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RSS订阅原创 统计知识
principal component analysis (PCA) when variables are quantitative, correspondence analysis (CA) 连续变量multiple correspondence analysis (MCA) when variables are categorical, 类别变量Multiple Factor Analysis when variables are structured in groups, etc. and h
2020-07-09 11:11:35
192
转载 Machine Learning with R, tidyverse, and mlr 下载，永久有效
链接: https://pan.baidu.com/s/10z0QR5heiR6068vpCIXYOg 提取码: mf68
2020-06-30 21:39:11
1273
转载 glibcxx_3.4.22' not found ubuntu, 解决方案（ubuntu 18.04）
https://www.cnblogs.com/liaohuiqiang/p/8297389.html原始方案见此链接。我在安装了miniconda之后，想尝试以下fastp国产软件的速度和便捷，但是遇到了问题，fastp依赖的glibcxx_3.4.22' not found。我开始转向google搜索解决办法，试过了好多，依然没有解决，比如 sudo apt-get update \ ...
2019-11-19 17:14:11
6465
原创 16S
Alpha diversity：种内，richness Chao1,evenness Shannon index.Alpha diversity Shannon’s diversity index (a quantitative measure of community richness) Observed OTUs (a qualitative measure of communit...
2019-10-06 18:12:44
2242
转载 wget 使用，命令详解（linux）
0.安装wgetyum install wgetLinux wget是一个下载文件的工具，它用在命令行下。对于Linux用户是必不可少的工具，尤其对于网络管理员，经常要下载一些软件或从远程服务器恢复备份到本地服务器。如果我们使用虚拟主机，处理这样的事务我们只能先从远程服务器下载到我们电脑磁盘，然后再用ftp工具上传到服务器。这样既浪费时间又浪费精力，那不没办法的事。而到了Linux ...
2019-09-20 21:14:40
135
转载 转载：R使用笔记：相关系数:cor.test();corr.test();rcorr()
https://www.jianshu.com/p/b76f09aacd9c
2019-09-05 14:26:35
5314
转载 ununtu 18.04 版本中安装R,因为一直报错，显示数字签名和源（不可忽视）的问题
因为今天安装R包，学些拓朴数据分析，结果看了好几个包，都没有windows和Mac版本，只有linux的，所以很无奈，只能在虚拟机上安装R。转载：腾讯原文链接首先，打开ubuntu左下角的菜单，选择“”软件更新器“或者”软件和更新“”，把源改为“主服务器”，不要选中国的或者其他高校的源。如果你安装的是英文版本ubuntu,也应该选择第一个，大概是“main server". 安装完以后，你...
2019-08-30 14:16:41
288
翻译 sra-tool 中的prefetch更改下载文件的保存路径
（一切皆是命令行操作）首先找到你安装sra-toolkit的路径，然后打开bin文件夹，在当前文件夹输入如下命令：./vdb-config -i接着查看官方的操作（点击转到官方链接）。可以用鼠标控制选项，然后按回车键确认，如果想要保存需要用tab键，最终还是要跳到最开始的对话框，鼠标点击到[6 save]，回车确定保存，然后[7 exit]退出，回到命令行。...
2019-03-26 20:36:28
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3
原创 高通量测序SRA文件下载工具sra-toolkit安装方法
# linux 中进入 https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/Downloadswget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.9.6/sratoolkit.2.9.6-ubuntu64.tar.gz#下载所需要的版本，我的是ubuntu version,版本实时更新，所以拷贝链接，变更版本号# 将...
2019-03-20 19:23:42
7911
转载 转载：值得我们深思的RNAseq分析策略 FPKM/RPKM?还能用吗？(不过我还没看明白，我统计学比较差)
【干货】这么说，FPKM和RPKM真的是错的咯？！——关于FPKM/RPKM的深度反思（请各位点击收藏，自己保存为pdf格式，本地查看永久有效，上次看过这篇文章，后来自己查找就是忘了，忽然又发现了，赶紧记载下来。）但是FPKM，RPKM，TPM还是不够完美，于是乎，量化因子 (size factor,SF)是由DESeq提出的。其方法是首先计算每个基因在所有样品中表达的几何平均值。每个细胞的...
2019-03-20 16:42:30
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原创 trimmomatic竟然“无法解析”出gz压缩文本了，你遇到这个问题了吗？老老实实换回fastq-dump吧
下载了一个TCR beta的序列，用fasterq-dump转换序列，这个比fastq-dump 稍微快一些，不过没有了压缩功能，所以为了占用少的硬盘空间，在解析后需要自己压缩成gz或bz2。但是神奇一幕发生了，我手动压缩成.gz格式后，用trimmomatic进行去接头，但是死活就是运行不下去，并出现如下报错：trimmomatic PE -threads 2 -phred33 SRR44...
2019-03-19 00:38:42
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转载 转载：KL距离，Kullback-Leibler Divergence 浅谈KL散度
https://blog.csdn.net/scw1023/article/details/59109922https://blog.csdn.net/matrix_space/article/details/80550561具体内容请点击连接自己保存网页以备不时之需。两篇结合起来看，谈论的比较基础，易懂，然后就知道为什么是这样！自己是学生物的，我都能理解，何况各位大神了！...
2019-03-07 17:46:24
200
原创 通过Virtualbox让windows和linux之间共享文件夹，建立Windows和linux之间的共享
实在抱歉，开头第一篇写过一份用xshell或者secureCRT通过局域网建立windows和linux虚拟机之间的共享，互传文件，但是我后来再用，就不好用了，不是说这种方法不可靠，是我的方法可能不可靠，后续我会继续研究把方法补全。（最近发现ubuntu更新到18.04了，我随着也升级了Linux，但是这个方法依然可行，Linux18.04LST可能有自己的共享方法，但是我尝试了一般，无法下载安装...
2019-01-18 01:37:54
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原创 trimmomatic： TruSeq3-PE.fa (No such file or directory) 的问题解决方案（前提是你的是paired end测序，不是single end）
之前一直在看序列软件的信息，没有进一步实战操作，昨天试了一把，碰到问题了，去掉序列的adapter/adaptor,主流软件是trimmomatic（最新版是0.38，我用conda安装很便利），还有人在用cutadpt去掉adapter。我碰到这个软件问题时就给trimmomatic在github的维护人员发帖子，秒回，说让我询问作者，他之前在负责，后面的代码改了，所以问题不清楚。我的问题如下...
2019-01-16 19:39:10
7160
8
原创 ubuntu apt-get install E:出现无法定位软件包......
我也碰到了该死的这个问题，在我这里的主要原因是我随意切换了“源”，有点鬼扯啊，因为我身在意大利，我以为就近把源改成意大利这里可能会很快，但是我错了！还是祖国好啊！最简单的办法就是打开“系统设置”，再找到“软件和更新”，我直接选择了“中国的服务器”/“serve for China”，我把自己的ubuntu调节成英文的了，中文的应该雷同。但是，我真不知道为什么会这样？如果说源不起作用，一般不...
2019-01-16 19:24:23
4506
转载 linux新添加用户无法登陆linux的问题
最近尝试用xshell远程操作实验室的服务器，为了避免失误，首先在用自己的虚拟机当做主机，用xshell登陆账户连接。开始登录时用了自己原本在创建linux虚拟机时创建的一个用户（非root用户），很顺利，输入虚拟机的ip，输入这个账户的密码，立即登录成功。但是因为实验室的主机上没有我自己的账户（或者熟知的一个账户，要知道密码的那种），所以我自己在我的linux虚拟机上临时创建了一个账户，首先...
2018-12-09 06:05:58
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原创 widonws主机和linux虚拟机之间互联（关键词，windows,linux,VM virtualbox,filezilla,ftp,sftp互联，互通，互相访问，主机和虚拟机数据交换，文件拷贝）
（这个不要再看了，行不通了。偶尔可行，看另一篇）开始走上生信小白的道路，最近在看兄弟连linux视频讲解的时候，开头的某节课讲了一下windows主机和VMvirtualboxLinux虚拟机之间的互连，互通，互相通信。当时没跟着做练习，但是这一只是我需要的，因为我就一台电脑（windows 10），为了生信数据分析，用VM virtualbox安装了了linux虚拟机，虽然二者之间有办法实现...
2018-11-10 01:32:56
1174
空空如也
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