Linux多线程贝叶斯建树教程,使用贝叶斯方法构建系统发育树—MrBayes

最新推荐文章于 2024-10-01 15:44:13 发布
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文章标签： Linux多线程贝叶斯建树教程
本教程详细介绍了如何在Linux环境下利用MrBayes进行多线程贝叶斯建树。内容涵盖设置比对文件、选择替换模型、配置参数、MCMC抽样以及分析结果的判断，帮助用户理解和实施贝叶斯方法构建系统发育树。
摘要由CSDN通过智能技术生成

mrBayes需要的比对文件格式为：nex，可以在比对是选择输出此种文件格式

mtBayes可以在命令提示符里面运行

在CMD里面输入mrBayes，出现如下界面

112415767_1_20171002065455264

在界面内输入exe file(或者execute file，其中file为序列文件名)，得到如下界面

112415767_2_20171002065455420

如果没有错误，则说明数据文件格式是正确的。

设置替换模型参数

112415767_3_20171002065455623

可以使用help lset查看lset设置的参数

Nucmodel:指的是核酸的类型。4by4指的是不区分序列上的位点。而codon指的是使用密码子模型。这时序列上每个位点的替换速率会根据密码子模型来推断。Doublet通常用于具有协同进化效应的序列。一般情况下可以使用4by4，如果是编码序列的话，最好使用codon

Nst：核酸替换模型。1是JC69模型，即单参数模型。2为F8

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