oriRNA-CSDN博客

原创蜜蜂箱线图

rm(list = ls())gc()library(ggplot2)data(mtcars)?mtcars#cyl:气缸数，mpg：英里/加仑，gear：档数ggplot(mtcars, aes(x=factor(cyl), y=mpg, fill=factor(gear), colour=factor(gear))) + geom_point(position = posit...

2019-08-18 22:44:40 757

原创绘制超漂亮的基因差异表达火山图

基因表达，漂亮火山图rm(list = ls())getwd()#ctrl+shift+h切换工作目录library(EnhancedVolcano)library(DESeq2)library(airway)library(magrittr)data('airway')# %<>%复合赋值操作符，功能与 %>% 基本是一样的，但多了一项额外的操作，就...

2019-08-18 00:02:00 10909 1

原创更新R软件和R包

windows下更新R后，将原来的老版本的所有R包直接拷贝到新版R library后，使用install.packages("installr") library(installr) #updateR(fast=TRUE,cran_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/") ##更新R软件update.packages(repos = "ht...

2019-08-17 12:13:53 7923 1

原创 RNAseq_Expression分析教程

https://pmbio.org/module-06-rnaseq/0006/02/01/RNAseq_Expression/学习目标：进行RNA-seq数据的比对和所得比对的基本QC分析获得基因和转录本丰度估计值执行无参考对齐和丰度估计，并将结果与基于参考的方法进行对比基本差异表达分析执行表达异常值分析运行RNA融合检测工具并解析有趣候选人的结果评估相关特...

2019-08-16 23:51:07 620

原创 miRNA靶基因软件预测分值如何看？

https://www.nature.com/articles/nsmb.2678We extracted miRNA-mRNA pairs with strong negative REC score (REC < −6.2, FDR < 2 × 10−4, 4,584 pairs with less than one estimated false positive) and ...

2019-08-16 23:29:09 4065

原创生信软件安装

软件安装（WSL ubuntu 18.04 LTS）wget -c https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.9/samtools-1.9.tar.bz2bunzip2 samtools-1.9.tar.bz2tar -xvf samtools-1.9.tarcd samtools-1.9sudo apt-get...

2019-08-09 13:34:04 543

原创 R语言计算医学统计学中RR、OR和HR三个关于比值

计算队列研究的相对风险度(Calculating Relative Risks for a Cohort Study)生物医学统计数据中一种非常常见的数据集是一项队列研究，在这项研究中，您可以了解接触某些治疗或环境的人（例如，服用某种药物的人或吸烟的人）以及是否同样的人有特定的疾病。您的数据集看起来像这样： Disease Control Exposed 15...

2019-07-13 18:39:05 20470 2

原创医学统计学中RR、OR和HR三个关于比值的概念

在医学统计学中，有三个关于比值的概念，分别为相对危险度（relative risk，RR，也称 risk ratio）、风险比（hazard ratio，HR）和优势比（odds ratio，OR）。很多同行一看见这三个概念就容易混绕。在此，笔者拟谈谈如何正确理解这三个概念的区别和联系。目录RR(Relative Risk) - 相对危险度OR(Odd Ratio) - 比值比HR...

2019-07-13 18:29:34 172307 15

原创 R语言-缺失值判断以及处理

#####缺失值判断以及处理######举例1：向量类型判断缺失值is.na和缺失值的填补which(x<-c(1,2,3,NA))is.na(x) #返回一个逻辑向量，TRUE为缺失值，FALSE为非缺失值table(is.na(x)) #统计分类个数sum(x) #当向量存在缺失值的时候统计结果也是缺失值sum(x,na.rm = TRUE) #很多函数...

2019-03-26 21:03:54 5100

原创 Shell常用命令笔记

号命令说明 1 sed -i '1d' filename 删除第一行 2 sed -i 'nd' filename 删除第n行 3 sed -i '$d' filename 删除最后一行 4 sed -e 's/[^ ]* //' text 删除第一列 ...

2019-01-21 09:44:42 93

原创 R语言——文本清理

R语言中文本清理textclean包textclean是一组清理和规范化文本的工具。其中许多工具都是从qdap软件包中获取的，并且经过修改后更加直观，命名更好，速度更快。工具适用于检查不适合分析的子串，并用更多分析友好的子串替换或删除它们（规范化）（参见Sproat，Black，Chen，Kumar，Ostendorf，＆Richards，2001，doi：10.1006 / csla...

2018-11-13 23:29:34 3270

转录组学-蛋白质组学联合分析mRNA与蛋白质均存在的基因将基于参考基因得到的蛋白质鉴定结果与转录组结果进行关联分析，用于验证mRNA可变剪接。当某一个蛋白被鉴定到且在转录组水平有表达信息时，被认为关联到。相关性分析将在蛋白水平和转录水平关联到的所有可定量数据进行关联分析，计算Pearson相关系数，得到蛋白和 mRNA表达的相关性，并在相关分析中，按照蛋白和mRNA表达量的变化将关联分析分成4类，...

2018-05-07 16:11:24 7839

原创基因表达相关性——笔记

皮尔森相关和斯皮尔曼等级相关,通过计算不同基因表达量的相关系数，来构建基因共表达网络；怎么分析和展示RNAseq基因表达数据中基因的相关性；散点图矩阵显示样本之间的相关性，”YaleToolkit”包，用里面的gpairs()函数是最简单的；基于统计相关性与K-means的区分基因子集选择算法,选择具有高区别能力的基因不仅提高疾病分类识别和预测的准确率\,降低疾病诊断时间,减少临床诊断费用,并可促...

2018-05-07 15:59:03 17447

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