使用NetMHCpan进行肿瘤新抗原预测分析

最新推荐文章于 2023-08-03 09:29:10 发布
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本文介绍了如何使用NetMHCpan软件预测肿瘤新抗原与MHC I型分子的亲和性。NetMHCpan基于神经网络算法，通过上传蛋白质序列，选择肽段切割方式和HLA allele进行分析。软件输出包括肽段位置、序列、结合概率和亲和力等级。高Rank值表示强亲和性。 NeoPredPipe等自动化pipeline简化了这一过程，但还需后续实验验证结果的准确性。
摘要由CSDN通过智能技术生成

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NetMHCpan软件用于预测肽段与MHC I型分子的亲和性，最新版本为v4.0, 基于人工神经网络算法，以180000多个定量结合数据和MS衍生的MHC洗脱配体的组合为训练集构建模型。结合亲和力数据来自人，小鼠，猪等多个物种的MHC分子，MS洗脱的配体数据来自55个人和小鼠的HLA等位基因。该软件的网址如下

http://www.cbs.dtu.dk/services/NetMHCpan/

直接上传fasta格式的蛋白序列就可以了， 示意如下

第一步上传涵盖了体细胞突变位点的氨基酸序列，上传的氨基酸序列是突变之后的序列，不是野生型的蛋白质序列。

第二步选择切割肽段的方式，抗原通过抗原表位与MHC分子结合，MHC I型分子可以结合的抗原表位长度为8到11个氨基酸，对应这里的8-11mer，先将蛋白质序列切分成短的肽段之后在进行MHC分子亲和性的预测。

第三步选择HLA allel, 确定之后点击提交按钮即可。输出结果示意如下

列数很多，其中的Peptide就是从原始的输入序列中提取出的长度为8-11个氨基酸的肽段，Pos对应肽段的在原始序列上的起始位置，第一个位置从0开始计数；Core

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