linux下blast设计引物,Primer-BLAST：NCBI的引物设计和特异性检验工具

最新推荐文章于 2025-03-26 17:16:08 发布

王萌昊

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文章标签： linux下blast设计引物

Primer-BLAST结合Primer3和BLAST功能，提供引物设计和特异性检查。用户可输入FASTA序列或Accession Number，选择目标数据库和物种，以确保引物的特异性。通过调整参数，例如允许扩增剪接变异体，可以针对不同需求优化引物。建议优先使用GI号或Accession号，并限制到特定物种和数据库，以提高设计效率和准确性。

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这个工具整合了目前流行的Primer3软件，再加上

Primer-BLAST的输入

Primer-BLAST界面包括了Primer3和BLAST的功能。提交的界面主要包括三个部分：target template(模板区), the primers(引物区), 和specificity check(特异性验证区)。跟其它的BLAST一样，点击底部的“Advanced parameters”有更多的参数设置。

模板(Template)

在“PCR Template”下面的文本框，输入目标模板的序列，FASTA格式或直接用Accession Number。如果你在这里输入了序列，是用于引物的设计。Primer-BLAST就会根据你输入的序列设计特异性引物，并且在目标数据库(在specificity check区选择)是唯一的。

引物(Primers)

如果你已经设计好了引物，要拿来验证引物的好坏。可以在Primer Parameters区填入你的一条或一对引物。并且选择好验证的目标数据库(在specificity check区选择)。根据需要可设置产物的大小，Tm值等。

特异性(Specificity)

在specificity check区，选择设计引物或验证引物时的目标数据库和物种。这一步是比较重要的。这里提供了4种数据库：RefSeq mRNA, Genome (selected reference assemblies), Genome (all chromosomes), and nr (th

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