错的话，需要将安装包删除，全部重新安装

注意，--prefix=`pwd`中的斜撇是键盘上数字1边上的斜撇。

【这一步configure选项可以进一步优化。我们现在的机器都支持sse，cpu都是多核心的，可以加上--enable-sse和--with-combined-threads选项，也就是下面的命令：

$ ./configure --prefix=`pwd` --enable-float --enable-sse --with-combined-threads 】

记得设置电脑时间，（这步骤在安装ubuntu时候选择shanghai就不用管了）

$ make

$ make install

//编译安装，注意--prefix=`pwd`选项保证了fftw库直接安装在pwd，也就是当前的 fftw-3.3目录，doris编译时会直接找到自己目录下的fftw。

2）编译安装doris

A. 安装tcsh/csh

在tcsh环境下编译doris（安装完doris可以exit），直接在bash下面编译也没有问题。若出问题，则需要安装tcsh/csh（若不让安装tcsh/csh,则执行sudo apt-get update，若还是不行，则去软件中心下载新立得软件，用该软件下载安装）

【在ubantu 16.04 版本安装docker时,执行sudo apt-get update更新软件源,报错:

解决方法：

我的ubantu是64bit，在命令窗口按照顺序执行以下命令即可:

①sudo pkill -KILL appstreamcli

②wget -P /tmp https://launchpad.net/ubuntu/+archive/primary/+files/appstream_0.9.4-1ubuntu1_amd64.deb https://launchpad.net/ubuntu/+archive/primary/+files/libappstream3_0.9.4-1ubuntu1_amd64.deb

③sudo dpkg -i /tmp/appstream_0.9.4-1ubuntu1_amd64.deb /tmp/libappstream3_0.9.4-1ubuntu1_amd64.deb 】

代码:

$ sudo apt-get install tcsh

$ sudo apt-get install csh

$ cd ..

//回到doris目录

$ tcsh

B. 安装doris

代码:

$ cd src

//进入到doris下面的src目录

$ ./configure

注：这步可能出错：

提示：没有那个文件或目录。

解决办法：

apt-get install csh回车（若不让安装tcsh/csh，则执行sudo apt-get install update再执行apt-get install csh）。

//回答以下，g++，fftw的lib，include等三个问题是关键，尤其是第二个问题library输入y，第三个问题文件路径需要在安装完stamps后再输入路径

/usr/local/StaMPS/StaMPS_v3.3b1/ROI_PAC/Netinst/fftw-200428-1509/lib

/usr/local/StaMPS/StaMPS_v3.3b1/ROI_PAC/Netinst/fftw-200428-1509/include

其他的回车就可以。

$ make

这步可能出现问题，

make: g++：命令未找到

make: *** [processor.o] 错误 127

解决办法：在Ubuntu下：输入命令apt-get install g++，安装g++；

$ sudo make install

//最后一步安装doris到/usr/local/bin需要root权限

3）安装SARtools和ENVISAT_TOOLS

A．安装SARtools

代码:

$ cd doris_v4.02/SARtools

$ make

$ sudo make install

B．安装ENVISAT_TOOLS

$ cd doris_v4.02/ENVISAT_TOOLS_v2.3

若是64位Ubuntu，ENVISAT_TOOLS需要先安装 libc-dev-i386

$ sudo apt-get install libc6-dev-i386

$ make

$ sudo make install

$ exit //退出tcsh

至此doris安装完毕，输入doris可以检查安装是否成功（若成功有字符图案显示），其它程序一样。

3、安装getorb，snaphu，GMT

Getorb（getorb_2.3.2.tar.gz）用于获取精轨，snaphu（snaphu-v1.4.2.tar.gz）用于相位解缠，GMT，GV用于绘图，选其一，（GMT，GV用新立得安装即可）

2）安装getorb软件

A．先安装fortran包

代码:

$ sudo apt-get install gfortran

注意：修改getorb安装文件目录下Makefile文件，第34行和36行，去掉行首的注释符号“#”

FC =fc

FC =gfortran

B．再安装getorb

进入getorb目录

$ make

$ sudo make install

可使用getorb检查安装是否成功

注意：拷入精轨文件的时候必须注意大小写，即轨道文件必须大写的，doris才能正确读入精轨

3）安装snaphu软件

首先到“/usr/local”文件夹下建个 man文件夹，在man文件夹下建立man1文件夹（已有则不需要创建），再进入snaphu/src下make、make install，最后make install如果提示还有一个错误，不用管。

进入snaphu/src目录，make和sudo make install。

4）安装GMT软件

GMT包可以直接用apt-get安装，费点时间

代码:

$ cd /usr/local

$ sudo apt-get install gmt

5）赋执行权限

以上软件的执行文件都安装在 /usr/local/bin下面，到该目录里面去检查一下，发现有几个文件没有执行权限，增加执行权限即可。

代码（下面的代码使bin文件夹下的所有可执行文件都具有执行权限）

$ cd /usr/local/bin

$ sudo chmod 755 *.*

$ sudo chmod 755 *

在终端运行run -g时提示添加PAGER，EDITOR到环境变量。编辑/home/Administrator（用户名，例如root）目录下.bashrc文件（为隐藏文件，Ubuntu下Ctrl+H显示），在最后加入下面两行代码：

export PAGER=less

export EDITOR=vi

执行Doris看能不能读取主辅影像，并做干涉图，确定没问题，再接着安装。

（读取主影像时若出错，试着将轨道差值法改为自然样条函数，即SPLINE，再试一下）

4、安装terrasar-x影像包

tsx影像的读取问题，需要安装gdal，python，libxml2，python-lxml，libxslt1等软件包，直接用apt-get命令解决。

代码:

$ sudo apt-get install gdal-bin libxslt1.1 python-lxml python libxml2

Cosmo-SkyMed影像的读取问题，需要安装python-h5py

$ sudo apt-get install python-h5py

5、安装stamps

1）下载安装gawk软件

Ubuntu系统没有gawk，下载安装

代码:

$ sudo apt-get install gawk

2）安装StaMPS_v3.3b1

代码：

$ cd StaMPS_v3.3b1/src

$ make

$ sudo make install

6、安装triangle

安装包里有triangle安装程序，

代码：

$ cd triangle

$ make

$ sudo make install

若装不上就下载安装

$ sudo apt-get install triangle-bin

7、安装Rol_PAC

1）预处理

A．进入目录ROI_PAC_3_0_1/

$ cd /usr/local/StaMPS/StaMPS_v3.3b1/ROI_PAC_3_0_1

这个目录下面有一个AAREADME文件，主要是介绍一些文档，稍微看一下就好。

B．进入目录/usr/local/StaMPS/StaMPS_v3.3b1/ROI_PAC_3_0_1/ROI_PAC

$ cd ROI_PAC

下面安装过程参考该目录下的AAREADME_BUILD_ROIPAC文件，值得仔细研究一下。

2）准备安装

A．安装文件标签更新

（查看当前系统时间是否正确，在新安装的Ubuntu系统上，一般时间都不对，连上网后，设置为上海时间）

$ touch achocal.m4 Makefile.in configure

也就是说把这几个文件的时间标签更改为当前时间

B．安装fftw

把自己的压缩包fftw-3.3.tar.gz文件放入新建文件夹NetDist（NetDist为自己手动建立）下（/usr/local/StaMPS/StaMPS_v3.3b1//ROI_PAC_3_0_1/ ROI_PAC/NetDist，并打开ROI_PAC/contrib文件夹下的install-fftw.sh,将文件中的ver=3.3.3改为对应的fftw的版本号。），再执行命令（./contrib/install-fftw.sh CC=cc，若提示没有权限，则赋给该文件权限）

$ ./contrib/install-fftw.sh CC=cc

C．fftw环境变量

$ export FFTW_LIB_DIR=ROOT/ROI_PAC_3_0/ROI_PAC/NetInst/fftw-071005-1457/lib

$ export FFTW_INC_DIR=ROOT/ROI_PAC_3_0/ROI_PAC/NetInst/fftw-071005-1457/include

安装完fftw，它会提示你设置环境变量，将终端中的上述输出内容拷下来执行即可，格式如上（安装位置会稍有差别，需要修改）。这两个目录中应该分别有libfftw3f.a和fftw3.f这两个文件（可以检查查看）。

3）正式安装

A．安装

$ cd …/ROI_PAC_3_0_1/ROI_PAC

$ ./contrib/multibuild.sh

（首先确定ROI_PAC目录下的configure文件具有可执行权限，否则会提示Could not find executable configure错误）这一步会在ROI_PAC目录下得到一个类似于multibuild-xxxx（后面的x表示数字）的目录（C步骤用到）。

B、测试略

上一步结束会提示test，可忽略

C、可执行程序的安装

其实现在已经安装好了，只不过重新整理一下而已。

$ mkdir INT_BIN

$ cp –r multibuild*/installs/defaults/bin/* INT_BIN

即将安装目录下所有的可执行程序拷到ROI_PAC目录下的INT_BIN目录中（全选上面路径bin下面的文件手动copy也行）

4）核实perl目录

$ which perl

若结果是/usr/bin/perl，那就不用管了。

否则，需要把所有的perl可执行文件中的那个文件头（即#!/usr/bin/perl）改一下。

$ cd INT_SCR

$ chgperlpath.pl

8、安装matlab2010a

下载matlab2010a for linux（安装教程网搜即可）

1）文件改名（可不改）

原始文件名为[矩阵实验室\].Mathworks.Matlab.R2010a.UNIX.ISO-TBE.iso改为matlab.iso（为了方便）

代码:

$ mv \[矩阵实验室\].Mathworks.Matlab.R2010a.UNIX.ISO-TBE.iso matlab.iso

2）挂载光盘镜像

A．使用mount命令

代码:

$ sudo mount -o loop /home/matlab.iso /media

其中/home/matlab..iso为你的matlab安装文件所在位置（matlab.ios文件的路径不能有空格，可以将matlab.iso放在主文件夹下），/media为你要把光盘镜像文件挂载到的位置（一般默认该位置）

3）安装

代码:

$ cd /media（挂载的位置）

$ sudo ./install

注意：

选择是否在线安装时，选否，即 install manually without using the internet

输入key，输入 36096-53477-64319-46930-25628-45918-00806

安装完成破解需要 license file ，选择镜像文件crack中的 license_standalone.dat破解

4）安装后配置

创建桌面快捷方式

Linux学习（1）—Linux 给MATLAB建立快捷方式_linux给matlab建立快捷方式 csdn-CSDN博客

B. 设置中文字体

直接在matlab里面file—perferences—fonts设置中文字体即可。

C. 设置环境变量

在主目录的.bashrc文件中加入下面两行，这个文件在用户目录下隐藏的。ubuntu下修改环境变量需要在终端下输入gedit ~/.bashrc，然后再修改

注：ubuntu下修改环境变量需要在终端下输入gedit ~/.bashrc,然后再修改

环境变量的设置：在.bashrc文件中加入下面两句话,这个文件在用户目录下隐藏的。

export MATLAB=”/usr/local/matlab”

export PATH=${PATH}:$MATLAB/bin

D、注意

安装完Doris后，若读取主影运行报错，可能是因为参数设置有误，将The general options 的 ORB_INTERP 设置为SPLINE

9、安装gamma

参见gamma安装教程

10、环境变量的设置

将下面的内容拷贝到主文件夹下的bashrc下（该文件为隐藏，ctrl+H，取消隐藏），记得改为自己的路径，fftw改为对应的版本号

export PAGER=less

export EDITOR=vi

export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/opengl:$LD_LIBRARY_PATH

export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/lib:$LD_LIBRARY_PATH

export FFTW_LIB_DIR=/usr/local/StaMPS/StaMPS_v3.3b1/ROI_PAC_3_0_1/ROI_PAC/NetInst/fftw-200428-1509/lib

export FFTW_INC_DIR=/usr/local/StaMPS/StaMPS_v3.3b1/ROI_PAC_3_0_1/ROI_PAC/NetInst/fftw-200428-1509/include

export INT_BIN="/usr/local/StaMPS/StaMPS_v3.3b1/ROI_PAC_3_0_1/ROI_PAC/INT_BIN"

export INT_SCR="/usr/local/StaMPS/StaMPS_v3.3b1/ROI_PAC_3_0_1/ROI_PAC/INT_SCR"

export FFTW_LIB="/usr/local/StaMPS/StaMPS_v3.3b1/ROI_PAC_3_0_1/ROI_PAC/NetInst/fftw-200428-1509/lib"

# Matlab #

export MATLAB_path="/usr/local/MATLAB/R2013a"

export PATH=${PATH}:$MATLAB_path/bin

export MATLAB_HOME=/usr/local/MATLAB/R2013a

export PATH=$PATH:MATLAB_HOME/bin

export NETCDF_HOME=/usr/local/

export PATH=/usr/local/bin:$PATH

export STAMPS="/usr/local/StaMPS/StaMPS_v3.3b1"

export SAR="/usr/local/StaMPS/StaMPS_v3.3b1/ROI_PAC_3_0_1"

export GETORB_BIN="/usr/local/StaMPS/doris_v406beta2/getorb/bin"

export SAR_ODR_DIR="/usr/local/StaMPS/StaMPS_v3.3b1/ROI_PAC_3_0_1/ROI_PAC/SAR_FILES/ODR"

export VOR_DIR="/usr/local/StaMPS/StaMPS_v3.3b1/ROI_PAC_3_0_1/ROI_PAC/SAR_FILES/VOR"

export PRC_DIR="/usr/local/StaMPS/StaMPS_v3.3b1/ROI_PAC_3_0_1/ROI_PAC/SAR_FILES/PRC"

export INS_DIR="/usr/local/StaMPS/StaMPS_v3.3b1/ROI_PAC_3_0_1/ROI_PAC/SAR_FILES/INS"

export ROI_PAC="$SAR/ROI_PAC"

export DORIS_BIN="/usr/local/StaMPS/doris_v4.02/bin"

export MY_BIN="$INT_BIN"

export MATLABPATH=$STAMPS/matlab:`echo $MATLABPATH`

export DORIS_SCR="$STAMPS/DORIS_SCR"

export LC_NUMERIC="en_US.UTF-8"

export LC_TIME="en_US.UTF-8"

export MY_SAR="$SAR"

export OUR_SCR="$MY_SAR/OUR_SCR"

export ROI_PAC="$SAR/ROI_PAC"

export MY_SCR="$STAMPS/ROI_PAC_SCR"

export MATLAB="/usr/local/MATLAB/R2013a"

export GMT_INC_DIR="/usr/include"

export GMT_LIB_DIR="/usr/lib"

export GMT_BIN="/usr/bin/gmt "

export PATH=${PATH}:$MATLAB/bin

export PATH=${PATH}:$GMT_INC_DIR:$GMT_LIB_DIR:$GMT_BIN:$INT_BIN:$INT_SCR:$MDX:$SAR_ODR_DIR:$INS_DIR:$GETORB_BIN:$STAMPS/bin:$DORIS_BIN:$TRIANGLE_BIN:$MY_SCR:$OUR_SCR:$DORIS_SCR:$GETORB_BIN:$GDAL

# gamma #

... ...