生物分子仿真软件： Desmond_（3）.分子动力学模拟基础

最新推荐文章于 2025-03-30 06:07:15 发布

kkchenjj

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分子动力学模拟基础

1. 分子动力学模拟的基本概念

分子动力学（Molecular Dynamics, MD）模拟是一种计算方法，用于研究分子系统在不同时间和空间尺度下的行为。通过解决牛顿运动方程，MD模拟可以提供分子系统的详细动力学信息，包括原子位置、速度和加速度。这些信息对于理解生物分子的结构、功能和相互作用至关重要。
在这里插入图片描述

1.1 牛顿运动方程

分子动力学模拟的核心是牛顿运动方程，它可以描述每个原子在系统中的运动。牛顿运动方程的基本形式如下：

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