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在miso这款可变剪切分析软件中,提出了一种可变剪切事件的可视化方式, sashimiplot, 示意如下
上述示意图表示的是一个外面子跳跃的可变剪切事件,最下方是可变剪切isofrom的示意图,分别对应inclusion isofrom 和 skipping isofrom; 采用RPKM值量化表示样本中对应的测序深度分布,不同分组样本用不同颜色表示。
图中曲线连接的地方代表剪切位点,对于inclusion isoform而言,有两处剪切位点,exon1-exon2, exon2-exon3 之间的内含子需要被剪切,对于skipping isoform而言,只有1处剪切位点,即exon1-exon3,曲线旁边的数字代表检测到的比对到该区域的reads数目,这里的reads 示意如下
上图中左边为inclusion isofrom, 右边为skipping isoform, 比对上inclusion isoform的reads 有两种,分别为红色和紫色,其中红色reads只比对到了1号和3号exons上,无法区分这部分reads是来自inclusion isofrom还是skipping reads, 而紫色的reads 比对到了exon2以及exon2与其他exon的连接处,这部分reads可以明确来自inclusion isoform. 所以在统计inclusion isofrom count时,只会计数这部分reads, 同理,统计skipping isoform的reads数时,只会统计绿色部分的reads。
右侧的柱状图表示miso计算出的每个可变剪切事件在样本中的表达量,在这种图片中,归一化之后的reads深度分布可以用于直观的比较不同样