linux下blast设计引物,Primer-BLAST:NCBI的引物设计和特异性检验工具

Primer-BLAST结合Primer3和BLAST功能,提供引物设计和特异性检查。用户可输入FASTA序列或Accession Number,选择目标数据库和物种,以确保引物的特异性。通过调整参数,例如允许扩增剪接变异体,可以针对不同需求优化引物。建议优先使用GI号或Accession号,并限制到特定物种和数据库,以提高设计效率和准确性。

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这个工具整合了目前流行的Primer3软件,再加上

Primer-BLAST的输入

Primer-BLAST界面包括了Primer3和BLAST的功能。提交的界面主要包括三个部分:target template(模板区), the primers(引物区), 和specificity check(特异性验证区)。跟其它的BLAST一样,点击底部的“Advanced parameters”有更多的参数设置。

模板(Template)

在“PCR Template”下面的文本框,输入目标模板的序列,FASTA格式或直接用Accession Number。如果你在这里输入了序列,是用于引物的设计。Primer-BLAST就会根据你输入的序列设计特异性引物,并且在目标数据库(在specificity check区选择)是唯一的。

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引物(Primers)

如果你已经设计好了引物,要拿来验证引物的好坏。可以在Primer Parameters区填入你的一条或一对引物。并且选择好验证的目标数据库(在specificity check区选择)。根据需要可设置产物的大小,Tm值等。

特异性(Specificity)

在specificity check区,选择设计引物或验证引物时的目标数据库和物种。这一步是比较重要的。这里提供了4种数据库:RefSeq mRNA, Genome (selected reference assemblies), Genome (all chromosomes), and nr (th

在生物信息学研究中,NCBI提供了丰富资源与强大工具用于基因序列的查询、引物设计及序列比对。首先,您可以通过NCBI的Gene数据库来查找特定基因的序列信息。以IL6基因为例,输入'IL6 human'到搜索框中,选择正确的物种(例如Homo sapiens),即可获得IL6基因的相关信息。接下来,进入Map Viewer查看IL6基因在染色体上的位置,选择合适的参考序列以获取精确的基因位置信息。 参考资源链接:[NCBI使用教程:基因序列到BLAST比对的全面指南](https://wenku.csdn.net/doc/4sw9ajxrwv?spm=1055.2569.3001.10343) 转到NCBIBLAST页面,选择适合您序列类型的BLAST工具,例如nucleotide BLAST用于核苷酸序列比对。上传您的IL6基因序列,选择适当的数据库进行比对,如在本例中选择“refseq_genomic”,然后启动BLAST搜索。BLAST会分析返回的结果,显示与您输入序列相似的数据库记录,您可以根据这些信息判断引物设计特异性。 在引物设计方面,您可以利用Primer-BLAST工具,它结合了引物设计与序列比对功能。输入您想要设计引物的IL6基因区域,Primer-BLAST会自动进行引物设计,并使用BLAST算法检查引物序列的特异性,确保它们只与目标基因区域进行配对,避免非特异性匹配。 总之,通过NCBI的Gene数据库、Map Viewer以及BLAST工具,您可以有效地进行基因序列的查找、引物设计以及序列比对,确保您的研究设计具备科学性准确性。 参考资源链接:[NCBI使用教程:基因序列到BLAST比对的全面指南](https://wenku.csdn.net/doc/4sw9ajxrwv?spm=1055.2569.3001.10343)
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