LEfSe（LDA Effect Size）是微生物多样性分析中的重要工具，用于发现生物标志物。它包括Kruskal-Wallis秩和检验、Wilcoxon秩和检验以及LDA。LEfSe分析结果包括LDA值分布柱状图、进化分支图和特征表，帮助识别统计学上显著的差异物种。在微生物研究中，由于样本分布不确定性，通常选择非参数检验如秩和检验而非参数检验。
在微生物多样性分析中，LEfSe分析自从”出生“就倍受青睐，今天小昌宝宝
就跟大家唠唠这个高频出镜的LEfSe分析，从LEfSe的定义、结果、原理、涉及到的检验四个方面进行解释。
一LEfSe的定义
LEfSe分析即LDA Effect Size分析，是一种用于发现和解释高维度数据生物标识(基因、通路和分类单元等)的分析工具，可以进行两个或多个分组的比较，它强调统计意义和生物相关性，能够在组与组之间寻找具有统计学差异的生物标识(Biomarker)。
二LEfSe结果分析
一般地，在微生物多样性分析结果中，会出现两个图，一张表( LDA值分布柱状图、进化分支图及特征表)。
1. LDA值分布柱状图
这个条形图主要为我们展示了LDA score大于预设值的显著差异物种，即具有统计学差异的Biomaker，默认预设值为2.0(看横坐标，只有LDA值的绝对值大于2才会显示在图中)；柱状图的颜色代表各自的组别，长短代表的是LDA score，即不同组间显著差异物种的影响程度。
2. 进化分支图：
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