Linux 管道 标准输出,Linux学习 - 管道、标准输入输出

Linux学习 - 管道、标准输入输出

Linux下的标准输入、输出、重定向、管道

在Linux系统中，有4个特殊的符号，’, ‘|’, ‘-‘，在我们处理输入和输出时存在重要但具有迷惑性的作用。

默认Linux的命令的结果都是输出到标准输出，错误信息 (比如命令未找到或文件格式识别错误等) 输出到标准错误，而标准输出和标准错误默认都会显示到屏幕上。

>表示重定向标准输出，> filename就是把标准输出存储到文件filename里面。标准错误还是会显示在屏幕上。

2 >&1 表示把标准错误重定向到标准输出。Linux终端用2表示标准错误，1表示标准输出。

- (短横线)：表示标准输入，一般用于1个程序需要多个输入的时候。

|管道符，表示把前一个命令的输出作为后一个命令的输入，前面也有一些展示例子。用于数据在不同的命令之间传输，用途是减少硬盘存取损耗。

下面我们通过一个程序stdout_error.sh来解释上面的文字，内容如下

#!/bin/bash

echo "I am std output"

# 下面是随便写的一个理论上不存在的命令, 理论上会报错的。

unexisted_command

运行这个脚本

# 标准输出和标准错误默认都会显示到屏幕上

ct@ehbio:~$ bash stdout_error.sh

I am std output

stdout_error.sh: line 5: unexisted_command: command not found

# >把结果输入到了文件；标准错误还显示在屏幕上

ct@ehbio:~$ bash stdout_error.sh >stdout_error.stdout

stdout_error.sh: line 5: unexisted_command: command not found

ct@ehbio:~$ cat stdout_error.stdout

I am std output

# >把结果输入到了文件; 2>把标准错误输入到了另一个文件

ct@ehbio:~$ bash stdout_error.sh >stdout_error.stdout 2>stdout_error.stderr

ct@ehbio:~$ cat stdout_error.stderr

stdout_error.sh: line 5: unexisted_command: command not found

# 标准输出和标准错误写入同一个文件

ct@ehbio:~$ bash stdout_error.sh >stdout_error.stdout 2>&1

ct@ehbio:~$ cat stdout_error.stdout

I am std output

stdout_error.sh: line 5: unexisted_command: command not found

下面看管道符和标准输入的使用。

# 管道符的使用# 第一个命令的输出作为第二个的输入# 前面的例子中也有使用# tr: 是用于替换字符的，把空格替换为换行，文字就从一行变为了一列ct@ehbio:~$ echo "1 2 3" | tr ' ' '\n'123# cat命令之前也用过，输出一段文字# diff是比较2个文件的差异的，需要2个参数# - (短横线)表示上一个命令的输出，传递给diff# < 表示其后的命令的输出，也重定向给diffct@ehbio:~$ cat < 2> 3> 4> END0a1> 13d3< 4# 如果不使用管道和重定向标准输入，程序是这么写的# 先把第一部分存储为1个文件ct@ehbio:~$ cat <firstfile23> 4> ENDct@ehbio:~$ less firstfile # 再把第二部分存储为1个文件ct@ehbio:~$ echo "1 2 3" | tr ' ' '\n' >secondfile# 然后比较ct@ehbio:~$ diff firstfile secondfile 0a1> 13d3< 4

管道符的更多应用

ct@ehbio:~$ echo "actg aaaaa cccccg" | tr ' ' '\n' | wc -l

3

# sed =：先输出行号，再输出每行的内容

ct@ehbio:~$ echo "a b c" | tr ' ' '\n' | sed =

1

a

2

b

3

c

# 后面这个命令不太好解释

# sed = 同时输出行号

# N: 表示读入下一行；sed命令每次只读一行，加上N之后就是缓存了第2行，所有的操作都针对第一行；

# s: 替换；把换行符替换为\t

ct@ehbio:~$ echo "a b c" | tr ' ' '\n' | sed = | sed 'N;s/\n/\t/'

1 a

2 b

3 c

# 后面这个命令不太好解释

# sed = 同时输出行号

# N: 表示读入下一行；sed命令每次只读一行，加上N之后就是缓存了第2行，所有的操作都针对第一行；

# s: 替换；把读取的奇数行行首加一个'>'(偶数行相当于被隐藏了)

ct@ehbio:~$ echo "a b c" | tr ' ' '\n' | sed = | sed 'N;s/^/>/'

>1

a

>2

b

>3

c

# 把多条序列转成FATSA格式

# sed = 同时输出行号

# N: 表示读入下一行；sed命令每次只读一行，加上N之后就是缓存了第2行，所有的操作都针对第一行；

# s: 替换；把读取的奇数行行首加一个'>'(偶数行相当于被隐藏了)

# 于是FASTA格式序列就出来了

ct@ehbio:~$ echo "actg aaaaa cccccg" | tr ' ' '\n' | sed = | sed 'N;s/^/>/'

>1

actg

>2

aaaaa

>3

cccccg