使用cell ranger拆分10X单细胞转录组原始数据

欢迎关注”生信修炼手册”!

cell ranger是10X genomics公司提供的，专门用于分析10X 单细胞转录组数据的pipeline, 包含了原始数据拆分，表达定量，聚类分析等多个功能，本文主要介绍如何使用该软件来拆分原始数据。

直接从官网下载最新版的软件即可，网址如下

https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/downloads/latest

该软件由多个子命令构成，通过mkfastq命令拆分数据，流程示意如下

有以下两种使用方式

cellranger mkfastq \
--id test \
--run run_directory \
--csv simple.csv

cellranger mkfastq \
--id test \
--run  run_directory \
--samplesheet samplesheet.csv

id参数指定输出目录的名字，run参数指定下机的原始bcl文件所在的目录，该命令其实是对illumina提供的拆分数据的bcl2fastq命令的一个封装，需要样本名称，index等信息，支持两种格式，一种就是illlumina常规的sampleshee