AP-MS技术是研究蛋白质-蛋白质相互作用（PPIs）的重要手段，文章对比了5种不同的胰蛋白酶消化方法，包括on-beads和elution-digest方法。研究发现，elution-digest方法在识别低丰度PPIs方面优于on-beads方法。具体而言，ABC法在识别高丰度PPIs中表现出色，而SDS-FASP法则更擅长识别低丰度PPIs。不同方法对RelA和BRD4互作蛋白的鉴定数量和质量有显著差异，影响到AP-MS的性能和结果。
特殊名词：
AP-MS 亲和纯化-质谱联用
PPIs 蛋白质-蛋白质相互作用
on-beads 对亲和珠子上结合蛋白直接进行酶切处理
elution-digestion 洗脱后溶解内进行消化
mass spectrometry interaction statistics(MiST) 质谱相互作统计
on-bead digestion in ammonium bicarbonatebuffer ABC法
on-bead digestion in trifluoroethanolbuffer TFE法
two-step digestion in urea buffer Urea法
SDS elution with filter-aided samplepreparation (FASP) SDS-FASP法
SDS elution with SDS-PAGE and in-gel digestion SDS-Gel法
亲和纯化-质谱联用技术（后简称AP-MS）已然是发现自然状态下蛋白与蛋白相互作用的首选办法，AP-MS的成功依赖于胰蛋白酶消化效率和胰蛋白酶消化后肽段的回收。在
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