loong_XL
这个作者很懒,什么都没留下…
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生物微观结构可视化工具:Molstar
参考:HIV:原创 2024-07-13 14:18:51 · 26 阅读 · 0 评论 -
免费生物蛋白质的类chatgpt工具助手copilot:小分子、蛋白的折叠、对接等
参考:https://310.ai/copilot应该是agent技术调用不同工具实现https://310.ai/copilot小分子查找ProteinMPNN生成蛋白质序列ESMFold进行蛋白序列的折叠蛋白与蛋白比较diffdock蛋白小分子对接原创 2024-05-31 21:36:23 · 473 阅读 · 0 评论 -
AlphaFold3(AF3)简单介绍:预测各种生物分子结构和它们之间相互作用的深度学习模型
参考:文章地址:AlphaFold3体验官网:《Accurate structure prediction of biomolecular interactions with AlphaFold3》 DeepMind 开发的一个用于预测生物分子结构和它们之间相互作用的深度学习模型。原创 2024-05-09 11:09:07 · 444 阅读 · 0 评论 -
AI预测小分子与蛋白的相关特征: MegaMolBART, MoFlow,proteinMPNN、ESM-1, ESM-2
安装上面esm包后,可以通过下面esm-extract命令行提取蛋白的特征向量。基于 SMILES 的小分子药物发现与化学信息学深度学习模型。两个都是META对蛋白质相关的transformer模型。用flow流方式分子生成。原创 2024-04-14 09:34:06 · 247 阅读 · 0 评论 -
DeepPurpose 生物化学深度学习库;蛋白靶点小分子药物对接亲和力预测虚拟筛选
参考:DeepPurpose包括:数据:关联TDC库下载,是同一作者开发的模型:小分子表示方法蛋白表示方法。原创 2024-01-07 21:57:04 · 651 阅读 · 0 评论 -
生物医药组织细胞分割案例:cellpose、celldetection
参考:https://github.com/FZJ-INM1-BDA/celldetectionhttps://github.com/MouseLand/cellpose安装:2、cellpose安装:运行界面版:点击file上传文件,model zoo点击模型会自动下载及推理执行,下载模型一般默认保存在用户C:***.cellpose\models下https://cellpose.readthedocs.io/en/latest/command.html–pretrained_mod原创 2023-11-29 17:19:23 · 199 阅读 · 0 评论 -
药物相关 PK(药代动力) 、PD(药效)指标知识
PK代表药物的药代动力学,指的是药物在体内的吸收、分布、代谢和排泄等过程,包括药物的药代动力学参数如Cmax(最大血药浓度)、Tmax(最大血药浓度出现的时间)、t1/2(半衰期)、AUC(药物曲线下面积)等。PD代表药物的药效学,指的是药物与生物体相互作用所产生的药理效应,包括药物的药效学参数如EC50(半数最大有效浓度)、ED50(半数最大效应剂量)、Emax(最大效应)等。PD(Pharmacodynamics)则研究药物的药效学特性,如药物的作用机制、效力、最大疗效、最小毒性等。原创 2023-04-01 09:50:33 · 18185 阅读 · 0 评论 -
pdb文件分离蛋白与小分子
【代码】pdb文件分离蛋白与小分子。原创 2023-03-15 14:20:57 · 642 阅读 · 0 评论 -
薛定谔 Maestro glide命令行 小分子与蛋白对接使用流
【代码】薛定谔 Maestro glide命令行 小分子与蛋白对接使用流。原创 2023-02-23 15:03:43 · 558 阅读 · 2 评论 -
pdb蛋白修复 pdbfixer;pymol异常突变残基修复
参考:https://blog.csdn.net/weixin_42357472/article/details/128378512安装:代码:在线web也打开命令行直接运行pdbfixer选择具体异常氨基酸,然后更改成正确氨基酸修复完整后保存原创 2023-02-23 09:43:53 · 1299 阅读 · 0 评论 -
pdb文件删除杂原子 HETATM;保留或去除水分子
这样操作水分子也会跟着删除,如果需要保留水分子。原创 2023-02-22 15:02:36 · 1416 阅读 · 0 评论 -
rdkit 单个分子生成多个3D构象和保存
【代码】rdkit 单个分子生成多个3D构象和保存。原创 2023-02-21 09:55:43 · 596 阅读 · 0 评论 -
pdb文件两个原子距离计算代码;sdf rdkit计算原子距离Get3DDistanceMatrix
参考:https://www.qumuban.com/64233.html*** 直接方法可以通过pymol距离插件选择计算。原创 2023-02-10 16:56:25 · 835 阅读 · 0 评论 -
药物设计简介
参考:https://www.bilibili.com/video/BV11Q4y1z7Kv/https://www.bilibili.com/video/BV1ey4y1g7vS/药物研发流程图:包括靶点验证、lead合成与优化、临床(包括临床前)主要包括高通量虚拟筛选、SBDD(基于配体、基于受体方法)、FBDD***图片主要是SBDD分类原创 2023-02-08 20:40:34 · 217 阅读 · 0 评论 -
rdkit 3d结构距离键长矩阵获取rdDistGeom与键角度获取rdMolTransforms
rdMolTransforms.GetDihedralDeg 二面角计算。rdMolTransforms.GetAngleDeg 扭转角计算。二面角计算,需要四个索引原子,两个平面的夹角。原创 2023-01-30 11:44:08 · 614 阅读 · 0 评论 -
Maestro 薛定谔软件简单分子对接案例
#参考:Maestro 薛定谔软件使用:Maestro 薛定谔对接:sid=287811。原创 2023-01-15 15:57:41 · 6595 阅读 · 0 评论 -
pymol 动画简单制作,gif、mp4导出
参考:https://www.youtube.com/watch?v=G77K9Lro8js1、直接Movie下Program下,Camera Loop下Nutate下选择,这里选择30degover4 sec;如果要动画过渡自然,可以在这4sec后面再Append 1sec;如果需要两个视角,既可以再把窗口蛋白定位到比如配体,不用管中间过程怎么定位过去配体,再Program下,Camera Loop下Nutate下选择,这里选择30degover4 sec添加;最后如果要整体形成个循环播放,可以在这4s原创 2023-01-13 07:59:27 · 5071 阅读 · 3 评论 -
rdkit rdRGroupDecomposition 侧链片段基团分离
参考:https://zhuanlan.zhihu.com/p/142557584https://greglandrum.github.io/rdkit-blog/posts/2023-01-09-rgd-tutorial.html原创 2023-01-11 10:02:51 · 218 阅读 · 0 评论 -
rdkit smiles格式实时在线分子图像展示 用flask
templates 静态页目录。原创 2023-01-05 22:44:07 · 460 阅读 · 0 评论 -
uniprot蛋白序列数据库,蛋白质结构数据库PDB;pymol pse格式
很多时候,蛋白晶体结构中不只是蛋白,还可能有核酸、多肽、辅酶、小分子化合物(抑制剂、拮抗剂、激动剂、底物)、助溶剂、表面活性剂、金属离子和水分子以及其他分子;在PDB数据库的蛋白详情页内有详细记录,我们需要了解各组分是什么物质,各自的作用是什么,哪个是共晶配体。一些很小的分子,数量很多的分子,结合在很浅的蛋白表面的分子,通常不会是配体分子(但也有例外)。还有一些名称非常常见的,比如:GOL、ACT、PEG、SO4等等,这些只是蛋白结晶所需要的或者在溶液中存在的分子,不是真正意义上的配体分子。原创 2023-01-05 14:07:01 · 1617 阅读 · 0 评论 -
CADD药物设计;QSAR模型
计算药物设计(CADD)是一个使用计算技术来帮助设计和开发新药的领域。它涉及使用计算机程序来模拟潜在药物分子与体内靶蛋白之间的相互作用,以及预测这些分子的性质和行为。这可以帮助研究人员识别新的药物候选物,优化其结构和活性,并预测潜在的副作用。CADD还可用于研究现有药物,了解其作用机制。它是一种强大的工具,可以帮助加速药物发现和开发过程,并已应用于包括癌症、心血管疾病和传染病在内的广泛治疗领域。计算药物设计(CADD)涉及使用多种方法来帮助设计和开发新药。原创 2023-01-04 21:19:47 · 2010 阅读 · 2 评论 -
rdkit GetBondLength 键长计算
【代码】rdkit GetBondLength 键长计算。原创 2022-12-29 13:51:10 · 495 阅读 · 0 评论 -
openmm 分子动力学模拟包安装;分子动力学MD与自由能FEP简单使用案例
参考:https://openmm.org/查看是否安装:python -m openmm.testInstallation参考:https://zhuanlan.zhihu.com/p/348312690力场下载:https://github.com/openmm/openmm/tree/master/wrappers/python/openmm/app/data下载后整理放在amber14文件夹下:代码:simulatePdb.py****fix_pdb函数是蛋白质进行修复,参考http原创 2022-12-21 22:10:04 · 1478 阅读 · 0 评论 -
LightDock、PatchDock蛋白蛋白对接软件linux端命令行使用
参考:https://lightdock.org/tutorials/0.9.2/simple_docking。参考:https://bioinfo3d.cs.tau.ac.il/PatchDock/php.php。DDB1-CRBN.pdb 、brd4.pdb 是需要对接的两个pdb蛋白文件。PatchDock有网页版,如下;软件版需要申请获取下载链接。原创 2022-12-14 15:45:56 · 1455 阅读 · 3 评论 -
HDOCK 蛋白蛋白对接软件使用;LZerD、pyDock、ClusPro网页在线对接
参考:hdock支持蛋白与蛋白,也支持蛋白与核酸对接计算。原创 2022-12-13 17:14:38 · 6620 阅读 · 6 评论 -
蛋白对接及软件介绍
蛋白对接软件是一种用于执行蛋白对接分析的计算机程序。市面上有很多种蛋白对接软件,包括 ZDOCK、HADDOCK、ClusPro、FlexPepDock、SPARKS - X 等。这些软件通常都具有图形用户界面,方便用户输入必要的信息并可视化对接结果。不同的蛋白对接软件可能支持不同的对接算法,因此科学家需要根据自己的需求来选择适当的软件。除了上述几种蛋白对接软件,市面上还有很多其他的蛋白对接工具软件。原创 2022-12-12 22:50:36 · 2508 阅读 · 0 评论 -
激素、酶、细胞因子区别;肿瘤细胞信号通路
【代码】激素、酶、细胞因子区别。原创 2022-12-11 18:16:38 · 798 阅读 · 0 评论 -
GROMACS 分子模拟使用
参考:http://www.mdtutorials.com/gmx/lysozyme/https://jerkwin.github.io/2、pdb2gmx模块拓扑文件生成4、添加离子5、能量最小化原创 2022-12-04 23:58:34 · 761 阅读 · 0 评论 -
药物亲和力相关数据集BindingDB、DAVIS;药物开源数据库源 TDC库
参考:DAVIS :https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/22037378/ ##激酶相关数据库。原创 2022-12-02 15:07:39 · 1689 阅读 · 0 评论 -
ESM2蛋白预训练模型 蛋白质、氨基酸向量表示
参考:https://github.com/facebookresearch/esmhttps://huggingface.co/facebook/esm2_t33_650M_UR50Dhttps://esmatlas.com/resources?action=foldtokenizer_对输入蛋白会头尾添加cls、eos特殊字符,占两个字符长度参考:https://github.com/facebookresearch/esm直接clone下来代码原创 2022-11-25 14:10:26 · 6394 阅读 · 19 评论 -
MoLeR 分子生成模型,可以指定包含骨架scaffold生成
参考:安装:注意需要安装tf依赖。原创 2022-11-24 10:12:19 · 558 阅读 · 0 评论 -
rdkit 原子,键类型获取GetAtoms、GetNeighbors、GetBondBetweenAtoms
atom.GetNeighbors() ###获取原子的周围原子。原创 2022-11-23 15:18:41 · 841 阅读 · 0 评论 -
ChemBERTa 化合物小分子的向量表示及相似检索
参考:https://arxiv.org/pdf/2209.01712.pdf模型是基于分子simles进行transformer的MLM预训练的bert模型。原创 2022-11-23 09:45:09 · 1064 阅读 · 0 评论 -
小分子蛋白结合位点预测工具;CB-Dock2、DiffDock、TankBind算法
网页在线版:https://huggingface.co/spaces/simonduerr/diffdock。参考:https://github.com/luwei0917/TankBind。参考:https://github.com/gcorso/DiffDock。运行结束会在results文件夹下生成对接位点预测的top结果。原创 2022-11-22 17:13:12 · 2226 阅读 · 1 评论 -
代谢ADMET在线网页预测工具SwissADME 、SOMP 、BioTransformer
催化Ⅰ相代谢的主要是肝微粒体中的CYP450酶,催化Ⅱ相代谢的主要是尿苷二磷酸葡醛酸转移酶(UGTS)、N-乙酰基转移酶(NATs)、甲基转移酶(MTs)、谷胱甘肽转移酶(GSTs)、硫酸转移酶(SULTs)等。P450酶是由多种类型的P450酶所组成的一个大家族,有许多同工酶和亚型组成,命名时用CPY代表CYP450,其后加阿拉伯数字表示CPY450的家族成员,例如CYP1、CPY2、CPY3等,在数字后加字母,则代表亚家族,如CYP1A、CYP2C、CYP2D、CYP2E等。原创 2022-11-16 16:51:53 · 2894 阅读 · 0 评论 -
pymol 分离蛋白与小分子保存;pymol分离蛋白多聚体亚基;pymol对接位点交互图展示;去除杂原子
参考:https://www.jianshu.com/p/2b8e700ff37a。原创 2022-11-09 16:43:30 · 4119 阅读 · 0 评论 -
pymol pymol-align两分子或蛋白距离误差计算RMSD;spyrmsd库计算RMSD
参考:https://zhuanlan.zhihu.com/p/347743101RMSD单位是埃 RMSD,root-mean-square deviation,也就是均方根偏差。原子位置的均方根偏差是叠加蛋白质的原子(通常是骨架原子)之间的平均距离的量度。注意,RMSD计算可以应用于其他非蛋白质分子,如小的有机分子。在球状蛋白质构象的研究中,通常在刚体进行完叠加后通过计算Cα原子坐标之间的RMSD来表征三维结构的相似性。原创 2022-11-15 15:22:29 · 5801 阅读 · 3 评论 -
rdkit 获取化合物.FindMolChiralCenters手性;化合物各位置坐标GetConformer().GetAtomPosition();GetAdjacencyMatrix邻接矩
参考:https://blog.csdn.net/weixin_60737527/article/details/126083902。原创 2022-11-15 09:28:24 · 867 阅读 · 0 评论 -
3DInfomax 化合物分子基于对比学习的向量表示及相似检索
参考:https://github.com/HannesStark/3DInfomax首先把相关下载下来:git clone https://github.com/HannesStark/3DInfomax.gitsimles_to_vecs.yml2)项目根目录下创建个生成多个分子的向量表示的simles_to_vecs.py3)运行上面py文件,保存向量表示npy格式python simles_to_vecs.py --config=configs_clean/simles_to_ve原创 2022-11-12 22:41:50 · 813 阅读 · 3 评论 -
化合物分子 ogb、dgl生成图网络及GNN模型训练;pgl图框架
参考:https://towardsdatascience.com/learn-to-smell-molecules-with-graph-convolutional-neural-networks-62fa5a826af5ogb 包是一个图数据操作、加载。原创 2022-11-12 14:23:54 · 791 阅读 · 2 评论