c语言字符串dna序列,学了生物信息学，写了个DNA序列动态规划法比对的C代码~~...

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#include

#include

#include

#define MAX(a,b) (a>b)?a:b

int main(void)

{

/*输入*/

char* seq1;

int n1=1000;

int L1;

seq1=(char*)malloc(sizeof(char)*n1);

printf("First Sequence:");

scanf("%s",seq1);

L1=strlen(seq1);

if ((n1-L1) > 10) {

realloc(seq1,sizeof(char)*(L1+1)); //保留字符串内容不动，并缩小分配的内存

n1= L1+1;

}

char* seq2;

int n2=1000;

int L2;

seq2=(char*)malloc(sizeof(char)*n2);

printf("Second Sequence:");

scanf("%s",seq2);

L2=strlen(seq2);

if ((n2-L2) > 10) {

realloc(seq2,sizeof(char)*(L2+1));

n2= L2+1;

}

/*初始化打分矩阵*/

int i,j;

struct MO

{

int value; //值

int x,y; //该值来自于的位置坐标

};

struct MO Matrix[L2+1][L1+1];

//int Matrix[L2+1][L1+1];

for(i=0;i

for(j=0;j

Matrix[i][j].value=-2*i-j*2;

/*打分过程*/

int t,x,y;

for(j=1;j

Matrix[0][j].x=0;

Matrix[0][j].y=j-1;

}

for(i=1;i

Matrix[i][0].x=i-1;

Matrix[i][0].y=0;

}

for(i=1;i

for(j=1;j

if(*(seq1+j-1)==*(seq2+i-1))

t=Matrix[i-1][j-1].value+1;

else

t=Matrix[i-1][j-1].value-1;

x=Matrix[i-1][j].value-2; //x表示来自上边的值

y=Matrix[i][j-1].value-2; //y表示来自左方的值

int m;

m=t;

Matrix[i][j].x=i-1;

Matrix[i][j].y=j-1;

if(m

m=x;

Matrix[i][j].x=i-1;

Matrix[i][j].y=j;

}

if(m

m=y;

Matrix[i][j].x=i;

Matrix[i][j].y=j-1;

}

Matrix[i][j].value=m;

}

}

/*格式输出打分矩阵*/

printf(" \t");

printf("%d\t",0);

for(i=0;i

printf("%c\t",*(seq1+i));

printf("\n");

for(i=0;i

if(i==0){

printf("%d\t",0);

for(j=0;j

printf("%d\t",Matrix[i][j].value);

printf("\n");

}

else{

printf("%c\t",*(seq2+i-1));

//输出Matrix的行

for(j=0;j

printf("%d\t",Matrix[i][j].value);

printf("\n");

}

}

/*回溯*/

int m=1; //循环结束条件

int k=0;

int i2;

int flag=0; //分数scores

int N=MAX(L1,L2);

char s1[N],s2[N];

for(i=L2,j=L1,k=1;m;){

if(Matrix[i][j].x==i-1&&Matrix[i][j].y==j-1){ //若该值来自于左上

s1[N-k]=*(seq1+j-1);

s2[N-k]=*(seq2+i-1);

if(*(seq1+j-1)==*(seq2+i-1))

flag += 1;

else

flag -= 1;

}

else if(Matrix[i][j].x==i-1&&Matrix[i][j].y==j){

s1[N-k]='-';

s2[N-k]=*(seq2+i-1);

flag -= 2;

}

else {

s1[N-k]=*(seq1+j-1);

s2[N-k]='-';

flag -= 2;

}

i2=i;

i=Matrix[i][j].x;

j=Matrix[i2][j].y;

k += 1;

if((i==0)&&(j==0))

m=0;

}

/*回溯确定的对比序列的输出*/

printf("\n");

printf("\n");

for(i=0;i

printf("%c\t",s1[i]);

printf("\n");

for(i=0;i

printf("%c\t",s2[i]);

printf("\n");

printf("Scores=%d",flag);

printf("\n");

}