CADD课程学习(2)-- 靶点晶体结构信息
如何获取靶点晶体结构信息(PDB)
PDB数据库介绍
网址:https://www.rcsb.org/
PDB:蛋白晶体结构资料数据库(Protein Data Bank),1971年由美国Brookhaven、实验室建立,由结构生物信息学研究合作组织维护(RCSB)
PDB数据库可用于获取蛋白质的晶体结构及重要信息,在药物设计中具有一个可靠的而蛋白晶体结构是非常重要的
PDB数据库中的每个蛋白晶体结构均有唯一的ID,由0~9和A-Z组成四位的字符串,如Bcr/Abl靶点的晶体结构之一(PDB ID:1lEP)
PDB数据文件
以 PDB 1IEP为例
其他汇总
HEADER | 分子类,公布时间, ID |
OBSLTE | 注明该ID号已改为新号 |
TITLE | 说明试验方法类型 |
CAVEAT | 可能的错误提示 |
COMPND | 化合物分子组成 |
SOURCE | 化合物来源 |
KEYWDS | 关键词 |
EXPDTA | 测定结构所用的实验方法 |
AUTHOR | 结构测试者 |
REVDAT | 修订日期及相关内容 |
SPRSDE | 已撤销或更改的相关记录 |
JRNL | 发表坐标集的文献 |
REMARK 1 | 有关文献 |
REMARK 2 | 最大分辨率 |
REMARK 3 | 用到的程序和统计方法 |
REMARK 4 | 其他注解 |
DBREF | 其他序列库的有关记录 |
SEQADVPDB | 与其它记录的出入 |
MODEL | 多亚基时显示亚基号 |
ATOM | 标准基团的原子坐标 |
SIGATM | 标准差 |
ANISOU | 温度因子 |
SIGUJ | 各种温度因素导致的标准差 |
TER | 链未端 |
HETATM | 非标准基团原子坐标 |
ENDMDL | 亚基结束 |
CONECT | 原子间的连通性有关记录 |
MASTER | 版权拥有者 |
END | 文件结束 |
PDB数据库使用
自定义输出
具体的晶体复合物信息下载
查看分子蛋白相互作用
还有一些
π
\pi
π-
π
\pi
π键:主要是面对面和点对面
选择显示的键:
练习:
- 搜集Bcr/Abl靶点的蛋白晶体结构及其涉及的小分子结构,批量下载其PDB结构并整理相关重要信息,如PDB的分辨率,小配体的活性值,蛋白对应的论文信息等,形成初步靶点及其药物分子(包括小分子及抗体等)调研报告。
- 收集新冠病毒的Spike蛋白及ACE2蛋白的晶体结构,并下载其PDB结构,并整理相关重要信息,如PDB的分辨率,小配体的活性值,蛋白对应的论文信息等,形成初步靶点及其药物分子(包括小分子及抗体等)调研报告。