scRNA_seq:单细胞转录组测序简介

最新推荐文章于 2024-03-30 12:40:07 发布
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在传统的测序技术中，上机测序的样本是由多个细胞构成的，最后分析得出的结论也只是基于所有细胞的平均水平，但是我们知道细胞是具有异质性的，对于大脑等复杂组织而言，其细胞类型是多样的；对于肿瘤细胞而言，其细胞异质性更是尤为突出，为了克服细胞异质性的影响，提高科学研究的精度，科学家在不断尝试，希望从单个细胞的水平去进行测序分析。

从2009年开始，各种单细胞技术不断出现，最初由于其通量低，操作繁琐，价格高等一系列因素，导致其应用并不广泛，近年来随着技术的不断发展，通量在不断提升，价格也在不断下降，单细胞测序技术越来越成熟，出现了很多成熟的平台，比如本文要介绍的10X  Genomics。

单细胞测序的应用领域非常多，比如CNV检测，ATAC_seq等, 其中引起广泛关注的，就是单细胞在转录组学的应用，即single cell RNA sequencing, 简称scRNA-seq。官方提供的流程如下

10X Genomics公司也为之提供了一系列配套的仪器和软件，最核心的就是分离细胞，制备文库的机器&#x

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一文读懂scRNA-seq数据分析（建议收藏）
公众号/简说基因，知乎/简宝玉
03-18 1349
Galaxy生信云平台（UseGalaxy.cn）整合了所有主流的单细胞数据分析工具，如 Seurat, Scanpy, Monocle3等，用户不需要安装各种软件，也不需要考虑计算资源，只需要上传数据，点击鼠标即可以完成单细胞数据分析工作。本文来介绍单细胞数据分析的一些基础理论知识。当我们进行单细胞数据分析时，应该始终从质量控制步骤开始，首先清理数据，以确保数据足以回答研究的问题。在此步骤之后，...
scRNA.seq.datasets：我们小组使用的公共scRNA-Seq数据集的集合
01-29
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单细胞RNA测序（scRNA-seq）工作流程入门
LittleComputerRobot的博客
03-30 931
单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术已成为解开单个细胞内RNA转录物的异质性和复杂性，以及揭示高度组织化组织/器官/生物体内不同细胞类型和功能的组成的最先进方法
scRNA-seq Course 学习
Seraph09的博客
07-07 5982
昨天和今天都在学习scRNA-seq测序的教程。 scRNA-seq是对单个细胞进行测序分析，便于研究细胞的异质性。 scRNA-seq和bulk-RNA-seq相似，区别只在于研究的细胞数量，后者是对同一组织的大量细胞进行转录组的分析，而前者是对单个细胞进行转录组分析。 scRNA-seq的流程是制备单细胞，单细胞水平测序，数据分析。 昨天看到了分离单细胞和测序平台的方法上。 在分离单细胞方法有mirco-well plate、micro-fluid seq, droplet seq，分别是让细胞在微板上
scRNA-seq | 吐血整理的单细胞入门教程（从原理到代码实操）（一）
m0_72224305的博客
10-02 7246
1写在前面 炙手可热的单细胞测序（scRNA-seq）大家肯定都或多或少听过一些，从今天开始陆续分享我的学习笔记，有不对的地方大家多指正~🤒 在开始前我们先思考几个问题，如下：👇 Q1: 什么是scRNA-seq，它与bulk RNA-seq相比如何？ Q2: scRNA-seq有哪些典型应用？ Q3: scRNA-seq如何准备样品？ 2什么是scRNA-seq？ 2.1 什么是bulk RNA-seq 要搞懂什么是scRNA-seq，我们先了解一下bulk RNA-seq。 🥳 RNA-seq用
scRNA-seq | 吐血整理的单细胞入门教程（数据格式和处理）（四）
m0_72224305的博客
10-05 3867
scRNA-seq | 吐血整理的单细胞入门教程（数据格式和处理）（四）
scRNA-seq | 吐血整理的单细胞入门教程（从原理到代码实操）（二）
m0_72224305的博客
10-03 2914
scRNA-seq | 吐血整理的单细胞入门教程（从原理到代码实操）（二）
CytoSPACE:scRNA-seq数据到空间转录组学数据的最佳映射
04-09
CytoSPACE是一种新颖的计算策略，用于在空间转录组（ST）测量可能包含多个细胞的贡献的情况下，将单细胞转录组分配给原位空间转录组数据。 我们的方法通过基于线性编程的优化例程将基于相关的成本函数最小化，从而...
scRNA.seq.course：单细胞RNA-seq数据过程的分析
02-05
scRNA-seq的主要优点是细胞分辨率和全基因组范围使解决其他方法难以解决的问题成为可能，例如批量RNA-seq或单细胞RT-qPCR。 但是，要分析scRNA-seq数据，需要新颖的方法，为批量RNA-seq实验开发的方法的一些基本...
MAESTRO:单细胞转录组和规则组分析管道
05-13
马斯特罗 MAESTRO（S的基于Odel等M A nalys（E S）英格尔-T细胞的ranscriptome和R egulö我）是一个综合的单细胞RNA-SEQ和ATAC-SEQ分析西装使用内置 。 MAESTRO结合了数十种工具和软件包，以创建一个集成的管道，...
harmonyos2-bindSC:单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序、空间转录组学和CyTOF数据的双向集成（计算机多组学数据）
07-01
ATA选自S英格尔有丝测序技术）是R包单细胞的多组学整合分析，开发和在MDACC维持。 bindSC的开发是为了解决单细胞多组学数据集成的挑战，该数据集成由未配对的细胞组成，这些细胞具有跨模态的无与伦比的特征测量。 ...
scRNASeq-bulkRNASeq:单细胞和大量RNASeq分析脚本
05-12
单细胞和大量RNASeq分析 带有Seurat，Monocle和其他R包的示例分析脚本，用于规范化，缩放，降维技术（tSNE，PCA），差异基因表达和可视化。 对于来自10X Genomics Chromium平台的scRNASeq，我使用了cellranger多路分解，对于ddSeq平台，我使用了Illumina BaseSpace自动多路分解。 然后，这两个程序都运行自定义的STAR对齐方式。 Seurat是我选择的单细胞数据包。 对于批量RNASeq，我使用手动STAR-htseq-DESeq2管道，但可能会切换为limma而不是DESeq2。 出于可视化目的，我使用R包的内置函数或使用自定义ggplot2以及偶尔使用的基本R图形函数。
infercnvpy：从scRNA-seq数据推断拷贝数变异（CNV）。 与Scanpy完美搭配
02-07
infercnvpy：Scanpy插件可从单细胞转录组学数据推断拷贝数变异（CNV） Infercnv是可扩展的python库，用于从单细胞转录组学数据推断出拷贝数变异（CNV）事件。 它受InferCNV的启发，但是与很好，并且可伸缩性更高。 警告： 该软件包仍处于实验阶段。 该结果未经验证，只是它们看起来与InferCNV的结果相似但不相同。 我们很高兴收到反馈，欢迎您提供帮助！ 入门 请参考。 特别是 和 。 安装 您需要在系统上安装Python 3.8或更高版本。 如果您没有安装Python，建议您安装 。 安装infercnvpy的方法有几种： 从安装最新版本的infercnvpy： pip install infercnvpy 安装最新的开发版本： pip install git+https://github.com/icbi-lab/infercnvpy.gi
clustifyr:使用大量RNA-seq或基因集推断scRNA-seq数据中的细胞类型
04-08
如果不了解基础生物学，则难以注释单细胞转录组。 即使掌握了这些知识，由于缺乏常见标记基因的可检测表达，准确鉴定仍然具有挑战性。 clustifyr通过使用单细胞RNA序列，大量RNA序列数据，微阵列或标记基因列表自动...
Transcriptomics:用于单细胞RNA测序数据分析的MATLAB软件，包括概率聚类，潜在因子建模，nbtSNE，可视化工具
05-02
用于分析单细胞RNA测序数据的MATLAB代码。 转录组数据的主要包装类是GeneSet。 它包含许多可视化例程，以及一些旧的聚类方法（Harris等，bioRxiv 2015）。 要使用ProMMT算法进行聚类（Harris等，bioRxiv 2017），...
scMuscle:康奈尔单细胞肌肉项目 (scMuscle) 旨在收集、分析并向研究界提供骨骼肌转录组数据
08-04
我们使用来自 14 个不同研究小组的 100 多个单细胞和单核 RNA 测序数据集来构建鼠骨骼肌的综合转录组参考。 由此产生的纲要大约有 365,000 个细胞/核，我们使用一套现有的软件工具对其进行了注释（有关更多详细信息...
单细胞转录组测序技术(scRNA-seq)及细胞分离技术分类汇总
dikuangzhong6068的博客
09-07 4907
单细胞测序流程(http://learn.gencore.bio.nyu.edu) 在过去的十多年里，高通量测序技术被广泛应用于生物和医学的各种领域，极大促进了相关的研究和应用。其中转录组测序（RNA-seq）被广泛应用于测定和描绘各类物种的基因或转录本的表达情况。但传统的转录组测序技术（bulk RNA-seq）是基于群体细胞，每个样本包含成千上万个细胞，所以最终反映...
scRNA-seq | 吐血整理的单细胞入门教程（共识聚类）（十二）
m0_72224305的博客
10-15 1780
1写在前面 当完成了对scRNAseq数据的Normalization和混杂因素去除后，我们就可以开始正式分析了。😘 本期我们介绍一下常用的聚类方法(clustering)，主要是无监督聚类，包括：👇 hierarchical clustering；k-means clustering ；graph-based clustering。 1.1 hierarchical clustering Raw data The hierarchical clustering dendrogram 1.2 k-mea
scRNA-seq | 吐血整理的单细胞入门教程（注释与初步过滤）（三）
m0_72224305的博客
10-04 2072
scRNA-seq | 吐血整理的单细胞入门教程（注释与初步过滤）（三）
什么是单细胞RNA测序（scRNA-seq）？
最新发布
05-27
单细胞RNA测序（scRNA-seq）是一种高通量技术，可以将单个细胞的RNA转录本进行测序，并在单细胞水平上对其进行定量和分析。与传统的RNA-seq技术不同，scRNA-seq可以提供更高的分辨率，揭示细胞间的异质性和功能差异...

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